UNIVERSIDAD DE COSTA RICA SISTEMA DE ESTUDIOS DE POSGRADO MODIFICACIONES PROTEICAS INDUCIDAS POR BRUCELLA ABORTUS 2308W EN COMPARTIMENTOS INTRACELULARES TEMPRANOS DE MACRÓFAGOS RAW 264.7 Tesis sometida a la consideración de la Comisión del Programa de Estudios de Posgrado en Microbiología, Parasitología, Química Clínica e Inmunología para optar por el grado y título de Maestría Académica en Microbiología con énfasis en Bacteriología HEBER VIANNEY MONGE ARIAS Ciudad Universitaria Rodrigo Facio, Costa Rica 2019 Dedicatoria y agradecimientos A mi padre (Q.E.P.D.), madre y hermanos: Sebas, Mary y Le, por ellos soy lo que soy y merecen toda la dedicatoria de este trabajo. Mis agradecimientos más profundos a Esteban por la guía excepcional brindada y a Chac por sus consejos y confianza. A César por el apoyo técnico y profesional incomparable. A los compañeros del CIET y Laboratorio de Bacteriología Médica, por estar siempre como apoyo incondicional y brindar su compañerismo día a día. A mis seres queridos por los ánimos, confianza y alentarme siempre a no rendirme: Andre, Isa, Johnny, Marlon, Casti, Dei, Gaby, Mariel, Ariel, Mario, Neto y German. La carga fue mucho más liviana durante todos estos años gracias a ustedes. Sin todos los mencionados anteriormente este trabajo no habría podido realizarlo. ii iii Tabla de Contenidos Resumen ................................................................................................................. vi Abstract .................................................................................................................. vii Lista de Tablas ...................................................................................................... viii Lista de Figuras ....................................................................................................... ix Lista de Abreviaturas ............................................................................................... x INTRODUCCIÓN .................................................................................................... 1 Brucelosis ............................................................................................................ 1 Género Brucella ................................................................................................... 2 Tráfico endosomal constitutivo ............................................................................ 4 Patogénesis ......................................................................................................... 5 Sistema de secreción tipo IV VirB ....................................................................... 8 Proteínas efectoras VirB-dependientes ............................................................. 10 HIPÓTESIS ........................................................................................................... 13 SINOPSIS DEL TRABAJO .................................................................................... 13 Objetivo general ................................................................................................ 13 Objetivos específicos ......................................................................................... 14 JUSTIFICACIÓN ................................................................................................... 14 MATERIALES Y MÉTODOS ................................................................................. 15 Cepas bacterianas ............................................................................................. 15 Cultivos celulares e infecciones ......................................................................... 15 Aislamiento y enriquecimiento de BCVs ............................................................ 16 Extracción de proteínas ..................................................................................... 17 Liofilización ........................................................................................................ 19 Análisis inmunoquímico ..................................................................................... 19 Microscopía de inmunofluorescencia ................................................................ 20 Obtención de péptidos trípticos ......................................................................... 20 HPLC-MS/MS .................................................................................................... 21 Análisis bioinformático ....................................................................................... 23 iv RESULTADOS ...................................................................................................... 24 La optimización del protocolo de fraccionamiento celular permitió el enriquecimiento de BCVs .................................................................................. 24 Las BCVs presentan perfiles inmunorreactivos diferentes de manera VirB- dependiente ....................................................................................................... 25 El abordaje comparativo permitió detectar proteínas relevantes asociadas al tránsito intracelular de las BCVs ........................................................................ 30 DISCUSIÓN .......................................................................................................... 44 CONCLUSIONES ................................................................................................. 57 REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS ...................................................................... 60 Anexos .................................................................................................................. 72 v RESUMEN Brucella abortus es un patógeno intracelular bacteriano causante de la brucelosis bovina, una zoonosis desatendida de gran importancia mundial. Una vez entra a la célula hospedera B. abortus transita en un compartimento llamado vacuola contenedora de Brucella (BCV). Esta bacteria redirige el tránsito intracelular de la BCV en tiempos tempranos de infección y evade la fusión de esta con el lisosoma gracias a la actividad del sistema de secreción tipo IV (SST4) VirB, lo que le permite replicarse en un compartimento similar al retículo endoplásmico (RE). La habilidad de replicarse en este compartimento es fundamental para la patogénesis de Brucella spp. Aún no se conocen los determinantes moleculares tempranos que permiten la redirección del tráfico intracelular de manera VirB-dependiente. No obstante, en otros patógenos intracelulares formadores de vacuolas modificadas, como Legionella pneumophila, estudios proteómicos de caracterización de dichos compartimentos purificados permitieron elucidar mecanismos moleculares de la patogénesis respectiva. En este trabajo, se caracterizaron bioquímicamente, inmunoquímicamente y proteómicamente BCVs de macrófagos murinos RAW 264.7 infectados por 6 h con B. abortus 2308W (tipo salvaje) y una mutante isogénica disfuncional en la actividad del SST4 VirB (virB10). Con la metodología de fraccionamiento subcelular se logró enriquecer en un 86 % las BCVs. En ellas se logró evidenciar la presencia de marcadores sub-celulares ya reportados en esta etapa de tránsito intracelular, así como la presencia aumentada de componentes inmunorreactivos en 2308W como lo fue el lipopolisacárido de Brucella (Br-LPS). Fue también posible ubicar proteínas exclusivas y enriquecidas tanto de Mus musculus como de B. abortus en BCVs de 2308W. Dentro de las 255 proteínas presentes únicamente en las BCVs de 2308W, destacaron 5 de B. abortus: GroEL, EF-Tu, NuoI, SodC y GlyS; las cuales podrían jugar un papel modulador de la respuesta en la célula hospedero. GroEL es una chaperona de choque térmico, EF-Tu un factor de elongación de la transcripción, NuoI es importante para la generación de energía, SodC es una enzima protectora contra el estrés oxidativo y GlyS cataliza la carga de glicina al ARNt respectivo. También se encontró enriquecidas en una proporción mayor de 2 veces las proteínas de M. musculus UACA, UGGT1, ACOD y ATL2 en las BCVs derivadas de la cepa silvestre. UACA es mediadora de la señalización de NF-B; UGGT1 es una proteína residente del RE encargada de glicosilaciones postraduccionales; ACOD es fundamental para la generación de ácido itacónico en macrófagos activados con inmunomoduladores; y ATL2 es una GTPasa responsable de la remodelación estructural del RE. Se recomienda investigar el papel del Br-LPS, elucidar las posibles vías de señalización en que podían estar influyendo las proteínas eucariotas identificadas y si las proteínas procariotas mencionadas podrían tener un impacto en la redirección del tránsito intracelular y replicación de B. abortus. vi ABSTRACT Brucella abortus is a bacterial intracellular pathogen that causes bovine brucellosis, a neglected zoonosis of great global importance. Once within the host cell, B. abortus travels on a compartment called Brucella containing vacuole (BCV). At the onset of the infection, this bacterium redirects the intracellular trafficking of the BCV and avoids its fusion with the lysosome due to the activity of the type IV secretion system (T4SS) VirB, allowing it to replicate on an endoplasmic reticulum (ER)-like compartment. The ability to replicate in this compartment is essential for the pathogenesis of Brucella spp. The early molecular determinants that allow the redirection of intracellular trafficking in a VirB-dependent manner are not yet known. However, in other modified vacuole intracellular pathogens, as Legionella pneumophila, proteomic studies of characterization of said purified compartments allowed elucidating molecular mechanisms of the respective pathogenesis. In this work, RAW 264.7 murine macrophages were infected for 6 h with B. abortus 2308W (wild type) and an isogenic mutant dysfunctional in the activity of T4SS VirB (virB10). BCVs were isolated and enriched, then biochemically, proteomically and immunochemically characterized. With the subcellular fractionation methodology, BCVs were enriched by 86%. It was possible to demonstrate the presence of sub-cellular markers already reported in this stage of the BCVs intracellular trafficking, as well as the increased presence of immunoreactive components in 2308W BCVs such as Brucella lipopolysaccharide (Br-LPS). It was also possible to locate exclusive and enriched proteins from both Mus musculus and B. abortus in 2308W BCVs. Among the 255 proteins present only in 2308W BCVs, 5 of B. abortus stood out: GroEL, EF-Tu, NuoI, SodC, and GlyS; which could play a role modulating the response within the host cell. GroEL is a thermal shock chaperone, EF-Tu is a transcription elongation factor, NuoI is important for energy generation, SodC is a protective enzyme against oxidative stress and GlyS catalyzes the glycine load to the respective tRNA. The proteins of M. musculus UACA, UGGT1, ACOD, and ATL2 were also enriched in a proportion greater than 2-fold in the 2308W BCVs. UACA is a mediator of NF-B signaling; UGGT1 is an ER-resident protein responsible for post-translational glycosylations; ACOD is essential for the generation of itaconic acid in macrophages activated with immunomodulators; and ATL2 is a GTPase responsible for the structural remodeling of the ER. In the future, it is recommended to investigate the role of Br- LPS, elucidate the possible signaling pathways that the identified eukaryotic proteins could be influencing, and if the mentioned prokaryotic proteins could have an impact on the redirection of intracellular transit and replication of B. abortus. vii LISTA DE TABLAS Tabla 1. Determinantes moleculares y funcionalidad de los compartimentos endosomales. Tabla 2. Cepas bacterianas utilizadas. Tabla 3. Parámetros de obtención de datos MS y MS/MS. Tabla 4. Lista de proteínas diferencialmente abundantes en BCVs de B. abortus 2308W y B. abortus virB10- determinadas por cuantificación libre de marcaje. viii LISTA DE FIGURAS Figura 1. Modelo del tráfico intracelular de Brucella. Figura 2. Enriquecimiento de BCVs derivadas de macrófagos RAW 264.7 en etapas tempranas de infección (6 h). Figura 3. Caracterización bioquímica e inmunológica de las BCVs purificadas. Figura 4. Valores de proteínas detectadas mediante HPLC-MS/MS en lisados de BCVs purificadas a las 6 h.p.i. de macrófagos RAW 264.7 y su distribución entre los grupos analizados. Figura 5. Proteómica comparativa de lisados de BCVs purificadas a las 6 h.p.i. a partir de macrófagos murinos RAW 264.7 infectados con la cepa de B. abortus 2308W o virB10-. Figura 6. Anotación BlastKOALA de vías KEGG de las proteínas detectadas exclusivamente en las BCVs a las 6 h.p.i. derivadas de macrófagos RAW 264.7 infectados con (A) 2308W o (B) virB10-. Figura 7. Anotación BlastKOALA de vías KEGG de las proteínas diferenciales resultantes del análisis cuantitativo libre de marcaje. Figura 8. Modelo conceptual representativo de BCVs obtenidas a las 6 h.p.i a partir de macrófagos infectados con B. abortus 2308W. ix LISTA DE ABREVIATURAS Br-LPS Lipopolisacárido de Brucella. BCV Del inglés Brucella-containing vacuole. GTP Del inglés guanosine triphosphate. EEA1 Del inglés early endosome antigen-1. LAMP-1 Del inglés lysosomal associated membrane protein-1. RE Retículo endoplásmico. ERES Del inglés endoplasmic reticulum exit sites. CNX Calnexina. CALR Calreticulina. COPII Del inglés coat complex protein-II. GAPDH Gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa. ERGIC Del inglés endoplasmic reticulum–Golgi intermediate compartment. rBCV Del inglés replicative Brucella-containing vacuole. SST4 Sistema de secreción tipo IV. VirB Del inglés virulence B. VjbR Del inglés vacuolar jacking Brucella regulator. Vce Del inglés VjbR-co-regulated effector. RicA Del inglés Rab2 interacting conserved protein A. UPR Del inglés unfolded protein response. MMP-9 Del inglés matrix metalloproteinase-9. TIR Del inglés Toll/interleukin-1 receptor. TLR Del inglés Toll-like receptor. Bsp Del inglés Brucella secreted protein. COG Del inglés conserved oligomeric Golgi. SepA Del inglés secreted effector protein A. HPLC Del inglés high performance liquid cromatography. MS Del inglés mass spectrometry. SPN Sobrenadante post-nuclear. ILB Del inglés isotonic lysis buffer. PL Post-lisis. BCVP BCVs purificadas en la 11ª fracción del gradiente de fraccionamiento. PGFC Pellet del gradiente de fraccionamiento celular. ROS Del inglés, reactive oxygen species. x xi 1 INTRODUCCIÓN Brucelosis La brucelosis es una de las enfermedades bacterianas zoonóticas infecciosas más comunes alrededor del mundo. Es responsable de altas pérdidas económicas en la industria animal y además, al ser una enfermedad zoonótica, supone un riesgo serio para la salud humana (1). A pesar de que se dice que está erradicada en países de ingreso alto, aún se logran detectar más de 500 000 casos anuales de brucelosis humana en países de ingreso medio y bajo (2). El agente etiológico de la brucelosis son bacterias del género Brucella. En sus hospederos primarios, la brucelosis tiene tropismo por órganos reproductores, desarrollando manifestaciones clínicas como abortos, disminución en la producción de leche en las hembras, infertilidad e infecciones genitales (3). El humano se considera un hospedero accidental que desarrolla síntomas como fiebre ondulante, sudoración, debilitamiento, linfadenopatías e incluso complicaciones severas como meningoencefalitis, espondilitis, artritis y endocarditis (4, 5). Este cuadro clínico se considera difuso y genera confusión con otras enfermedades, lo cual dificulta el diagnóstico y facilita subrepresentación de las estadísticas epidemiológicas. El contacto directo e indirecto con animales infectados o sus productos derivados, principalmente leche cruda y sus quesos, suponen un gran riesgo de infección para el ser humano (2). Es también sabido que el personal de fincas, veterinarios y 2 trabajadores de laboratorio son poblaciones con riesgo a infectarse debido a su labor cercana con animales infectados y con la bacteria (4). Género Brucella Las bacterias del género Brucella spp. son cocobacilos Gram-negativos que pertenecen a la clase α-2 Proteobacterias, que incluye bacterias que coevolucionaron con sus hospederos animales o vegetales de manera simbiótica, como Sinorhizobium meliloti (simbionte de plantas), patogénica como ocurre con Agrobacterium tumefaciens, Rickettsia spp. y Bartonella spp., o agentes de vida libre como Ochrobactrum spp. (6). Las brucelas son patógenos intracelulares de mamíferos y de crecimiento extracelular facultativo, por lo que su nicho preferido es el ambiente intracelular de las células hospedero (7, 8) en donde alcanzan niveles extensivos de replicación y diseminación. En los animales preñados, los trofoblastos y el feto son los sitios de mayor repleción y una fuente importante para infectar nuevos hospederos durante los abortos (3). Actualmente se reconocen diez especies de brucelas dentro del género, la mayoría de ellas definidas de acuerdo con su preferencia por un tipo de hospedero (9). Brucella abortus afecta primariamente al ganado bovino, pero también es virulenta para humanos. Las personas generalmente se infectan al consumir productos lácteos no pasteurizados de vacas infectadas, o bien por contacto con excreciones animales (fetos, animales recién nacidos y excreciones resultantes del parto) (10). 3 Las brucelas han sido consideradas organismos para la guerra bacteriológica debido a sus dosis infecciosas bajas (10-100 bacterias), su capacidad de persistencia en el ambiente extracelular, su rápida transmisión a través de diferentes rutas como aerosoles, y además, su complicado tratamiento con antibióticos (2). A diferencia de muchas bacterias patógenas, las brucelas no poseen los factores típicos de virulencia como: un lipopolisacárido endotóxico, exotoxinas, inductores de apoptosis, citolisinas, cápsulas, fimbrias, flagelos, plásmidos, fagos lisogénicos ni variaciones antigénicas; sino que su virulencia está dictada por determinantes moleculares que permiten la evasión, resistencia de la muerte intracelular y la replicación en fagocitos profesionales y no profesionales (3, 5). Con base en la composición de su lipopolisacárido (Br-LPS), las especies de este género se clasifican en “lisas” o “rugosas” de acuerdo a la presencia de la porción terminal de azúcares de dicha estructura, denominada antígeno O (11). Las bacterias lisas, que sí poseen el antígeno, normalmente están asociadas a mayor virulencia y patogenicidad para humanos e incluyen B. melitensis, B. abortus, B. neotomae, y B. suis (8). Por otro lado B. canis presenta menor virulencia y patogenicidad para humanos con un fenotipo similar a los mutantes rugosos (12, 13) que poseen un lipopolisacárido de cadena O corta. Sin embargo, especies como B. ovis poseen naturalmente un LPS rugoso, son altamente virulentas para sus hospederos animales, pero no son zoonóticas (14). 4 Tráfico endosomal constitutivo En células animales, la endocitosis se refiere al proceso por el cual se internalizan fluidos, solutos, macromoléculas, componentes de membrana plasmática y partículas a través de la invaginación de la membrana celular y la formación de vesículas o vacuolas intracelulares a través de fisión membranal (15). Al clasificar, procesar, reciclar, almacenar, activar, silenciar y degradar los componentes y receptores entrantes, los endosomas son responsables de la regulación y el ajuste de numerosas vías en la célula (15). La mayoría de la carga internalizada durante la endocitosis es reciclada de vuelta a la membrana plasmática vía endosomas tempranos (ETe), lo cual implica que los procesos de transporte hacia endosomas tardíos (ETa), y seguidamente a lisosomas, son una vía alternativa limitada estrictamente a cierto tipo de solutos y partículas ingeridas por la célula (15). La mayoría de las partículas de gran tamaño (como bacterias y virus) son dirigidas hacia los ETa para su posterior degradación en lisosomas. Tabla 1. Determinantes moleculares y funcionalidad de los compartimentos endosomales*. Determinantes Compartimento Función pH moleculares asociados Reciben las partículas endocitadas en la periferia EEA1, Rab5, Rab4, ETe citoplásmica. Clasifican las 6.8-6.1 Rab11, Arf1/COPI. partículas para su posterior tránsito. Rab7, LAMP-1, Transportan carga para ETa hidrolasas ácidas. degradación en lisosomas. 6 .0-4.8 Transportan nuevas 5 hidrolasas y proteínas de membrana a los lisosomas. Organela degradativa de LAMP-1, hidrolasas Lisosoma material extra o 4.5 ácidas. intracelular. *Adaptado de (15). La asociación de proteínas membranales del citosol o desde otros compartimentos a los endosomas definen sus atributos funcionales. Las principales moléculas que coordinan los estados de anclaje, transporte y movilización de organelas y compartimentos dentro de la célula hospedera son las GTPasas Rab, haciéndolas candidatas perfectos para determinar la especificidad e identidad del transporte vesicular (16). En la tabla 1 se describen los principales determinantes moleculares y la funcionalidad de los compartimentos en cuestión. Patogénesis Tanto en los hospederos primarios como en los accidentales, una vez que Brucella sp. penetra el epitelio intestinal, respiratorio, conjuntival o reproductivo, es transportada, libre, o dentro de fagocitos hacia los ganglios linfáticos cercanos en donde se disemina de manera sistémica (17). De esta forma, el patógeno puede alcanzar sitios anatómicos importantes para su persistencia como la médula ósea, ganglios linfáticos y bazo, dentro de los cuales sobrevive intracelularmente y se replica eficientemente en monocitos/macrófagos (5, 18). Esta capacidad de establecer un ciclo de vida intracelular es esencial dentro de la patogénesis y persistencia de la brucelosis. Las células M, macrófagos, células dendríticas y neutrófilos ingieren a la bacteria por fagocitosis. En los neutrófilos las bacterias no se replican, resisten la acción 6 bactericida e inducen la muerte prematura de estos leucocitos a través de la liberación del Br-LPS dentro de las vacuolas (19). Una vez en el interior de los macrófagos y células dendríticas la mayoría de las brucelas transitan desde los ETe hacia ETa en un compartimento llamado BCV (20). En la etapa temprana del tránsito intracelular hay un reclutamiento de diferentes marcadores celulares en las BCVs como la GTPasa Rab5 y la proteína de anclaje antígeno endosomal temprano 1 (EEA1), luego son enriquecidas con colesterol y flotilina-1, una proteína involucrada en balsas lipídicas y su señalización con la maduración fagosomal e interacción con la vía endocítica (6). Las BCVs adquieren transitoriamente durante su maduración la glicoproteína lisosomal asociada a membrana-1 (LAMP-1) y la GTPasa monomérica Rab7, características de ETa, para posteriormente dirigirse hacia el RE. La mayoría de las células de Brucella (70-85%) que son internalizadas no logran el tránsito hacia RE y son llevadas a fagolisosomas donde son destruidas (20, 21). Alrededor de un 15-30% de las bacterias en BCVs redirigen su tráfico intracelular evitando la ruta hacia el lisosoma y permaneciendo en compartimentos endocíticos (6, 22, 23). Posteriormente, la BCV modifica su composición mediante la pérdida de LAMP-1, interactúa con los sitios de salida del RE (ERES) adquiriendo proteínas marcadoras de RE como calnexina (CNX) y calreticulina (CALR), e iniciando el establecimiento de la BCV replicativa (rBCV) (24–27) (Fig. 1). Esta pérdida y adquisición de marcadores lisosomales y de RE en la BCV, 7 respectivamente, son características distintivas de la invasión intracelular por Brucella. El proceso de fusión con el RE se da gracias a una íntima interacción con los ERES en un proceso que depende de la GTPasa Sar1 y la consecuente formación de vesículas de transporte COPII-dependientes (24). Durante este proceso se reclutan la GTPasa Rab2 y GAPDH en la BCV (25) que regulan el tráfico entre el RE y el ERGIC y que son requeridos para la biogénesis de la rBCV. Figura 1. Modelo del tráfico intracelular de Brucella. (22) 8 Por otro lado, en fagocitos no profesionales, Brucella se adhiere a las células e induce su internalización mediante fagocitosis dependiente del reclutamiento de filamentos de actina, la activación de GTPasas monoméricas, particularmente Cdc42, y la transducción de señales mediada por segundos mensajeros (28). Estas GTPasas regulan la polimerización de actina y son manipuladas por la bacteria para inducir la penetración a células no fagocíticas (28, 29). Para lograr establecer este ciclo de vida intracelular, Brucella requiere de una serie de determinantes moleculares que actúan de manera importante en cada etapa del ciclo. Entre estos factores de virulencia se encuentran los β-1,2-glucanos cíclicos, el Br-LPS, el sistema de secreción tipo IV (SST4) VirB, entre otros (30). Sistema de secreción tipo IV VirB Los SST4 pertenecen a una familia de complejos multiproteicos bacterianos transmembranales. Estos sistemas están presentes en bacterias intracelulares - Gram-negativas patógenas y atraviesan sus membranas para formar un aparato translocador de macromoléculas. Esta maquinaria propicia dentro del hospedero un ambiente que favorece la sobrevivencia, multiplicación bacteriana y, aunado, la evasión del sistema inmune (31). Las bacterias del género Brucella poseen el SST4 VirB, codificado por el operón virB, el cual expresa un complejo de 11 proteínas altamente conservadas (VirB1- VirB11) (32). VirB es un sistema fundamental para la sobrevivencia intracelular de Brucella spp. y se asocia con la maduración de las BCVs; ya que las mutantes en el SST4 VirB son incapaces de alcanzar su nicho replicativo al impedirse la fusión de las BCVs con el RE (Fig. 1). 9 La expresión sincronizada del SST4 es el resultado de varias proteínas que actúan como reguladores de la transcripción del mismo en respuesta a diversas señales, principalmente la acidificación de la BCV (32). Su función radica en la exclusión de marcadores fagolisosomales de la BCV temprana para finalizar con la maduración de la misma hasta la rBCV, en donde los niveles de expresión genética de virB descienden (21, 22, 24), sin embargo, no se conocen cuáles determinantes moleculares juegan un papel decisivo en esta etapa. Algunos de los factores de transcripción que participan en la regulación del operón virB son IHF, HutC ,Hfq, MdrA, BlxR, VjbR, entre otros (33–38). La proteína IHF interactúa directamente con el promotor de virB e induce un cambio estructural en el ADN que posiblemente favorece la interacción con otros factores de transcripción (38). Uno de estos otros factores de transcripción que se unen directamente tras la acción de IHF es HutC; un regulador de la familia GntR que relaciona la expresión del operón virB con el catabolismo de histidina. Además, MdrA es un regulador de la familia de factores de transcripción MarR, que regula genes de virulencia, genes implicados en el catabolismo de compuestos aromáticos y genes de respuesta a estrés (39). Finalmente, BlxR y VjbR son dos reguladores de “quorum sensing” de la familia LuxR. A pesar del importante papel de VirB en la vida intracelular de las bacterias del género Brucella, la expresión del mismo tanto ex vivo como in vitro es puntual, es decir, su expresión no es constitutiva y está regulada por señales ambientales específicas (23, 38, 40). Mientras que en caldos de cultivos su expresión es altamente dependiente de la fase de la curva de crecimiento en la que se 10 encuentre la bacteria y el pH del medio (40–42), en modelos celulares ex vivo la transcripción del operón virB alcanza un punto máximo a las 5 horas de haber ingresado la bacteria al interior de la célula, se liberan los efectores necesarios para la modulación del tráfico celular y tiempo después la expresión del sistema VirB es rápidamente reprimida y se da entonces el comienzo de la replicación intracelular bacteriana (38). Proteínas efectoras VirB-dependientes Lo anterior ha llevado a postular que el SST4 secreta proteínas que regulan e interfieren con los procesos de tránsito intracelular al propiciar la interacción con el RE y la sobrevivencia en fagocitos profesionales y no profesionales (21, 43–46). Estudios recientes con distintas metodologías bioinformáticas y experimentales han logrado encontrar alrededor de 15 moléculas efectoras secretadas por VirB al citosol de la célula hospedera (47, 48). Los miembros del regulón VjbR: efector VirB-co-regulado C (VirB-co-regulated effector C, VceC) y VceA fueron los primeros en descubrirse y son translocados dentro de macrófagos por el SST4 (49). La proteína VceC interacciona con BiP/Grp78, induce estrés en el RE, reorganiza las estructuras en esta organela e induce una respuesta proinflamatoria en la célula hospedera (50). Otra proteína efectora llamada RicA (Rab2 interacting conserved protein A) interacciona con Rab2, una GTPasa pequeña que es reclutada a las BCVs y que media el tráfico vesicular de Golgi-a-RE, y es secretada de manera VirB- dependiente (51), ya que dicha traslocación no fue detectada en infecciones con mutantes virB-. 11 Marchesini et al., identificaron 4 proteínas que requieren de un SST4 VirB funcional para ser translocadas al citoplasma de las células hospederas infectadas con B. abortus (Accesión NCBI: 359391): BPE043, BPE005, BPE275 y BPE123 (52). Sin embargo, los resultados no lograron elucidar el papel molecular de estas proteínas en la patogénesis. Posteriormente en otros estudios se determinó que la proteína BPE123 tiene como función la activación -enolasa de la célula hospedera a través de cambios conformacionales y/o funcionales, contribuyendo al estilo de vida intracelular de B. abortus (53); y que BPE005 promueve deposición de colágeno y la regulación negativa de la metaloproteinasa de matriz-9 (MMP-9), a través de la transformación del factor de crecimiento 1 en células hepáticas estrelladas (54). En otros estudios recientes se determinó que la proteína TcpB/BtpA induce la vía de respuesta a proteínas desdobladas (UPR) apoyando la replicación intracelular (55) y la degradación de caspasas inflamatorias en macrófagos, lo que subvierte la activación del inflamasoma y finalmente atenúa la piroptosis y la inflamación (56). BtpA, nombrado como Btp1 por Salcedo y colaboradores, fue encontrado gracias al análisis de secuencias del genoma de B. abortus 2308W en búsqueda de candidatos interferentes con el desarrollo de células dendríticas (46). Se encontró que en el extremo C-terminal de esta proteína existe un dominio con alta similaridad de secuencia con la familia de dominios de receptores Toll/interleucina 1 (TIR), ya que se ha demostrado que muchas bacterias patógenas poseen proteínas con estos dominios que contribuyen a su patogénesis (47, 57). En este estudio se logró determinar que BtpA controla la maduración y funcionalidad de 12 células dendríticas infectadas con B. abortus, favoreciendo el establecimiento de una infección crónica (46). BtpB fue el segundo efector de Brucella encontrado que contiene un dominio TIR, y tiene un rol importante en la modulación en la respuesta inmune innata durante la infección al actuar como inhibidor de la señalización de receptores tipo Toll (TLR) e interfiriendo con la activación de las células dendríticas (58). Por otro lado, las proteínas efectoras BspA, BspB y BspF del SST4 median la inhibición de la secreción de proteínas por parte de la célula hospedera, actuando coordinadamente para promover la patogénesis de Brucella (59). Se reportó recientemente que BspB contribuye a la biogénesis de la rBCV a través de la interacción con el complejo de anclaje oligomérico conservado de Golgi (COG) (60), uno de los mayores coordinadores del tráfico vesicular del Golgi, para así remodelar el tráfico membranal y promover la proliferación bacteriana. Adicionalmente, la proteína efectora SepA fue identificada por el grupo de Döhmer y colaboradores, al estar codificada en una región transmitida lateralmente y ser confirmada como un substrato del SST4 VirB (61). Participa en las etapas tempranas de la supervivencia intracelular y no tiene homología detectable con otras proteínas conocidas. Los resultados evidenciaron que mutantes sepA muestran un defecto en la exclusión de LAMP-1 y que fueron inactivadas más eficientemente en etapas tempranas del ciclo de vida intracelular en comparación con la cepa silvestre (61). Luego de más de una década de investigación de muchos grupos de trabajo, ni el mecanismo completo de acción del SST4 VirB, ni el de sus efectores se ha 13 definido (9). Se conoce que las cepas mutantes en este sistema o la mayoría de sus efectores tienen impedimentos particulares en el establecimiento del nicho replicativo en el RE (21). No obstante, no se conocen los marcadores determinantes del redireccionamiento de la BCV hacia el RE en etapas tempranas (6 h) de la infección intracelular. Es importante lograr elucidar los marcadores celulares eucariotas y procariotas particulares que son necesarios en tiempos tempranos para el establecimiento posterior de la rBCV, aunque se conoce que depende de VirB, los mecanismos que rigen la biogénesis de este compartimento siguen siendo elusivos. Los estudios de caracterización proteómica de vacuolas y membranas modificadas por patógenos purificadas proveen bases importantes y fundamentales dirigidas al abordaje de nuevas investigaciones en mecanismos específicos de bacterias patógenas que modulan el tráfico intracelular y generan compartimentos como paso esencial en sus etapas de patogénesis (62), específicamente en B. abortus. HIPÓTESIS En momentos tempranos de la infección, Brucella abortus modifica los perfiles proteicos de la BCV mediante la acción de su aparato VirB. SINOPSIS DEL TRABAJO Objetivo general Para demostrar dicha premisa, este trabajo tiene por objetivo determinar las modificaciones proteicas de la BCV asociadas al aparato VirB en el inicio de la infección en macrófagos. 14 Objetivos específicos 1) Diseñar una estrategia para purificar BCVs de macrófagos infectados con B. abortus. 2) Determinar modificaciones cualitativas y cuantitativas de proteínas de la célula y de la bacteria en BCVs dependientes de la secreción de VirB al inicio de la infección de macrófagos. 3) Proponer un modelo conceptual que ilustre cómo B. abortus 2308W modifica la composición proteica de las BCVs a tiempos tempranos. JUSTIFICACIÓN A pesar de los esfuerzos realizados por diversos grupos de investigación y los avances en experimentación actuales, se desconocen la mayoría de los componentes de las BCVs. En este proyecto pretendemos profundizar en la comprensión de la composición de las BCVs, el conocimiento de la evasión de la ruta endocítica de las brucelas, las interacciones entre la célula hospedero y las brucelas y aclarar algunos aspectos mecanísticos que usan las bacterias intracelulares. El abordaje experimental del proyecto permitirá el enriquecimiento de las proteínas de la BCV para luego poder identificarlas y plantear nuevas rutas experimentales para hallar a los elementos moleculares que participan en la ruta que siguen las BCVs hacia el retículo endoplasmático. 15 MATERIALES Y MÉTODOS Cepas bacterianas Las cepas bacterianas que se utilizaron en este estudio fueron: B. abortus 2308W (tipo salvaje virulenta) (63), una cepa isogénica, atenuada, B. abortus 2308W virB10 (41) y B. abortus 2308W-RFP (64) (Tabla 2). Estas bacterias se crecieron en caldo tripticasa de soya (CTS) hasta llegar a fase de crecimiento exponencial siguiendo métodos ya descritos (65). Tabla 2. Cepas bacterianas utilizadas. B. abortus Características Referencia Cepa de referencia B. abortus 2308 Wisconsin. 2308W (63) Salvaje, altamente virulenta. B. abortus 2308W con deleción polar del marco de virB10- lectura del gen virB10. SST4 no funcional, no se replica (41) en macrófagos. Jean- Jacques 2308W con expresión constitutiva de la proteína roja Letesson 2308W-RFP fluorescente (RFP) de Discosoma. (Namur, Bélgica) Cultivos celulares e infecciones Macrófagos murinos RAW 264.7 fueron cultivados como se describió anteriormente (65). Todas las infecciones de macrófagos con las cepas de B. abortus se realizaron a una MOI de 1000:1 utilizando ensayos de protección de gentamicina (65) como se detalla a continuación. Los macrófagos cultivados en medio Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium (DMEM) suplementado con antibióticos (penicilina 10 000 g/mL y estreptomicina 16 10 000 U/mL) y 10% de suero fetal bovino fueron llevados a una confluencia de un 80-90% en placas de 6 pozos. Posteriormente se removió el medio, se inocularon los macrófagos con la solución bacteriana respectiva preparada en medio DMEM de infección (DMEM, 10 % suero fetal bovino), se centrifugaron las placas a 1 600 rpm para fomentar el contacto e internalización de B. abortus y se incubó 45 min a 37°C con una atmósfera de 5% de CO2. Seguidamente se removió la solución de DMEM de infección y se agregó medio de eliminación de bacterias extracelulares (DMEM de infección, gentamicina 100 g/mL), se incubó bajo las mismas condiciones anteriores por 30 min. Luego de la incubación se sustituyó este medio por medio de mantenimiento de infección (DMEM de infección, gentamicina 5 g/mL). Las mediciones posteriores se realizaron a las 6 horas post infección (h.p.i.). Aislamiento y enriquecimiento de BCVs Para aislar BCVs, macrófagos infectados durante 6 h se lisaron, fraccionaron y los fagosomas se enriquecieron al seguir protocolos descritos previamente. Primero, las BCVs se aislaron en un sobrenadante post nuclear (SPN) según la metodología de Chaves-Olarte et al. (65) y luego, se enriquecieron por un gradiente discontinuo de sacarosa de acuerdo con la metodología descrita por Desjardins et al. (66), con algunas modificaciones descritas a continuación. Brevemente, para lisar las células infectadas y mantener las BCVs íntegras, el precipitado del raspado de células infectadas se resuspendió en un amortiguador de lisis isotónico (ILB; sacarosa 250 mM, Hepes 20 mM, EGTA 0.5 mM y cóctel de 17 inhibidores de proteasas, pH 7.4) (67) y se pasó manualmente a través de una aguja de tuberculina (26G x 1') en una jeringa de 5 mL durante 25 veces para lisar primero las membranas plasmáticas, pero no los núcleos de la célula. Los amortiguadores se mantuvieron en frío y el procedimiento se realizó sobre hielo. Luego, se añadió 25 U/mL de Benzonasa (Sigma-Aldrich), enzima que degrada ácidos nucleicos, y se incubó durante 30 minutos a 37ºC para eliminar restos de ácidos nucleicos. Esta solución se cargó en un primer gradiente de sacarosa 0.8 M (65), para obtener el SPN mediante centrifugación. El SPN se llevó al 40% de sacarosa añadiendo el mismo volumen de solución de sacarosa al 62% (todas las soluciones de sacarosa serán preparadas por % peso/peso en Imidazol 3 mM, pH 7.4) y se cargó en un gradiente escalonado de sacarosa discontinuo (66) para enriquecer las BCVs mediante ultracentrifugación (1 h, 100 000 x g). Para rastrear mediante inmunofluorescencia la purificación y el enriquecimiento de las BCVs, las células se infectaron con la cepa 2308W-RFP durante 6 h. El recuento bacteriano se calculó como el promedio con variación de las UFC/mL crecidas en agar tripticasa soya (ATS) directamente de las distintas fracciones resultantes del proceso de enriquecimiento. Dichas fracciones también se evaluaron mediante microscopía de inmunofluorescencia como se describe más adelante. Extracción de proteínas Para los análisis posteriores se infectaron 3 placas de 6 pozos con macrófagos murinos RAW 264.7 con las cepas B. abortus 2308W o virB10-, de la manera 18 descrita anteriormente, con el fin de obtener muestras de proteínas procedentes de bacterias intracelulares, proteínas luminales (del lumen de la vacuola) y de membrana provenientes de las BCVs a las 6 horas post-infección (h.p.i.). Las fracciones celulares enriquecidas con las BCVs se diluyeron 1:4 en ILB, para disminuir la concentración de sacarosa, y se centrifugaron a 16 873 x g durante 15 minutos en un rotor de ángulo fijo (Eppendorf, FA-42-18-11) en una centrífuga Eppendorf 5418 con el fin de sedimentar las BCVs. El sedimento se resuspendió en Triton X-100 (0,1% peso/volumen en PBS), para solubilizar las proteínas de membrana y luminales de las BCVs, y las proteínas de las BCVs se extrajeron mediante centrifugación (mismas condiciones previas) en el sobrenadante resultante, también separando las brucelas intracelulares (BI) en esta centrifugación (25). Para lisar las brucelas intracelulares resultantes y recuperar sus proteínas, el sedimento obtenido del lisado de las BCVs se resuspendió en SDS al 2% p/v, se incubó a 100 °C durante 15 min, se centrifugó (mismas condiciones previas) y se aislaron las proteínas de las BI en este sobrenadante (65). Los lisados de las BCVs procedentes de macrófagos RAW 264.7 infectados con la cepa 2308W y virB10- fueron procesados con columnas Pierce Detergent Removal Spin Column (Thermo Scientific) para remover remanentes de Tritón X-100 y se cuantificó la concentración de proteínas para su posterior análisis proteómico por HPLC-MS/MS. Se procesaron muestras procedentes de 3 experimentos independientes de purificación de BCVs de macrófagos infectados con 2308W o virB10- durante 6 h.p.i. Además, se prepararon lisados de caldos crecidos hasta 19 fase exponencial de las cepas bacterianas 2308W y virB10- y de macrófagos murinos RAW 264.7 sin infectar (65) para los controles de SDS-PAGE y WB. Liofilización Se asignó 3 réplicas biológicas, i.e. muestras de 3 experimentos independientes, para su posterior análisis proteómico. Muestras de 10 g de proteínas totales destinadas a HPLC-MS/MS fueron liofilizadas por 24 h en un BenchTop Pro with Omnitronics (SP Scientific) previo a su envío al Laboratorio de Proteómica de la facilidad CellNanOS en la Universidad de Osnabrück, Osnabrück, Alemania. Análisis inmunoquímico Se realizó SDS-PAGE y Western blot (WB) de las muestras de lisados de las BCVs y BI procedentes de la infección a macrófagos RAW 264.7 con 2308W o virB10- como se describió previamente (65) con el fin de analizar la composición proteica de las muestras procedentes de la purificación. El contenido proteico total de las muestras se visualizó con azul brillante de Coomassie R-250. Los anticuerpos primarios utilizados para WB fueron: -LAMP-1 de conejo (abcam, ab24170), -CNX de conejo (abcam, ab10286), -CALR de conejo (abcam, ab2907), -actina (ACTA1; Sigma A2066) y -Omp19 de ratón (purificado y validado por nuestro equipo de investigación). Se usó suero completo de vacas positivas para B. abortus y ratones inmunizados contra B. abortus como anticuerpos primarios con el fin de detectar posibles moléculas inmunorreactivas en las BCVs. Además, se utilizó los anticuerpos 20 primarios M84 (-Br-LPS de ratón) y YST9 (-Br-LPS HRP-conjugado) (68) para detectar el Br-LPS en los lisados de las BCVs. Los anticuerpos primarios se detectaron mediante quimioluminiscencia utilizando con anticuerpos HRP-conjugados (Invitrogen) contra las respectivas especies animales utilizando el sustrato Super Signal West Pico Plus (Thermo Scientific). Las respectivas membranas fueron visualizadas en un ChemiDoc XRS (Bio-Rad). Microscopía de inmunofluorescencia Se realizó microscopía de inmunofluorescencia directamente sobre las BCVs enriquecidas, para determinar la compartimentalización de las brucelas en las distintas etapas del protocolo de purificación. Se usó un suero de vaca -Brucella como anticuerpo primario (validado por nuestro equipo de investigación) y se visualizó con un anticuerpo secundario -vaca conjugado con isotiocianato de fluoresceína verde (FITC; Invitrogen), como se describió previamente (65). Las imágenes se obtuvieron en un microscopio de inmunofluorescencia ECLIPSE 80i (Nikon) equipado con un lente objetivo CFI Plan Fluor 100XS Oil (Nikon) y cubos de filtros G2-A (Nikon), B2-A (Nikon) y UV-1A (Nikon). Las imágenes fueron capturadas con una cámara DS-Qi1Mc. Obtención de péptidos trípticos Un total de 10 g de proteína fueron disueltos en 10 L de Tris-HCl 10 mM pH 8.5 con 6 M urea. Los residuos de cisteína fueron reducidos agregando 1 L de 10mM DTT (en 10 mM Tris-HCL, 6 M urea pH 8.5) por 30 min a 37°C y se agregó 1 L 21 de iodoacetamida 100 mM en el mismo buffer (30 min a temperatura ambiente) como agente alquilante. La digestión inició agregando 1 L de mezcla de proteasas al 1 mg/mL (Lys- C/Trypsin, Promega V5071) y se incubó por 4 h a 37 °C. Subsecuentemente, la muestra se diluyó con 67 L de Tris-HCl (pH 8.5) y se incubó por 12 h más. Se removieron las partículas por centrifugación y el sobrenadante con los péptidos se transfirió a viales de HPLC. HPLC-MS/MS Los siguientes pasos cromatográficos fueron llevados a cabo en un equipo UltiMate 3000 nano-HPLC (ThermoFisher): Los primeros 8 L de las muestras fueron desalinizados y concentrados utilizando una precolumna C18 PepMap (ThermoFisher, 5 m, 100A con dimensión de 300 m (I.D.) x 5 mm de largo). El solvente correspondiente fue agua suplementada con 0.1% ácido trifluoroacético (TFA) (solución A) a una tasa de flujo de 25 L/min. La columna cargada y lavada fue cambiada a la línea de nano flujo (25 nL/min), en donde una columna EASY-Spray C18 (ThermoFisher, PepMap RSLC C18, 2 m 100A con dimensión de 75 m (I.D.) x 500 mm) se montó en la salida. Los péptidos fueron eluidos mediante cromatografía líquida en fase reversa utilizando un gradiente ascendente de acetonitrilo (ACN). Se inició con 100% de la solución A y se finalizó con 80% de la solución B (80% ACN, 20% agua y 0.1% TFA) continuamente por 160 min. La ionización por electro spray (ESI) se realizó a 1500 V (ESI Spray Source, ThermoFisher). 22 Un espectrómetro de masas Q Exactive Orbitrap (ThermoFisher) se utilizó para capturar datos de fragmentación por disociación colisional de alta energía (HCD) bajo las siguientes condiciones: Tabla 3. Parámetros de obtención de datos MS y MS/MS. Selección de Parámetro MS MS/MS precursor MS Resolución 70 000 17 500 Control automático de ganancia 3e6 5e2 1e5 (AGC) objetivo Umbral de intensidad (IT) máximo 50 ms 80 ms Rango MS 375-1800 m/z Conteo de bucles 10 Energía de colisión normalizada 27 (NCE) Ancho de aislamiento 1.4 m/z Carga 2-5 Los datos colectados fueron cargados en el software PEAKS Studio X (Bioinformatics Solutions Inc., Canada). Los péptidos fueron identificados utilizando un abordaje de novo y las correspondientes proteínas utilizando las bases de datos del proteoma de Mus musculus UP000000589 y Brucella abortus 2308 UP000002719 (UniProt) fusionadas en un archivo FASTA. Para dicha búsqueda la tolerancia MS fue ajustada a 15 ppm, la tolerancia MS/MS a 0.2 Da. Se estableció como modificación postraduccional fija la carbamidometilación de cisteínas (+ 57.05 Da) y como modificación variable la oxidación de metioninas (+ 15.99 Da). 23 Para el análisis libre de marcaje la lista de proteínas resultante fue filtrada de acuerdo con los siguientes parámetros: a) características peptídicas con una puntuación de calidad ≥ 10, intensidad media ≥ 1x106 y detección en 2 o más muestras por grupo, y b) proteínas con una tasa de descubrimientos falsos (FDR) ≤ 1%, cambio en proporción ≥ 2 o ≤ 1/2, utilizando el método de significancia PEAKSQ y conteniendo al menos 1 péptido único. Análisis bioinformático Se exportaron las listas generadas por el software PEAKS Studio X con el fin de realizar comparaciones entre las proteínas detectadas en las BCVs células infectadas con B. abortus 2308W y virB10-. Las listas fueron ordenadas y comparadas con el software Excel del paquete de Microsoft® Office para determinar las proteínas de cada grupo (2308W o virB10-) que estuvieran presentes en al menos 2 de 3 las réplicas biológicas analizadas y ausentes en las 3 réplicas del grupo contrario (proteínas exclusivas). La función anticipada de las proteínas de las listas fue asignada mediante anotación funcional con la herramienta bioinformática de uso libre disponible en línea BlastKOALA (69). 24 RESULTADOS La optimización del protocolo de fraccionamiento celular permitió el enriquecimiento de BCVs Se implementó un protocolo de aislamiento de BCVs de macrófagos murinos RAW 264.7 en etapas tempranas de infección (6 h), con el fin de enriquecer estos compartimentos y realizar análisis posteriores de caracterización a distintos niveles. Mediante la técnica de ensayo de protección con gentamicina, se infectó macrófagos murinos y a las 6 h.p.i. se lisaron mecánicamente los mismos para recuperar el contenido intracelular. El lisado se sometió a un primer gradiente de sucrosa para remover organelas pesadas de la célula hospedero, obtener un sobrenadante post-nuclear y posteriormente, éste mismo se fraccionó en un gradiente discontinuo de sucrosa con el fin de enriquecer las BCVs (Fig. 2A). Para evaluar la presencia de las bacterias y su concentración durante el procedimiento de purificación en las etapas post-lisis, sobrenadante post-nuclear y en el fraccionamiento celular, se determinó las UFC/mL y el porcentaje de bacterias 2308W-RFP recuperadas en el interior de un compartimiento derivado de la célula hospedero (Fig. 2B). Combinando estas estrategias fue posible evidenciar el enriquecimiento progresivo de las BCVs en cada fase del protocolo (Fig. 2). Se analizó la densidad poblacional bacteriana en cada fracción del gradiente de fraccionamiento celular luego de la ultracentrifugación. En la fracciones 1-10, fue posible encontrar el 2 % de bacterias totales, en la fracción número 11 (interfase superior de sucrosa al 25 62%) se encontró el 63 % de bacterias totales (Fig. 2A, BCVP), mientras que, en el precipitado se detectó el 35% restante (Fig. 2A, PGFC). Con el fin de analizar la compartimentalización de dichas bacterias se utilizó inmunofluorescencia con un anticuerpo bovino -Brucella contra las bacterias 2308W-RFP en la muestra. Bajo esta lógica, si el anticuerpo interacciona con la bacteria, entonces esta estaba accesible y afuera por lo que se visualiza amarilla al colocalizar ambas fluorescencias roja y verde; mientras que, si el anticuerpo no interacciona con la bacteria veríamos únicamente las brucelas rojas fluorescentes, indicando la presencia de una membrana alrededor de ellas (BCV). Mediante esta estrategia se logró detectar en la fracción 11 un 86% de las brucelas compartimentalizadas en las BCVs (Fig. 2C-D). Mientras que, en el precipitado del gradiente de fraccionamiento celular, el 99% de las bacterias estaban afuera de las vacuolas ya que prácticamente todas fueron accesibles al anticuerpo -Brucella (Fig. 2C). Las BCVs presentan perfiles inmunorreactivos diferentes de manera VirB- dependiente Las BCVs enriquecidas se lisaron con Tritón al 0.1% y las bacterias remanentes con SDS 2% (Fig. 3A). Se realizó caracterización bioquímica e inmunoquímica de los compartimentos intracelulares contenedores de brucelas mediante WB con el fin de determinar si incluyen marcadores celulares de tráfico intracelular, citoesqueleto y bacterianos. 26 27 El patrón electroforético de las muestras de proteínas de compartimento y de brucelas intracelulares fue diferente, indicando que la composición proteica varía en los pozos cargados con proteínas solubles en la lisis de BCVs con Tritón X-100 y subsecuentemente con SDS (Fig. 3A-B). El bandeo de las proteínas solubles en Tritón X-100 y en SDS se observó distinto al de los controles de células RAW y bacterias extracelulares, respectivamente (Fig. 3B). Mediante western blot de las diferentes fracciones se evidenció la presencia de LAMP-1, calnexina y calreticulina en las muestras de proteínas de compartimentos y de bacterias intracelulares provenientes de BCVs derivadas de macrófagos infectados con las cepas 2308W o virB10-, evidenciando la posible contaminación de las fracciones que contienen las BCVs con otros compartimentos intracelulares como el RE, ya que componentes de esta organela se observaron en muestras de ambas cepas, sugiriendo que su presencia es independiente de la actividad biológica del SST4. No se evidenció presencia de actina en ninguna muestra distinta a la del lisado control de células no infectadas lo que sugiere que nuestro procedimiento es capaz de excluir proteínas citoplasmáticas. Fue posible observar bandas tenues indicadoras de la presencia de la proteína de membrana externa bacteriana Omp16 en las muestras de bacterias intracelulares. Curiosamente, se encontró mayor cantidad de esta proteína en las BCVs derivadas de la cepa virB10- (Fig. 3C). 28 29 Se utilizaron sueros de vacas positivas para B. abortus y de ratones inmunizados con B. abortus para analizar si existían componentes inmunogénicos para estos animales en las muestras de proteínas de compartimentos y bacterias intracelulares. Se encontró un patrón inmunorreactivo presente en los lisados de proteínas de compartimentos y brucelas intracelulares compatible con el patrón de migración electroforética de LPS (70). Esta señal fue más fuerte en las proteínas del compartimento derivadas de la cepa 2308W con respecto a las BCVs derivadas de virB10- (Fig. 3D). Con el objetivo de verificar si este patrón inmunorreactivo en efecto corresponde a LPS se procedió a utilizar los anticuerpos monoclonales contra la cadena O de esta molécula: M84 y YST9 (Fig. 3D). En este caso se observó que, de igual manera, hubo una mayor cantidad de señal de Br-LPS presente en las muestras de proteínas de BCVs derivadas de la cepa 2308W en comparación con virB10-. En las muestras de proteínas de brucelas intracelulares provenientes de ambas cepas 2308W y virB10-, se observó una intensidad de la señal de M84 y YST9 similar (Fig. 3D), evidenciando la presencia uniforme de este componente estructural en las cepas bacterianas respectivas. Por lo tanto, se concluye que la presencia diferencial de LPS en las BCVs podría responder a un comportamiento biológico que varía entre la cepa 2308W y la virB10-. 30 El abordaje comparativo permitió detectar proteínas relevantes asociadas al tránsito intracelular de las BCVs Las muestras de compartimentos contenedores de las cepas B. abortus 2308W o virB10- (Fig. 3A, PC) fueron sometidas a HPLC-MS/MS con el fin de identificar de las proteínas presentes y su respectiva cuantificación mediante la técnica libre de marcaje. Se utilizó las BCVs de B. abortus virB10- como control, ya que esta es una cepa deficiente en el SST4 y no posee la capacidad de redirigir el tránsito intracelular hacia el RE, ni de establecer la rBCV para promover la replicación bacteriana. Por lo tanto, las proteínas diferenciales entre ambos compartimentos dan poder de discriminatorio para el análisis y relevancia biológica importante, teniendo en cuenta que la presencia de determinadas proteínas exclusivamente encontradas en las vacuolas derivadas de la cepa 2308W deberían favorecer el establecimiento de una rBCV, mientras que las presentes de forma exclusiva en compartimientos derivados de la cepa virB10- podrían corresponder a un patógeno que no logra evadir la ruta lisosomal. Se detectó un promedio de 2 220 y 2 375 proteínas en las 3 réplicas independientes de BCVs de 2308W y virB10-, respectivamente (Fig. 4A). El 83.6 y 85.9% (2308W y virB10-, respectivamente) de estas proteínas estuvieron presentes en todas o en 2 de 3 réplicas (Fig. 4B) y por lo tanto las definimos como el grupo de proteínas que tienen un alto grado de confianza de encontrarse en dichos compartimentos. 31 32 Estas listas de proteínas se compararon entre las cepas para determinar cuáles componentes caracterizan exclusivamente los compartimentos contenedores de la cepa 2308W o virB10- y, seguidamente, cuál es la importancia biológica de las mismas. Como se observa en la figura 4C, 1 821 proteínas se encontraron compartidas en ambos grupos, mientras que 255 fueron detectadas exclusivamente en las muestras de 2308W (Anexo A1) y 434 exclusivas de virB10- (Anexo A2). Las proteínas exclusivas de cada grupo se dividieron de acuerdo con su presencia en 3/3 o 2/3 réplicas, siendo las proteínas presentes en 3/3 muestras candidatos más robustos para determinar diferencias más reproducibles a través de los experimentos. Se identificaron 40 proteínas exclusivas para el grupo 2308W presentes en todas las réplicas biológicas. Dentro de estas se destacó la presencia de proteínas del hospedero con actividad GTPasa como GNG12, NRAS, IGTP y ARF4. También se ubicaron proteínas eucariotas de transporte y tráfico vesicular como TMED2, GBF1, RAB11FIP5, SNX1 y SEC23B. También es importante mencionar que se encontraron proteínas localizadas sub-celularmente en el RE, como lo son IGTP, GBF1, SEC23B, STIM1 y DERL2. LSP1, UNC93B1, CD40, LY96 y TLR3, que fueron encontradas en las BCVs derivadas de 2308W relacionadas con la regulación de respuesta inmune, respuestas asociada a la unión con LPS y a la regulación proinflamatoria. Interesantemente, en este grupo de moléculas exclusivas se encontró la proteína GDI1 que actúa como inhibidor de disociación de GDP, importante en la transducción de señales de GTPasas Rab. 33 34 Se observó la presencia de 102 proteínas del hospedero exclusivas para el grupo virB10- en todas las réplicas biológicas. Dentro de las más importantes implicadas en cubierta y tráfico vesicular se encontró LAMTOR1, PIP4P1, SCAMP3, SNAP91, MOB4, TMED4, SRGAP2, RAB22A, FLOT2, SNX8, HRAS, COPA, CHMP6, BNIP1, RAB34, CLN3, PIP5K1C, SLC9A6, y SAR1A. Adicionalmente, se encontró proteínas con actividad de ATPasa vacuolar como ATP6AP1, y de vías de señalización de respuesta inmune como CD180, CD72, ERBIN, H2-K1 y H2-T24. También se encontraron las proteínas MYO9B, ARHGAP30, ARHGEF11 y KALRN, que son factores activadores de intercambio de GDP por GTP en GTPasas de la familia Rho, no encontrados en las BCVs de 2308W. Con respecto a las proteínas procariotas se encontraron en dos o más muestras, las proteínas GroEL, EF-Tu, NuoI, SodC y GlyS fueron exclusivamente detectadas las BCVs de 2308W; mientras que en BCVs derivadas de virB10- se hallaron PtsP, y las proteínas hipotéticas BAB2_0547 y BAB2_0299. Se realizó proteómica comparativa por metodología cuantitativa libre de marcaje con los resultados de los análisis HPLC-MS/MS a las muestras de BCVs 2308W y virB10-. Se logró detectar cambios en la abundancia relativa con significancia estadística a través del análisis indicado (Fig. 5). Del total, 21 proteínas fueron expresadas diferencialmente entre los grupos utilizando los parámetros de filtración indicados anteriormente en la metodología y el análisis estadístico PEAKSQ. Como se muestra en la Tabla 4 las proteínas eucariotas UACA, UGGT1, ACOD1 y ATL2 fueron detectadas como sobre-expresadas en las muestras de BCVs 2308W (Fig. 5B-C, color rojo). Por el contrario, en BCVs de 35 virB10- se encontraron enriquecidas en abundancia relativa las proteínas eucariotas: GM11273, ATP6V1H, ATP6V0A1, RCC2, TCIRG1, VDAC1, VDAC2, UQCRC1, PHB, SFXN3, NDUFS6, SLC25A11, ATP6V1F, ATP6V1F, UQCRC2, MTCH2 Y AHNAK (Fig. 5B-C, color verde). Con el fin de explicar y categorizar la funcionalidad biológica de las proteínas diferencialmente expresadas, las detectadas exclusivamente en 2308W y en virB10- fueron anotadas funcionalmente. En las BCVs 2308W se observó una mayor proporción de proteínas relacionadas con vías metabólicas de procesamiento de la información ambiental (33/229 totales, correspondientes al 15%), familias de proteínas de procesamiento de información genética (13%) y de procesamiento de información genética (11%) (Fig. 6A), entre otras. Se encontró proteínas destacadas con registros KEGG correspondientes a vías de transducción de señales MAPK, Ras y fosfolipasa D en la categoría de procesamiento de información ambiental. Los registros más destacados de la categoría de familias de proteínas de procesamiento de información genética correspondieron a proteínas de vías de tráfico membranal, biogénesis mitocondrial y de cromosoma y sus proteínas asociadas. Para la categoría de procesamiento de información genética se evidenció mayoritariamente la presencia de proteínas pertenecientes a vías de procesamiento proteico en retículo endoplásmico, de ribosoma y de transporte de ARN. 36 37 Por otro lado, en las BCVs de B. abortus virB10- se observó un mayor número de proteínas involucradas en vías de familias de proteínas de procesamiento de información genética (84/386 totales, correspondiente al 22%), procesamiento de información genética (13%) y de metabolismo (8%) (Fig. 6B), entre otras. Los registros KEGG que se destacaron en las vías de familias de proteínas de procesamiento de información genética fueron de tráfico membranal, de cromosoma y sus proteínas asociadas y de biogénesis mitocondrial. Para la categoría de procesamiento de información genética hubo presencia mayoritaria de entradas pertenecientes a vías de ribosomas, transporte de ARN y proteosoma. De metabolismo se encontraron entradas relacionadas con enzimas, fosfatasas y sus proteínas asociadas y peptidasas. Cabe destacar que existió un número amplio de proteínas que no se encuentran aún definidas en la base de datos KEGG: 49 y 96 para 2308W y virB10-, respectivamente, hasta este punto y con esta estrategia es desconocida la información biológica que podrían brindar dichas proteínas no categorizadas en las bases de datos. 38 Tabla 4. Lista de proteínas diferencialmente abundantes en BCVs de B. abortus 2308W y B. abortus virB10- determinadas por cuantificación libre de marcaje*. 2308W virB10- Nombres Razón Nombres de # Accesión de Definición KO Anotación GO Gene ontology Significancia (2308W/ Promedio Promedio proteínas genes virB10-) de D.E. de D.E. intensidad intensidad Sobre-abundantes en 2308W (Razón ≥ 2) Apoptotic signaling Uveal autoantigen pathway [GO:0097190]; with coiled-coil A0A1L1SVG0 Uaca N.D. N.D. regulation of NIK/NF- 113.48 3.42 2.56x107 2.42x107 7.48x106 5.74x106 domains and ankyrin kappaB signaling repeats [GO:1901222] Recognizes glycoproteins with minor folding defects. Reglucosylates single N- glycans near the misfolded part of the protein, thus UDP- HUGT; UDP- providing quality control for glucose:glycoprotein UDP- glucose:glycoprotein protein folding in the glucosyltransferase G3UZU8 glucose:glycoprotein Uggt1 86.44 2.22 2.06x108 1.65x108 9.26x107 2.15x107 glucosyltransferase endoplasmic reticulum. activity [GO:0003980]; glucosyltransferase 1 [EC:2.4.1.-] Reglucosylated proteins are protein glycosylation recognized by calreticulin for [GO:0006486] recycling to the endoplasmic reticulum and refolding or degradation; Belongs to the glycosyltransferase 8 family. Aconitate decarboxylase activity [GO:0047613]; defense response [GO:0006952]; positive IRG1; aconitate Cis-aconitate regulation of A0A0R4J027 Acod1 decarboxylase N.D. 63.76 2.02 1.28x109 1.08x109 6.33x108 4.51x108 decarboxylase antimicrobial humoral [EC:4.1.1.6] response [GO:0002760]; tolerance induction to lipopolysaccharide [GO:0072573] GTPase tethering membranes through formation of trans- homooligomers and mediating homotypic fusion of Integral component of endoplasmic reticulum membrane ATL; atlastin membranes. Functions in [GO:0016021]; GTP E9QND8 Atlastin-2 Atl2 41.20 2.22 1.68x107 1.11x107 7.57x106 4.37x106 [EC:3.6.5.-] endoplasmic reticulum tubular binding [GO:0005525]; network biogenesis; Belongs GTPase activity to the TRAFAC class dynamin- [GO:0003924] like GTPase superfamily. GB1/RHD3-type GTPase family. GB1 subfamily. 39 Sub-abundantes en 2308W (Razón ≤ 0.5) This protein is one of the nuclear- Mitochondrial envelope Cytochrome c oxidase coded polypeptide chains of COX5B; cytochrome c [GO:0005740]; Q9D881 subunit 5B Gm11273 cytochrome c oxidase, the 200.00 0.26 9.25x107 1.05x108 3.50x108 3.01x108 oxidase subunit 5b cytochrome-c oxidase mitochondrial terminal oxidase in mitochondrial activity [GO:0004129] electron transport. Integral component of membrane [GO:0016021]; vacuolar proton-transporting V- type ATPase, V0 domain ATPeV1H; V-type H+- V-type proton ATPase [GO:0000220]; proton A0A0A6YX18 Atp6v1h transporting ATPase N.D. 200.00 0.41 1.25x107 9.14x106 3.03x107 1.09x107 subunit H transmembrane subunit H transporter activity [GO:0015078]; ATP hydrolysis coupled proton transport [GO:0015991] Vacuolar proton- transporting V-type ATPase, V1 domain Required for assembly and [GO:0000221]; proton- ATPeV0A; V-type H+- activity of the vacuolar ATPase. transporting ATPase V-type proton ATPase K3W4T3 Atp6v0a1 transporting ATPase Potential role in differential activity, rotational 200.00 0.43 7.18x106 4.71x106 1.66x107 2.32x106 subunit a subunit a targeting and regulation of the mechanism enzyme for a specific organelle. [GO:0046961]; ATP hydrolysis coupled proton transport [GO:0015991] Required for completion of mitosis and cytokinesis. May Protein RCC2 A2AWQ2 Rcc2 N.D. function as a guanine nucleotide N.D. 111.58 0.42 2.36x107 1.31x107 5.68x107 5.18x107 (Fragment) exchange factor for the small GTPase RAC1. Integral component of membrane Essential component of the [GO:0016021]; late vacuolar proton pump (V- endosome ATPeV0A; V-type H+- ATPase), a multimeric enzyme [GO:0005770]; lysosome V-type proton ATPase Q9JHF5 Tcirg1 transporting ATPase that catalyzes the translocation of [GO:0005764]; 101.29 0.41 2.01x108 1.20x108 4.77x108 1.11x108 subunit a subunit a protons across the membranes. phagocytic vesicle Required for assembly and membrane activity of the V-ATPase. [GO:0030670]; phagosome acidification [GO:0090383] Forms a channel through the Integral component of mitochondrial outer membrane membrane [GO:0016021]; Voltage-dependent VDAC1; voltage- and the plasma membrane. The F2Z471 anion-selective channel Vdac1 dependent anion channel at the outer mitochondrial outer 99.95 0.41 1.82x108 9.96x107 4.46x108 1.37x108 protein 1 channel protein 1 mitochondrial membrane allows membrane diffusion of small hydrophilic [GO:0005741]; voltage- molecules; in the plasma gated anion channel membrane it is involved in cell activity [GO:0008308] 40 volume regulation and apoptosis. It adopts an open conformation at low or zero membrane potential and a closed conformation at potentials above 30-40 mV. The open state has a weak anion selectivity whereas the closed state is cation-selective. Forms a channel through the mitochondrial outer membrane that allows diffusion of small hydrophilic molecules. The Mitochondrial outer channel adopts an open Voltage-dependent VDAC2; voltage- membrane conformation at low or zero G3UX26 anion-selective channel Vdac2 dependent anion [GO:0005741]; voltage- 97.78 0.41 1.68x107 9.68x106 4.08x107 1.33x107 membrane potential and a closed protein 2 channel protein 2 gated anion channel conformation at potentials above activity [GO:0008308] 30-40 mV. The open state has a weak anion selectivity whereas the closed state is cation- selective. Cytochrome b-c1 QCR1; ubiquinol- Catalytic activity complex subunit 1 cytochrome c A0A0A6YW82 Uqcrc1 N.D. [GO:0003824]; metal ion 94.24 0.42 1.40x108 7.65x107 3.33x108 1.55x108 mitochondrial reductase core binding [GO:0046872] (Fragment) subunit 1 Prohibitin inhibits DNA synthesis. It has a role in regulating proliferation. As yet it is unclear if Membrane Q5SQG5 Prohibitin (Fragment) Phb PHB1; prohibitin 1 the protein or the mRNA exhibits 93.05 0.42 7.01x107 1.61x107 1.66x108 9.08x107 [GO:0016020] this effect. May play a role in regulating mitochondrial respiration activity and in aging. Integral component of membrane Potential iron transporter; [GO:0016021]; ion Q3U4F0 Sideroflexin-3 Sfxn3 N.D. 91.92 0.42 1.92x107 3.63x106 4.52x107 2.68x107 Belongs to the sideroflexin family. transmembrane transporter activity [GO:0015075] Mitochondrial respiratory chain complex I NDUFS6; NADH NADH dehydrogenase [GO:0005747]; dehydrogenase A0A1Y7VM38 [ubiquinone] iron-sulfur Ndufs6 N.D. mitochondrial electron 80.70 0.45 4.64x107 4.20x107 1.03x108 7.56x107 (ubiquinone) Fe-S protein 6 mitochondrial transport, NADH to protein 6 ubiquinone [GO:0006120] Catalyzes the transport of 2- oxoglutarate across the inner SLC25A11; solute mitochondrial membrane in an Mitochondrial 2- carrier family 25 electroneutral exchange for Integral component of oxoglutarate/malate (mitochondrial Q5SX46 Slc25a11 malate or other dicarboxylic membrane 73.75 0.47 5.79x107 1.06x107 1.24x108 6.56x107 carrier protein oxoglutarate acids, and plays an important role [GO:0016021] (Fragment) transporter), member in several metabolic processes, 11 including the malate-aspartate shuttle, the oxoglutarate/isocitrate shuttle, in gluconeogenesis from 41 lactate, and in nitrogen metabolism. Maintains mitochondrial fusion and fission events, and the organization and morphology of cristae. Involved in the regulation of apoptosis. Proton-transporting V- type ATPase, V1 domain [GO:0033180]; proton- transporting ATPase ATPeV1F; V-type H+- V-type proton ATPase activity, rotational A0A0N4SVE1 Atp6v1f transporting ATPase N.D. 73.13 0.47 3.03x106 7.75x105 6.46x106 3.27x106 subunit F mechanism subunit F [GO:0046961]; ATP hydrolysis coupled proton transport [GO:0015991] Proton-transporting V- type ATPase, V1 domain [GO:0033180]; proton- transporting ATPase ATPeV1F; V-type H+- V-type proton ATPase activity, rotational F7B2B4 Atp6v1f transporting ATPase N.D. 73.13 0.47 3.03x106 7.75x105 6.46x106 3.27x106 subunit F (Fragment) mechanism subunit F [GO:0046961]; ATP hydrolysis coupled proton transport [GO:0015991] Cytochrome b-c1 QCR2; ubiquinol- Catalytic activity complex subunit 2 cytochrome c A0A140LI98 Uqcrc2 N.D. [GO:0003824]; metal ion 70.05 0.48 9.93x107 2.99x107 2.08x108 1.29x108 mitochondrial reductase core binding [GO:0046872] (Fragment) subunit 2 Integral component of membrane The substrate transported is not Mitochondrial carrier MTCH; mitochondrial [GO:0016021]; protein Q9D050 Mtch2 yet known. Induces mitochondrial 65.24 0.35 1.59x107 7.11x106 4.49x107 1.39x107 homolog 2 carrier localization to depolarization. mitochondrion [GO:0070585] Actin cytoskeleton [GO:0015629]; membrane raft [GO:0045121]; vesicle [GO:0031982]; S100 AHNAK nucleoprotein AHNAK nucleoprotein protein binding E9Q616 Ahnak N.D. 63.45 0.50 1.02x109 1.41x109 2.01x109 1.88x109 (desmoyokin) (desmoyokin) [GO:0044548]; structural molecule activity conferring elasticity [GO:0097493]; protein complex oligomerization [GO:0051259] N.D.: No determinado. D.E.: Desviación estándar. *Todas las proteínas diferencialmente expresadas fueron de Mus musculus. Las proteínas con razón ≥2 se encuentran mostradas en negrita. 42 Se determinó mediante el BlastKOALA que las proteínas diferencialmente expresadas UGGT1, ACOD1 y ATL2 están implicadas en vías metabólicas del procesamiento de proteínas en el retículo endoplásmico, metabolismo de carbohidratos y el tráfico membranal, respectivamente. Se halló que la mayoría de las proteínas filtradas por el análisis cuantitativo libre de marcaje están relacionadas con vías de metabolismo energético (9/21 totales, i.e. 43%), familias de proteínas de procesamiento de información genética (19%) y procesamiento de información ambiental (9%), entre otras (Fig. 7). Un 14% de las proteínas no tenía función definida en la base de datos de vías metabólicas KEGG. En conjunto estos datos permiten caracterizar los compartimentos contenedores de intracelulares tempranos contenedores de B. abortus 2308W y virB10-, diferencias que, en un principio, se basarían en la capacidad de la bacteria de secretar o no efectores a través de su SST4 para redirigir su tránsito e impedir la fusión con el lisosoma de la célula hospedera. 43 44 DISCUSIÓN La BCV es un compartimento complejo que continuamente está en interacción con variedad de vías y organelas dentro de la célula hospedera. Es de crucial importancia lograr determinar las modificaciones que sufre el compartimiento en distintas etapas del tráfico intracelular, con el fin de entender la biología de la patogénesis de Brucella y cómo su sistema de secreción VirB modula la composición de este para evadir la ruta lisosomal y poder llevar a la bacteria al retículo endoplásmico. Anteriormente, se han utilizado metodologías para la purificación de compartimentos conteniendo patógenos intracelulares (62). En todas ellas se usó el fraccionamiento sub-celular mediante ultracentrifugación, microscopía de inmunofluorescencia, inmunopurificación magnética, filtración, Western blot, y partículas recubiertas con factores de virulencia. Entre los logros recopilados en el estudio de Herweg y colaboradores (62) están: el enriquecimiento basado en efectores del SST4 Dot/Icm en Legionella pneumophila; el enriquecimiento basado en partículas recubiertas con trehalosa-6,6-dimicolato (TDM) en Mycobacterium tuberculosis; el aislamiento de inclusiones basada en filtración en Chlamydia trachomatis; el enriquecimiento basado en fraccionamiento sub-celular en Simkania negevensis; y el enriquecimiento de membranas modificadas por Salmonella basado en efectores del T3SS-SPI2 en Salmonella enterica. En este estudio se implementó con éxito un protocolo de enriquecimiento de BCVs en etapas tempranas de infección de macrófagos murinos RAW 264.7. En el caso de B. abortus no se conocen blancos adecuados para ser utilizados en técnicas de 45 inmunopurificación, por lo que es requerido iniciar con la búsqueda y enriquecimiento de las vacuolas a través de procedimientos basados en fraccionamiento sub-celular (62). La recuperación de BCVs alcanzó un 86% de bacterias compartimentalizadas en la interfase de sucrosa 62%, como lo indica la microscopía de inmunofluorescencia, sugiriendo que la presencia de una membrana circundante a la bacteria resulta en cambios en la flotación de la vacuola en el gradiente, esto evidenciado por la presencia de bacterias no compartimentalizadas en el precipitado. Sin embargo, en los resultados de Western blot fue posible evidenciar la presencia de LAMP-1 (proteína asociada a ETa y lisosomas), calnexina y calreticulina (proteínas de control de calidad de plegamiento proteico en RE) presentes en los lisados de BCVs derivadas de ambas cepas (Fig. 3, PC), marcadores que colocalizan por microscopía de fluorescencia confocal en esta etapa de tránsito intracelular de B. abortus 2308W, no así en la cepa virB10- en donde se reporta colocalización únicamente con LAMP-1 (21, 22). En esta etapa la BCV interacciona con los ETa previo a la biogénesis de la rBCV, indicando que en este estudio las BCVs de la cepa 2308W presentan una maduración fagosomal normal en la vía endocítica y características adecuadas para su posterior análisis. Este método requiere de una destreza alta para su ejecución y del uso de una gran cantidad de material celular para obtener rendimientos visibles de BCVs. Este abordaje presenta un reto tecnológico, las metodologías recopiladas por Herweg y colaboradores (62) explotan la información de años de investigación realizada por distintos grupos alrededor del mundo que poseen facilidades de alto 46 nivel, incomparables a las que se disponían en este estudio. Esto se refleja en que se detectaron 2 o 3 veces más proteínas en nuestras muestras en comparación con los números determinados en dichos estudios (62), evidenciando posible contaminación acarreada en las preparaciones de BCVs con otros compartimentos de la célula hospedero. La búsqueda mediante Western blot de componentes inmunorreactivos permitió evidenciar la presencia de Br-LPS en los lisados de BCVs de la cepa 2308W y no de virB10- (Fig. 3). Se ha reportado que las bacterias liberan LPS a medida que crecen y se replican, a través de vesículas de membrana externa (OMVs, también conocidas como blebs) o cuando mueren (71), no así a través de un SST4, por lo tanto esta molécula no cumpliría con los requisitos de ser molécula efectora de VirB. Sin embargo, resulta interesante observar su presencia predominantemente en la cepa silvestre (Fig. 8). Tanto las brucelas lisas como rugosas liberan OMVs que brotan de la membrana externa bacteriana hacia la célula hospedera para ejercer efectos inmunomodulatorios y favorecer el establecimiento de la infección (72), este proceso resulta en una vesícula bacteriana que podría contener componentes periplásmicos, LPS y proteínas de membrana externa, de manera independiente de la secreción tipo IV de VirB. Sin embargo, no se detectaron componentes periplásmicos ni proteínas de membrana de externa de B. abortus en las BCVs. Se realizó una comparación de las listas de proteínas resultantes de los análisis HPLC-MS/MS entre las cepas 2308W y virB10- con el fin de destacar las diferencias a nivel cualitativo y cuantitativo de los compartimentos intracelulares a 47 las 6 h.p.i. En otros estudios de proteómica comparativa se han detectado números entre 2 y 3 veces más bajos de proteínas totales en las preparaciones de compartimentos intracelulares contenedores de patógenos bacterianos como L. pneumophila (1150 proteínas de macrófagos hospederos) (73), M. tuberculosis (835 proteínas totales) (74), C. trachomatis (2231 proteínas de hospedero) (75) y S. enterica (552 proteínas de hospedero) (76). El hecho de que en el presente trabajo se hayan identificado números mayores de proteínas en los compartimientos que contienen a B. abortus, probablemente se deba a la metodología empleada para aislar los compartimentos y membranas de los patógenos anteriores, que se basan en metodologías de purificación más elaboradas y que hacen uso de determinantes moleculares previamente conocidos en dichos compartimientos, lo que permite una estrategia de inmunomagnetismo (62); estas técnicas no son aplicables a B. abortus, en donde aún no se conocen blancos específicos para dirigir estas estrategias. Precisamente el presente trabajo provee información fundamental para en subsiguientes estrategias de purificación, poder utilizar blancos específicos para obtener preparaciones más puras de los compartimientos. Es importante destacar que las metodologías de los estudios anteriores (62) utilizan sistemas analíticos e instrumentos diferentes a los disponibles en este estudio, los cuales podrían implicar diferencias en la sensibilidad de la detección de péptidos, calidad de los resultados, puntuación de los péptidos, cuantificación de abundancia relativa y el manejo de los espectros de masas crudos. 48 En trabajos previos se han experimentado dificultades para sacar conclusiones cuando se detectan tantas proteínas del hospedero (75). En nuestro abordaje, sin embargo, fue posible filtrar proteínas conservadas y exclusivas de cada compartimento contenedor de 2308W o virB10- de manera reproducible (Fig. 4C). Los resultados derivados de las BCVs de virB10- permitieron realizar una estrategia de comparación con la finalidad de describir diferencialmente al compartimento contenedor de la cepa silvestre en función de la capacidad del SST4 VirB de secretar efectores. Esta estrategia diferencial permitió identificar grupos de proteínas exclusivos para cada una de las cepas relacionados con la presencia o no del sistema de secreción tipo IV VirB y realizar un modelo conceptual que ilustra cómo B. abortus 2308W modifica la composición proteica de las BCVs a tiempos tempranos (Fig. 8). En general, se evidenció la presencia de menos proteínas totales y exclusivas detectadas en las muestras de 2308W, como se observa en la figura 8. Esto nos podría decir que la bacteria silvestre anticipadamente impide el reclutamiento de proteínas a la BCV permitiendo pasar de manera relativamente silente esta etapa del tránsito sin inducir una respuesta en la célula hospedera. En el estudio de Herweg y colaboradores, se encontraron 56 proteínas conservadas entre vacuolas contenedoras de Legionella, Salmonella, Simkania, Chlamydia y Mycobacterium (62). De esas 56 proteínas, 30 se encontraron también en este estudio, 25 conservadas en B. abortus 2308W y virB10-, y 5 exclusivas de virB10- (Myosin-9, Myosin-Ic, ATPase family, AAA domain- containing 3A y Alpha-soluble NSF attachment protein). Este hallazgo comprueba 49 que las proteínas detectadas en BCVs también se han encontrado en otros estudios, lo que valida nuestros resultados. Llama la atención que las proteínas de B. abortus 2308W detectadas exclusivamente en cada compartimento sean tan poco numerosas (Anexos A1 y A2, Brucella abortus 2308W). Esto evidencia que la estrategia de remoción bacteriana por centrifugación fue exitosa, pero deja la interrogante de cómo tan pocos componentes son teóricamente capaces de impactar la ruta intracelular que sigue esta bacteria al secretarlos de manera VirB-dependiente o no (Fig. 8). 50 Se identificaron en más de dos muestras las proteínas procariotas GroEL, EF-Tu, NuoI, SodC y GlyS como exclusivas de las BCVs de 2308W (Anexo A1, Fig. 8). GroEL es una proteína citoplasmática de choque térmico encargada del plegamiento correcto de polipéptidos dependiente de ATP, ampliamente conservada en procariotas y eucariotas (77). Una vez que las bacterias son fagocitadas por la célula hospedero se encuentran en un ambiente estresante debido a la acidificación fagosomal, explosión oxidativa y la fusión del fagosoma con el lisosoma. Estas situaciones inducen la expresión alta de las proteínas de choque térmico, como GroEL, que ayudan a hacerle frente al ambiente hostil y contribuir a la patogénesis (78). EF-Tu es un factor de elongación de la transcripción que permite la unión dependiente de ATP del ARN de transferencia cargado al sitio A de los ribosomas durante la síntesis de proteínas (79). NuoI es la subunidad 1 de la NADH-quinona oxidorreductasa, complejo proteico membranal encargado de mantener el balance NADH/NAD+ al catalizar la transferencia de un protón desde el NADH a la quinona a través de una cadena de grupos de hierro-azufre (Fe/S) distribuida en sus subunidades (80). Esta maquinaria proteica es fundamental para el bombeo de protones y la generación de energía (81). Como es bien sabido, los macrófagos producen ROS gracias a la maquinaria derivada de vesículas mitocondriales que se fusionan con el fagosoma como estrategia principal para limitar la replicación intracelular de Brucella spp. (82, 83) (Fig. 8). En respuesta a esto la bacteria genera proteínas como la SodC y la 51 catalasa que le confieren resistencia a los componentes brucelicidas como el anión superóxido y el peróxido de hidrógeno, respectivamente (84), al neutralizar la molécula oxidante. Sin embargo, aunque la opsonización de brucelas con IgG o la activación IFN-- dependiente de macrófagos (potenciadores de producción de ROS) mejora la actividad brucelicida, existen cepas virulentas que presentan resistencia y replicación neta en estas condiciones (84). Estudios bioquímicos y genéticos han caracterizado componentes antioxidantes presentes en el arsenal de defensa de B. abortus, como lo es SodC, que actúan idealmente en estas condiciones de estallido oxidativo, de manera análoga a especies patógenas intracelulares de Listeria, Salmonella y Mycobacterium (85– 88), en donde se reportó de manera similar la protección contra las ROS. Por último, se encontró exclusivamente en las BCVs de 2308W la subunidad beta de la ligasa glicina-ARNt, GlyS. Esta enzima cataliza la carga del aminoácido glicina al ARNt a través de una aminoacilación (89). No se reporta en la literatura que GlyS pueda tener función relacionada con virulencia. Sin embargo, en B. melitensis se evidenció mediante ensayos moleculares, fenotípicos y estructurales que la Met-ARNt sintasa (MetRS) podría ser una candidato preliminar para el desarrollo de drogas contra la brucelosis (90). GlyS podría también ser un blanco de este tipo, debido a la función análoga que posee con MetRS. GlyS y EF-Tu, ambas, están relacionadas con procesos de síntesis de proteínas, sugiriendo la posibilidad de que la bacteria tenga una síntesis de proteínas incrementada en la BCV en este punto. Cabe destacar que esta interpretación está en contraposición 52 con lo reportado durante esta etapa de tránsito intracelular por Lamontagne et al., que observaron una síntesis de proteínas disminuida (91); y por Deghelt et al., que evidenciaron el arresto en el ciclo celular de B. abortus (92). No se descarta que algunas de estas moléculas mencionadas anteriormente sean proteínas “moonlighting”: proteínas con papeles adicionales no descritos en literatura o por inferencia bioinformática, es decir, proteínas que en su cadena polipeptídica presentan al menos dos funciones bioquímicas evidenciadas (93). Se han descrito alrededor de 270 proteínas citosólicas moonlight que tienen función de citoquinas, chaperonas, componentes citosqueléticos, compactadores de ADN, adhesinas, andamios, entre otras (93, 94). Por ejemplo, GroEL posee funciones adicionales de toxina en Enterobacter aerogenes; de unión a superficie celular y activación de vías en Chlamydia pneumoniae; de adhesina en Legionella pneumophila, Haemophilus ducreyi, Lactobacillus johnsonii, Salmonella typhimurium, Clostridium difficile y Helicobacter pylori; y en Mycobacterium tuberculosis de unión a CD43 y a ADN (94). También para EF-Tu se han reportado funciones moonlight de unión a células humanas y mucinas en L. johnsonii; unión a fibronectina en Mycoplasma pneumoniae; unión a factor H y plasminógeno en Pseudomonas aeruginosa; de unión y corte de microtúbulos en Homo sapiens y Oryctolagus cuniculus (conejo); y unión a mucina en Streptococcus gordonii (94). En Saccharomyces cerevisiae se demostró como función moonlight de SodC unión al ADN como factor de transcripción en respuesta al H2O2, regulando la 53 expresión de genes relacionados a la respuesta contra estrés oxidativo y reparación de ADN (94). Como perspectiva futura estas proteínas podrían ser candidatos para la generación de mutantes y su evaluación de tráfico intracelular en modelos de cultivo celular con el fin de evidenciar si son posibles blancos para terapias dirigidas a afectar el tránsito y la replicación intracelular de B. abortus. El resultado del análisis proteómico cuantitativo libre de marcaje de las BCVs procedentes de macrófagos infectados con la cepa mutante B. abortus virB10-, evidenció la presencia de proteínas membranales de mitocondria, membranales de acidificación vacuolar, de fagosoma y de lisosoma, entre otras (Fig. 5B-C, verdes; Tabla 4, Sub-expresadas en 2308W), lo cual es esperable en un compartimento degradativo dirigido a fusión con lisosoma. En correlación con la presencia de componentes mitocondriales enriquecidos en las BCVs de B. abortus virB10-, las ROS son potentes agentes bactericidas en el arsenal de defensa de las células hospederas contra invasiones de patógenos intracelulares, y se ha reportado que son generados por maquinaria mitocondrial que es suministrada a compartimentos endolisosomales través de vesículas derivadas de mitocondrias (83, 95). Con respecto al enriquecimiento observado en ATPasas vacuolares en los compartimentos contenedores de la cepa virB10-, estas actúan como bombas proteicas impulsadas por ATP que permiten la acidificación del lumen del compartimento endosomal que las contiene, estableciendo un pH bajo adecuado 54 para la activación y el funcionamiento de enzimas líticas presentes en el lisosoma (96). Por otro lado, se encontraron 4 proteínas diferencialmente sobre-expresadas en BCVs procedentes de 2308W (Fig. 5B-C, rojas; Tabla 4, Sobre-expresadas en 2308W): la proteína autoantígeno uveal con dominios en espiral y repeticiones de anquirina (UACA), la glicosiltranferasa glicoproteína:UDP-glucosa 1 (UGGT1), la descarboxilasa de cis-aconitato (ACOD1) y la Atlastina-2 (ATL2). La proteína UACA, o también llamada Nucling, presenta una localización perinuclear/nuclear y citoplásmica, interacciona con APAF1 e induce su translocación al núcleo luego de señales proapoptóticas de estrés y, por otro lado, también interacciona con el factor nuclear-B (NF-B) previniendo su entrada al núcleo, reduciéndose así la expresión de sus genes blanco (97). NF-B es un factor de transcripción que responde al estrés oxidativo, estímulos patogénicos como por ejemplo especies reactivas de oxígeno (ROS) inducen su activación, regulando así cientos de genes (98). La proteína residente de RE UGGT1 es responsable del control de calidad de plegamiento proteico en esta organela y funciona al N-glicosilar proteínas mal dobladas, manteniéndolas en este compartimento hasta su corrección o transfiriéndolas a vías de degradación (99, 100). Esta proteína funciona como un sensor en el ciclo de control mediado por las chaperonas calreticulina/calnexina y también impacta la presentación de antígenos mediada por el complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) clase I (101). Zhang et al. evidenciaron que fibroblastos embrionarios de ratón UGGT1-deficientes 55 mostraron una reducción en la expresión superficial del MHC-clase I, así como también una maduración y ensamblaje retardados, y una selección de péptidos afectada (101). Como ya es conocido, B. melitensis induce una UPR a través de su efector TcpB que favorece su replicación intracelular en macrófagos murinos y la reestructuración del RE para un apropiado nicho intracelular (55). Un reporte reciente relacionado con el enterovirus A71 (EVA71) determinó que este virus de ARN cadena positiva utiliza la proteína UGGT1 para favorecer su replicación y virulencia a través de la inducción de la UPR por acumulación de proteínas virales mal o no plegadas (102). Incrementos en UGGT1 resultaron en una tasa de síntesis de ARN viral elevada, mientras que la patogenicidad disminuyó en ratones Uggt1+/- (102). La proteína ACOD1, también llamada IRG1, es una enzima asociada a mitocondrias que vincula el metabolismo con la respuesta inmune celular, expresada altamente en macrófagos durante procesos inflamatorios y exposición al LPS (103, 104). Es responsable de la producción de ácido itacónico a través de la descarboxilación del cis-aconitato, un metabolito del ciclo de Krebs. El ácido itacónico inhibe el crecimiento bacteriano al interaccionar con la proteína isocitrato liasa, como se reportó anteriormente en S. enterica y M. tuberculosis (103), en donde el silenciamiento de Irg1 produjo un detrimento en la actividad antimicrobiana de macrófagos ante infecciones bacterianas. También se observó que en macrófagos activados con LPS, IRG1 suprimió significativamente la producción proinflamatoria de TNF-, IL-6 e IFN- inducida por TLRs (104). 56 Finalmente, la proteína integral de membrana Atlastina-2 es una GTPasa relacionada con dinamina que en eucariotas es la encargada de generar la red poligonal del RE participando en procesos de fusión membranal de túbulos de esta organela, junto con sus otras 2 proteínas relacionadas ATL1 y ATL3 (105). Interesantemente, esta proteína se encontró enriquecida en BCVs de 2308W (Fig. 8). Células NIH-3T3 mutantes knock-out triples de Atl1/2/3 mostraron deficiencia en la morfología del RE, fenotipo reversible al complementar con los genes silvestres y también con ortólogos de plantas y levaduras (RHD3 y Sey1p, respectivamente), a pesar de su divergencia en secuencia de aminoácidos (105), sugiriendo un papel redundante dentro de esta familia de proteínas. Importante es destacar que la ausencia de ATL1/2/3 en estas células produjo un modesto incremento en el estrés del RE, activando la vía de UPR (105). Es posible que esta proteína esté reclutada en el compartimento en respuesta al estrés en el RE generado por la bacteria en su tránsito hacia esta organela o al proceso bacteriano de remodelación de este compartimento (Fig. 8). 57 CONCLUSIONES Se desarrolló un protocolo eficiente para el enriquecimiento de BCVs. No obstante, este aún se encuentra en etapa de validación y con perspectivas de mejora a futuro. Las BCVs de la cepa de B. abortus virB10- se caracterizaron por ser compartimentos degradativos y oxidativos, semejantes a los compartimentos endolisosomales dirigidos a la destrucción bacteriana. Se evidenció la presencia aumentada de Br-LPS en las BCVs de 2308W en comparación con las vacuolas de virB10-, sugiriendo un posible efecto biológico de esta molécula en la modulación del tráfico intracelular temprano de B. abortus. La actividad del SST4 VirB disminuye el reclutamiento de proteínas normalmente encontradas en fagosomas degradativos y realiza ligeras modificaciones que permiten el establecimiento de un nicho replicativo dentro de la célula hospedera. Tomando esto en conjunto se puede evidenciar que las BCVs de 2308W son compartimentos que ya poseen componentes de RE como CNX, CALR, UGGT1 y ATL2 en etapas de redirección de tráfico en la infección intracelular gracias a la acción del SST4. Estos componentes podrían permitir el remodelamiento estructural de la vacuola y del RE para efectuar una correcta fusión de compartimentos y fomentar la biogénesis de la rBCV (Fig. 8). También es importante destacar que las proteínas UACA y ACOD1 podrían actuar como moduladores inmunes, afectando la señalización del NF-B, TNF-, IL-6 e IFN-, respectivamente. Como futuras perspectivas es necesario explorar estas 58 vías de señalización para entender cuál es el papel específico que podría tener el reclutamiento aumentado de estas proteínas en las BCVs. Por otro lado, la metodología empleada permitió caracterizar las BCVs de virB10- como compartimentos degradativos y oxidativos con características clásicas de un tráfico endolisosomal dirigido a la destrucción de la bacteria. A futuro es conveniente investigar la acidificación fagosomal en BCVs de ambas cepas utilizando microscopía fluorescente con sensores de pH vacuolar con el fin determinar si los fagosomas tienen diferentes perfiles de acidificación. Además, es necesario evaluar: 1) si otras mutantes deficientes en distintos componentes del SST4 VirB o la mutante en el regulador transcripcional VjbR (el cual controla la expresión de VirB) podrían presentar defectos en la liberación de OMVs que contribuyan a impedir el establecimiento del nicho replicativo en el RE; 2) si en inmunomicroscopía electrónica es posible evidenciar la ausencia de Br- LPS en las OMVs liberadas por cepas virB- y vjbR-; y 3) si la microinyección de Br- LPS a macrófagos infectados con cepas virB- y vjbR- podría restablecer el fenotipo silvestre logrando que las mismas transiten adecuadamente hasta el retículo endoplásmico. Estos estudios podrían arrojar resultados sobre cómo el SST4 influye en la liberación de OMVs desde la membrana externa de B. abortus y nos ayudarían a entender si en efecto, el LPS tienen algún papel en el tránsito intracelular de B. abortus. Además, es conveniente a futuro realizar abordajes adicionales para la determinación de los cambios en la abundancia relativa de las proteínas identificadas. Existen metodologías con marcaje que permiten una cuantificación 59 más precisa de los péptidos en las muestras biológicas complejas, por ejemplo, el uso de marcaje isobárico para cuantificación absoluta y relativa (iTRAQ), marcaje de masas en tándem, marcaje de afinidad isobárica escindible, leucinas dimetiladas y marcaje de péptido isobárico (106). 60 REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS 1. Zhang N, Huang D, Wu W, Liu J, Liang F, Zhou B, Guan P. 2018. Animal brucellosis control or eradication programs worldwide: A systematic review of experiences and lessons learned. Prev Vet Med 160:105–115. 2. El-Sayed A, Awad W. 2018. Brucellosis: Evolution and expected comeback. Int J Vet Sci Med 6:S31–S35. 3. Killham K, Prosser JI. 2012. The Prokaryotes, p. 119–144. In Dworkin, M, Falkow, S, Schleifer, K-H, Rosenberg, E, Stackebrandt, E (eds.), Soil Microbiology, Ecology and Biochemistry, 3rd ed. Springer NY, New York. 4. Franco MP, Mulder M, Gilman RH, Smits HL. 2007. Human brucellosis. Lancet InfectDis 7:775–786. 5. Ko J, Splitter G a. 2003. Molecular Host-Pathogen Interaction in Brucellosis: Current Understanding and Future Approaches to Vaccine Development for Mice and Humans. Clin Microbiol Rev 16:65–78. 6. von Bargen K, Gorvel JP, Salcedo SP. 2012. Internal affairs: Investigating the Brucella intracellular lifestyle. FEMS Microbiol Rev 36:533–562. 7. Moreno E, Cloeckaert A, Moriyón I. 2002. Brucella evolution and taxonomy. Vet Microbiol 90:209–227. 8. Moreno E. 2002. Brucellosis in Central America. Vet Microbiol 90:31–38. 9. De Figueiredo P, Ficht TA, Rice-Ficht A, Rossetti CA, Adams LG. 2015. Pathogenesis and immunobiology of brucellosis: Review of Brucella-host interactions. Am J Pathol 185:1505–1517. 10. Centers for Disease Control and Prevention. 2019. Transmission | Brucellosis. https://www.cdc.gov/brucellosis/transmission/index.html. 11. Bowden RA, Verger JM, Grayon M, Limet JN, Dubray G. 1993. Simultaneous expression of smooth and rough phase properties related to lipopolysaccharide in a strain of Brucella melitensis. J Med Microbiol 39:363– 370. 12. Moreno E, Speth SL, Jones LM, Berman DT. 1981. Immunochemical characterization of Brucella lipopolysaccharide and polysaccharides. Infect 61 an Immun 31:214–222. 13. Moreno E, Jones LM, Berman DT. 1984. Immunochemical characterization of rough Brucella lipopolysaccharides. Infect Immun 43:779–782. 14. Soler-Lloréns P, Gil-Ramírez Y, Zabalza-Baranguá A, Iriarte M, Conde- Álvarez R, Zúñiga-Ripa A, San Román B, Zygmunt MS, Vizcaíno N, Cloeckaert A, Grilló MJ, Moriyón I, López-Goñi I. 2014. Mutants in the lipopolysaccharide of Brucella ovis are attenuated and protect against B. ovis infection in mice. Vet Res 45:1–11. 15. Huotari J, Helenius A. 2011. Endosome maturation. EMBO J 30:3481–3500. 16. Zerial M, McBride H. 2001. Rab proteins as membrane organizers. Nat Rev Mol Cell Biol. 17. Edmonds MD, Cloeckaert A, Booth NJ, Fulton WT, Hagius SD, Walker J V., Elzer PH. 2001. Attenuation of a Brucella abortus mutant lacking a major 25 kDa outer membrane protein in cattle. Am J Vet Res 62:1461–1466. 18. Smartino LE, Enright FM. 1993. Pathogenesis of Abortion of Bovine Brucellosis. Comp Immun Microbiol Infect 16:95–101. 19. Barquero-Calvo E, Mora-Cartín R, Arce-Gorvel V, de Diego JL, Chacón-Díaz C, Chaves-Olarte E, Guzmán-Verri C, Buret AG, Gorvel JP, Moreno E. 2015. Brucella abortus Induces the Premature Death of Human Neutrophils through the Action of Its Lipopolysaccharide. PLoS Pathog 11:1–29. 20. Gorvel JP, Moreno E. 2002. Brucella intracellular life: From invasion to intracellular replication. Vet Microbiol 90:281–297. 21. Celli J, de Chastellier C, Franchini D-M, Pizarro-Cerda J, Moreno E, Gorvel J-P. 2003. Brucella Evades Macrophage Killing via VirB-dependent Sustained Interactions with the Endoplasmic Reticulum . J Exp Med 198:545–556. 22. Starr T, Ng TW, Wehrly TD, Knodler LA, Celli J. 2008. Brucella intracellular replication requires trafficking through the late endosomal/lysosomal compartment. Traffic 9:678–694. 23. Boschiroli ML, Ouahrani-Bettache S, Foulongne V, Michaux-Charachon S, 62 Bourg G, Allardet-Servent A, Cazevieille C, Lavigne J-P, Liautard JP, Ramuz M. 2002. Type IV secretion and Brucella virulence. Vet Microbiol 90:341– 348. 24. Celli J, Salcedo SP, Gorvel J-P. 2005. Brucella coopts the small GTPase Sar1 for intracellular replication. Proc Natl Acad Sci 102:1673–1678. 25. Fugier E, Salcedo SP, De Chastellier C, Pophillat M, Muller A, Arce-Gorvel V, Fourquet P, Gorvel JP. 2009. The glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and the small GTPase rab 2 are crucial for Brucella replication. PLoS Pathog 5. 26. Qin QM, Pei J, Ancona V, Shaw BD, Ficht TA, De Figueiredo P. 2008. RNAi screen of endoplasmic reticulum-associated host factors reveals a role for IRE1α in supporting Brucella replication. PLoS Pathog 4. 27. Starr T, Child R, Wehrly TD, Hansen B, Hwang S, López-Otin C, Virgin HW, Celli J. 2012. Selective subversion of autophagy complexes facilitates completion of the Brucella intracellular cycle. Cell Host Microbe 11:33–45. 28. Guzmán-Verri C, Chaves-Olarte E, Von Eichel-Streiber C, López-Goñi I, Thelestam M, Arvidson S, Gorvel JP, Moreno E. 2001. GTPases of the Rho subfamily are required for Brucella abortus internalization in nonprofessional phagocytes: Direct activation of Cdc42. J Biol Chem 276:44435–44443. 29. Chaves-Olarte E, Guzmán-Verri C, Méresse S, Desjardins M, Pizarro-Cerdá J, Badilla J, Gorvel JP, Moreno E. 2002. Activation of Rho and Rab GTPases dissociates Brucella abortus internalization from intracellular trafficking. Cell Microbiol 4:663–675. 30. Delrue RM, Deschamps C, Léonard S, Nijskens C, Danese I, Schaus JM, Bonnot S, Ferooz J, Tibor A, De Bolle X, Letesson JJ. 2005. A quorum- sensing regulator controls expression of both the type IV secretion system and the flagellar apparatus of Brucella melitensis. Cell Microbiol 7:1151– 1161. 31. Hartigh AB, Sun Y, Sondervan D, Heuvelmans N, Reinders MO, Ficht TA. 2004. Differential Requirements for VirB1 and VirB2 during Brucella abortus 63 infection. Society 72:5143–5149. 32. Boschiroli ML, Ouahrani-Bettache S, Foulongne V, Michaux-Charachon S, Bourg G, Allardet-Servent A, Cazevieille C, Liautard JP, Ramuz M, O’Callaghan D. 2002. The Brucella suis virB operon is induced intracellularly in macrophages. Proc Natl Acad Sci 99:1544–1549. 33. Arocena GM, Sieira R, Comerci DJ, Ugalde RA. 2010. Identification of the quorum-sensing target DNA sequence and N-acyl homoserine lactone responsiveness of the Brucella abortus virB promoter. J Bacteriol 192:3434– 3440. 34. Sieira R, Arocena GM, Bukata L, Comerci DJ, Ugalde RA. 2010. Metabolic control of virulence genes in Brucella abortus: HutC coordinates virB expression and the histidine utilization pathway by direct binding to both promoters. J Bacteriol 192:217–224. 35. Caswell CC, Gaines JM, Roop RM. 2012. The RNA chaperone Hfq independently coordinates expression of the VirB type IV secretion system and the LuxR-type regulator BabR in Brucella abortus 2308. J Bacteriol 194:3–14. 36. Haine V, Sinon A, Van Steen F, Rousseau S, Dozot M, Lestrate P, Lambert C, Letesson J-J, De Bolle X. 2005. Systematic Targeted Mutagenesis of Brucella melitensis 16M Reveals a Major Role for GntR Regulators in the Control of Virulence. Am Soc Microbiol 73:5578–5586. 37. Dozot M, Boigegrain RA, Delrue RM, Hallez R, Ouahrani-Bettache S, Danese I, Letesson JJ, De Bolle X, Köhler S. 2006. The stringent response mediator Rsh is required for Brucella melitensis and Brucella suis virulence, and for expression of the type IV secretion system virB. Cell Microbiol 8:1791–1802. 38. Sieira R, Comerci DJ, Pietrasanta LI, Ugalde RA. 2004. Integration host factor is involved in transcriptional regulation of the Brucella abortus virB operon. Mol Microbiol 54:808–822. 39. Wilkinson SP, Grove A. 2006. Ligand-responsive transcriptional regulation by 64 members of the MarR family of winged helix proteins. Curr Issues Mol Biol 8:51–62. 40. Altamirano-Silva PEC-O. 2018. Brucella abortus Senses the Intracellular Environment through the BvrR/BvrS Two-Component System, Which Allows B. abortus To Adapt to Its Replicative Niche 86:1–15. 41. Sieira R, Comerci DJ, Sanchez DO, Ugalde RA. 2000. A homologue of an operon required for DNA transfer in Agrobacterium is required in Brucella abortus for virulence and intracellular multiplication. J Bacteriol 182:4849– 4855. 42. Martínez-Núñez C, Altamirano-Silva P, Alvarado-Guillén F, Moreno E, Guzmán-Verri C, Chaves-Olarte E. 2010. The two-component system BvrR/BvrS regulates the expression of the type IV secretion system VirB in Brucella abortus. J Bacteriol 192:5603–5608. 43. Comerci DJ, Martínez-Lorenzo MJ, Sieira R, Gorvel JP, Ugalde RA. 2001. Essential role of the virB machinery in the maturation of the Brucella abortus- containing vacuole. Cell Microbiol 3:159–168. 44. Lee JJ, Kim DG, Kim DH, Simborio HL, Min W, Lee HJ, Her M, Jung SC, Watarai M, Kim S. 2013. Interplay between clathrin and Rab5 Controls the early phagocytic trafficking and intracellular survival of Brucella abortus within HeLa cells. J Biol Chem 288:28049–28057. 45. Rambow-Larsen AA, Petersen EM, Gourley CR, Splitter GA. 2009. Brucella regulators: self-control in a hostile environment. Trends Microbiol 17:371– 377. 46. Salcedo SP, Marchesini MI, Lelouard H, Fugier E, Jolly G, Balor S, Muller A, Lapaque N, Demaria O, Alexopoulou L, Comerci DJ, Ugalde RA, Pierre P, Gorvel JP. 2008. Brucella control of dendritic cell maturation is dependent on the TIR-containing protein Btp1. PLoS Pathog 4. 47. Ke Y, Wang Y, Li W, Chen Z. 2015. Type IV secretion system of Brucella spp. and its effectors. Front Cell Infect Microbiol 5:1–10. 48. Li P, Tian M, Hu H, Yin Y, Guan X, Ding C, Wang S, Yu S. 2019. Lable-free 65 based comparative proteomic analysis of secretory proteins of rough Brucella mutants. J Proteomics 195:66–75. 49. De Jong MF, Sun YH, Den Hartigh AB, Van Dijl JM, Tsolis RM. 2008. Identification of VceA and VceC, two members of the VjbR regulon that are translocated into macrophages by the Brucella type IV secretion system. Mol Microbiol 70:1378–1396. 50. de Jong MF, Starr T, Winter MG, den Hartigh AB, Child R, Knodler LA, van Dijl JM, Celli J TR. 2013. Sensing of Bacterial Type IV Secretion via the Unfolded Protein. MBio 4:1–10. 51. De Barsy M, Jamet A, Filopon D, Nicolas C, Laloux G, Rual JF, Muller A, Twizere JC, Nkengfac B, Vandenhaute J, Hill DE, Salcedo SP, Gorvel JP, Letesson JJ, De Bolle X. 2011. Identification of a Brucella spp. secreted effector specifically interacting with human small GTPase Rab2. Cell Microbiol 13:1044–1058. 52. Marchesini MI, Herrmann CK, Salcedo SP, Gorvel JP, Comerci DJ. 2011. In search of Brucella abortus type iv secretion substrates: Screening and identification of four proteins translocated into host cells through virb system. Cell Microbiol 13:1261–1274. 53. Marchesini MI, Morrone Seijo SM, Guaimas FF, Comerci DJ. 2016. A T4SS Effector Targets Host Cell Alpha-Enolase Contributing to Brucella abortus Intracellular Lifestyle. Front Cell Infect Microbiol 6:1–14. 54. Benitez PCA, Serantes DR, Herrmann CK, Viglietti AIP, Vanzulli S, Giambartolomei GH, Comerci DJ, Delpino MV. 2016. The effector protein BPE005 from Brucella abortus induces collagen deposition and matrix metalloproteinase 9 downmodulation via transforming growth factor β1 in hepatic stellate cells. Infect Immun 84:598–606. 55. Smith JA, Khan M, Magnani DD, Harms JS, Durward M, Radhakrishnan GK, Liu YP, Splitter GA. 2013. Brucella Induces an Unfolded Protein Response via TcpB That Supports Intracellular Replication in Macrophages. PLoS Pathog 9:1–12. 66 56. Jakka P, Namani S, Murugan S, Rai N, Radhakrishnan G. 2017. The Brucella effector protein TcpB induces degradation of inflammatory caspases and thereby subverts Non-canonical inflammasome activation in macrophages. J Biol Chem 292:20613–20627. 57. Rana RR, Zhang M, Spear AM, Atkins HS, Byrne B. 2013. Bacterial TIR- containing proteins and host innate immune system evasion. Med Microbiol Immunol 202:1–10. 58. Salcedo SP, Marchesini MI, Degos C, Terwagne M, Von Bargen K, Lepidi H, Herrmann CK, Santos Lacerda TL, Imbert PRC, Pierre P, Alexopoulou L, Letesson J-J, Comerci DJ, Gorvel J-P. 2013. BtpB, a novel Brucella TIR- containing effector protein with immune modulatory functions. Front Cell Infect Microbiol 3:1–13. 59. Myeni S, Child R, Ng TW, Kupko JJ, Wehrly TD, Porcella SF, Knodler LA, Celli J. 2013. Brucella Modulates Secretory Trafficking via Multiple Type IV Secretion Effector Proteins. PLoS Pathog 9. 60. Miller CN, Smith EP, Cundiff JA, Knodler LA, Bailey Blackburn J, Lupashin V, Celli J. 2017. A Brucella Type IV Effector Targets the COG Tethering Complex to Remodel Host Secretory Traffic and Promote Intracellular Replication. Cell Host Microbe 22:317-329.e7. 61. Döhmer PH, Valguarnera E, Czibener C, Ugalde JE. 2014. Identification of a type IV secretion substrate of Brucella abortus that participates in the early stages of intracellular survival. Cell Microbiol 16:396–410. 62. Herweg J-A, Hansmeier N, Otto A, Geffken AC, Subbarayal P, Prusty BK, Becher D, Hensel M, Schaible UE, Rudel T, Hilbi H. 2015. Purification and proteomics of pathogen-modified vacuoles and membranes. Front Cell Infect Microbiol 5. 63. Jones LM, Montgomery V, Wilson JB. 1965. Characteristics of Carbon Dioxide-Independent Cultures of Brucella Abortus Isolated from Cattle Vaccinated with Strain 19. J Infect Dis 115:312–320. 64. Chacón-Díaz C, Muñoz-Rodríguez M, Barquero-Calvo E, Guzmán-Verri C, 67 Chaves-Olarte E, Grilló MJ, Moreno E. 2011. The use of green fluorescent protein as a marker for Brucella vaccines. Vaccine 29:577–582. 65. Chaves-Olarte E, Altamirano-Silva P, Guzmán-Verri C, Moreno E. 2014. Purification of Intracellular Bacteria: Isolation of Viable Brucella abortus from Host Cells, p. 245–260. In Host-Bacteria Interactions: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology. 66. Desjardins M, Huber LA, Parton RG, Griffiths G. 1994. Biogenesis of phagolysosomes proceeds through a sequential series of interactions with the endocytic apparatus. J Cell Biol 124:677–688. 67. Mills SD, Brett Finlay B. 1998. Isolation and characterization of Salmonella typhimurium and Yersinia pseudotuberculosis-containing phagosomes from infected mouse macrophages: Y. pseudotuberculosis traffics to terminal lysosomes where they are degraded. Eur J Cell Biol 77:35–47. 68. Stiller JM, Nielsen KH. 1983. Affinity purification of bovine antibodies to Brucella abortus lipopolysaccharide. J Clin Microbiol 17:323–326. 69. Kanehisa M, Sato Y, Morishima K. 2016. BlastKOALA and GhostKOALA: KEGG Tools for Functional Characterization of Genome and Metagenome Sequences. J Mol Biol 428:726–731. 70. Conde-Álvarez R, Arce-Gorvel V, Iriarte M, Manček-Keber M, Barquero- Calvo E, Palacios-Chaves L, Chacón-Díaz C, Chaves-Olarte E, Martirosyan A, von Bargen K, Grilló MJ, Jerala R, Brandenburg K, Llobet E, Bengoechea JA, Moreno E, Moriyón I, Gorvel JP. 2012. The lipopolysaccharide core of Brucella abortus acts as a shield against innate immunity recognition. PLoS Pathog 8. 71. Monie TP. 2017. Integrated Innate Immunity—Combining Activation and Effector Functions. Innate Immune Syst 121–169. 72. Pollak CN, Delpino MV, Fossati CA, Baldi PC. 2012. Outer Membrane Vesicles from Brucella abortus Promote Bacterial Internalization by Human Monocytes and Modulate Their Innate Immune Response. PLoS One 7:e50214. 68 73. Hoffmann C, Finsel I, Otto A, Pfaffinger G, Rothmeier E, Hecker M, Becher D, Hilbi H. 2014. Functional analysis of novel Rab GTPases identified in the proteome of purified Legionella-containing vacuoles from macrophages. Cell Microbiol. 74. Geffken AC, Patin EC, Schaible UE. 2015. Isolation of bead phagosomes to study virulence function of M. Tuberculosis cell wall lipids. Methods Mol Biol. 75. Subbarayal P, Karunakaran K, Winkler AC, Rother M, Gonzalez E, Meyer TF, Rudel T. 2015. EphrinA2 Receptor (EphA2) Is an Invasion and Intracellular Signaling Receptor for Chlamydia trachomatis. PLoS Pathog. 76. Vorwerk S, Krieger V, Deiwick J, Hensel M, Hansmeier N. 2015. Proteomes of host cell membranes modified by intracellular activities of Salmonella enterica. Mol Cell Proteomics. 77. Hayer-Hartl M, Bracher A, Hartl FU. 2016. The GroEL-GroES Chaperonin Machine: A Nano-Cage for Protein Folding. Trends Biochem Sci 41:62–76. 78. Neckers L, Tatu U. 2008. Molecular Chaperones in Pathogen Virulence: Emerging New Targets for Therapy. Cell Host Microbe 4:519–527. 79. Prezioso SM, Brown NE, Goldberg JB. 2017. Elfamycins: inhibitors of elongation factor-Tu. Mol Microbiol 106:22–34. 80. Sinha PK, Nakamaru-Ogiso E, Torres-Bacete J, Sato M, Castro-Guerrero N, Ohnishi T, Matsuno-Yagi A, Yagi T. 2012. Electron transfer in subunit NuoI (TYKY) of Escherichia coli NADH:Quinone oxidoreductase (NDH-1). J Biol Chem 287:17363–17373. 81. Brandt U. 2006. Energy Converting NADH: Quinone Oxidoreductase (Complex I). Annu Rev Biochem 75:69–92. 82. Jiang X, Leonard B, Benson R, Baldwin CL. 1993. Macrophage Control of Brucella abortus: Role of Reactive Oxygen Intermediates and Nitric Oxide. Cell Immunol 151:309–319. 83. Abuaita BH, Schultz TL, O’Riordan MX. 2018. Mitochondria-Derived Vesicles Deliver Antimicrobial Reactive Oxygen Species to Control Phagosome- Localized Staphylococcus aureus. Cell Host Microbe 24:625-636.e5. 69 84. Gee JM, Valderas MW, Kovach ME, Grippe VK, Robertson GT, Ng WL, Richardson JM, Winkler ME, Roop RM. 2005. The Brucella abortus Cu,Zn superoxide dismutase is required for optimal resistance to oxidative killing by murine macrophages and wild-type virulence in experimentally infected mice. Infect Immun 73:2873–2880. 85. Flannagan RS, Cosío G, Grinstein S. 2009. Antimicrobial mechanisms of phagocytes and bacterial evasion strategies. Nat Rev Microbiol 7:355–366. 86. Archambaud C, Nahori MA, Pizarro-Cerda J, Cossart P, Dussurget O. 2006. Control of Listeria superoxide dismutase by phosphorylation. J Biol Chem 281:31812–31822. 87. De Groote MA, Ochsner UA, Shiloh MU, Nathan C, McCord JM, Dinauer MC, Libby SJ, Vazquez-Torres A, Xu Y, Fang FC. 1997. Periplasmic superoxide dismutase protects Salmonella from products of phagocyte NADPH-oxidase and nitric oxide synthase. Proc Natl Acad Sci U S A 94:13997–4001. 88. Piddington DL, Fang FC, Laessig T, Cooper AM, Orme IM, Buchmeier NA. 2001. Cu,Zn superoxide dismutase of Mycobacterium tuberculosis contributes to survival in activated macrophages that are generating an oxidative burst. Infect Immun 69:4980–7. 89. Shepherd J, Ibba M. 2015. Bacterial transfer RNAs. FEMS Microbiol Rev 39:280–300. 90. Ojo KK, Ranade RM, Zhang Z, Dranow DM, Myers JB, Choi R, Nakazawa Hewitt S, Edwards TE, Davies DR, Lorimer D, Boyle SM, Barrett LK, Buckner FS, Fan E, Van Voorhis WC. 2016. Brucella melitensis Methionyl-tRNA- Synthetase (MetRS), a Potential Drug Target for Brucellosis. PLoS One 11:e0160350. 91. Lamontagne J, Forest A, Marazzo E, Denis F, Butler H, Michaud JF, Boucher L, Pedro I, Villeneuve A, Sitnikov D, Trudel K, Nassif N, Boudjelti D, Tomaki F, Chaves-Olarte E, Guzmán-Verri C, Brunet S, Côté-Martin A, Hunter J, Moreno E, Paramithiotis E. 2009. Intracellular adaptation of 70 brucella abortus. J Proteome Res 8:1594–1609. 92. Deghelt M, Mullier C, Sternon JF, Francis N, Laloux G, Dotreppe D, Van Der Henst C, Jacobs-Wagner C, Letesson JJ, De Bolle X. 2014. G1-arrested newborn cells are the predominant infectious form of the pathogen Brucella abortus. Nat Commun 5:1–12. 93. Jeffery CJ. 2015. Why study moonlighting proteins? Front Genet 6. 94. Mani M, Chen C, Amblee V, Liu H, Mathur T, Zwicke G, Zabad S, Patel B, Thakkar J, Jeffery CJ. 2015. MoonProt: A database for proteins that are known to moonlight. Nucleic Acids Res 43:D277–D282. 95. Meyer A, Laverny G, Bernardi L, Charles AL, Alsaleh G, Pottecher J, Sibilia J, Geny B. 2018. Mitochondria: An organelle of bacterial origin controlling inflammation. Front Immunol 9:1–8. 96. Cipriano DJ, Wang Y, Bond S, Hinton A, Jefferies KC, Qi J, Forgac M. 2008. Function, structure and regulation of the vacuolar ATPases. Biochim Biophys Acta - Bioenerg 1777:599–604. 97. Moravcikova E, Krepela E, Prochazka J, Rousalova I, Cermak J, Benkova K. 2012. Down-regulated expression of apoptosis-associated genes APIP and UACA in non-small cell lung carcinoma. Int J Oncol 40:2111–2121. 98. Lim S, Hwang S, Yu JH, Lim JW, Kim H. 2017. Lycopene inhibits regulator of calcineurin 1-mediated apoptosis by reducing oxidative stress and down- regulating Nucling in neuronal cells. Mol Nutr Food Res 61:1–10. 99. Korotkov K V., Kumaraswamy E, Zhou Y, Hatfield DL, Gladyshev VN. 2001. Association between the 15-kDa Selenoprotein and UDP- glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase in the Endoplasmic Reticulum of Mammalian Cells. J Biol Chem 276:15330–15336. 100. Pearse BR, Tamura T, Sunryd JC, Grabowski GA, Kaufman RJ, Hebert DN. 2010. The role of UDP-Glc:glycoprotein glucosyltransferase 1 in the maturation of an obligate substrate prosaposin. J Cell Biol 189:829–841. 101. Zhang W, Wearsch PA, Zhu Y, Leonhardt RM, Cresswell P. 2011. A role for UDP-glucose glycoprotein glucosyltransferase in expression and quality 71 control of MHC class I molecules. Proc Natl Acad Sci U S A 108:4956–4961. 102. Huang P-N, Jheng J-R, Arnold JJ, Wang J-R, Cameron CE, Shih S-R. 2017. UGGT1 enhances enterovirus 71 pathogenicity by promoting viral RNA synthesis and viral replication. PLOS Pathog 13:e1006375. 103. Michelucci A, Cordes T, Ghelfi J, Pailot A, Reiling N, Goldmann O, Binz T, Wegner A, Tallam A, Rausell A, Buttini M, Linster CL, Medina E, Balling R, Hiller K. 2013. Immune-responsive gene 1 protein links metabolism to immunity by catalyzing itaconic acid production. Proc Natl Acad Sci U S A 110:7820–7825. 104. Li Y, Zhang P, Wang C, Han C, Meng J, Liu X, Xu S, Li N, Wang Q, Shi X, Cao X. 2013. Immune Responsive Gene 1 (IRG1) promotes endotoxin tolerance by increasing A20 expression in macrophages through reactive oxygen species. J Biol Chem 288:16225–16234. 105. Zhao G, Zhu P-P, Renvoisé B, Maldonado-Báez L, Park SH, Blackstone C. 2016. Mammalian knock out cells reveal prominent roles for atlastin GTPases in ER network morphology. Exp Cell Res 349:32–44. 106. Treumann A, Thiede B. 2010. Isobaric protein and peptide quantification: Perspectives and issues. Expert Rev Proteomics 7:647–653. 72 ANEXOS Anexo A1. Lista de proteínas detectadas como exclusivas de las BCVs de B. abortus 2308W. # de Muestras Promedio Nombres Longitud accessión Nombres de proteínas Gene ontology Definición KO de de D.E. de genes (aa’s) UniProt 2308W intensidad Brucella abortus 2308W 60 kDa chaperonin (GroEL protein) (Protein groL groEL cytoplasm [GO:0005737]; ATP binding [GO:0005524]; unfolded protein Q2YIJ3 546 groEL; chaperonin GroEL 3/3 13173333 7948593 Cpn60) BAB2_0189 binding [GO:0051082]; protein refolding [GO:0042026] tuf1 cytoplasm [GO:0005737]; GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity Q2YM08 Elongation factor Tu (EF-Tu) 391 tuf; elongation factor Tu 3/3 11046667 7133199 BAB1_1257 [GO:0003924]; translation elongation factor activity [GO:0003746] plasma membrane [GO:0005886]; 4 iron, 4 sulfur cluster binding [GO:0051539]; iron ion NADH-quinone oxidoreductase subunit I (EC 7.1.1.-) (NADH nuoI; NADH-quinone oxidoreductase Q2YNF5 nuoI BAB1_0830 163 binding [GO:0005506]; NADH dehydrogenase (quinone) activity [GO:0050136]; quinone 2/3 47800000 33658283 dehydrogenase I subunit I) (NDH-1 subunit I) subunit I [EC:7.1.1.2] binding [GO:0048038] SOD1; superoxide dismutase, Cu-Zn Q2YKV9 Superoxide dismutase [Cu-Zn] (EC 1.15.1.1) sodC BAB2_0535 173 metal ion binding [GO:0046872]; superoxide dismutase activity [GO:0004784] 2/3 26150000 5868986 family [EC:1.15.1.1] cytoplasm [GO:0005737]; arginine-tRNA ligase activity [GO:0004814]; ATP binding Glycine--tRNA ligase beta subunit (EC 6.1.1.14) (Glycyl- glyS; glycyl-tRNA synthetase beta chain Q2YME2 glyS BAB1_0433 777 [GO:0005524]; glycine-tRNA ligase activity [GO:0004820]; arginyl-tRNA aminoacylation 2/3 23720000 24579032 tRNA synthetase beta subunit) (GlyRS) [EC:6.1.1.14] [GO:0006420]; glycyl-tRNA aminoacylation [GO:0006426] Mus musculus Q5SQB5 Nucleophosmin Npm1 285 N.D. NPM1; nucleophosmin 1 3/3 531333333 391017050 centrosome [GO:0005813]; cytoplasm [GO:0005737]; nucleus [GO:0005634]; NF-kappaB binding [GO:0051059]; unfolded protein Q9DAY9 Nucleophosmin Npm1 257 binding [GO:0051082]; cell aging [GO:0007569]; centrosome cycle NPM1; nucleophosmin 1 3/3 531333333 391017050 [GO:0007098]; negative regulation of cell population proliferation [GO:0008285] heat shock protein binding [GO:0031072]; metal ion binding DnaJ homolog subfamily A member 1 DNAJA1; DnaJ homolog B1AXY1 Dnaja1 278 [GO:0046872]; unfolded protein binding [GO:0051082]; protein folding 3/3 413666667 359480644 (Fragment) subfamily A member 1 [GO:0006457] integral component of membrane [GO:0016021]; oxidation-reduction A0A0G2JFP4 Ferric-chelate reductase 1 Frrs1 592 N.D. 3/3 81533333 53109823 process [GO:0055114] Transmembrane emp24 domain-containing TMED2; p24 family protein beta- Q8BPI2 Tmed2 112 integral component of membrane [GO:0016021] 3/3 81333333 56053932 protein 2 (Fragment) 1 A2AT70 Titin (Fragment) Ttn 3409 N.D. TTN; titin [EC:2.7.11.1] 3/3 80366667 22416363 ATP binding [GO:0005524]; nucleoside diphosphate kinase activity Nucleoside diphosphate kinase (EC 2.7.4.6) [GO:0004550]; CTP biosynthetic process [GO:0006241]; GTP ndk; nucleoside-diphosphate Q5NC80 Nme1 127 3/3 77000000 24000000 (Fragment) biosynthetic process [GO:0006183]; UTP biosynthetic process kinase [EC:2.7.4.6] [GO:0006228] 39S ribosomal protein L4, mitochondrial ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome RP-L4; large subunit ribosomal A0A1L1SRY8 Mrpl4 219 3/3 50266667 40700041 (Fragment) [GO:0003735]; translation [GO:0006412] protein L4 heterotrimeric G-protein complex [GO:0005834]; GTPase activity GNG12; guanine nucleotide- Guanine nucleotide-binding protein subunit A0A0N4SVT3 Gng12 65 [GO:0003924]; G protein-coupled receptor signaling pathway binding protein G(I)/G(S)/G(O) 3/3 43666667 39814110 gamma (Fragment) [GO:0007186] subunit gamma-12 RETSAT; all-trans-retinol 13,14- H3BJ51 All-trans-retinol 13,14-reductase Retsat 548 N.D. 3/3 43163333 57962816 reductase [EC:1.3.99.23] 73 cellular response to gamma radiation [GO:0071480]; negative regulation D3Z7P2 Transmembrane protein 109 (Fragment) Tmem109 73 N.D. 3/3 41633333 20826025 of cell death [GO:0060548] POFUT; peptide-O- GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2 transferase activity, transferring glycosyl groups [GO:0016757]; fucose A0A1W2P7Z1 Pofut2 209 fucosyltransferase 3/3 38323333 38009494 (Fragment) metabolic process [GO:0006004] [EC:2.4.1.221] X-prolyl aminopeptidase (Aminopeptidase P) 1, cytosol [GO:0005829]; manganese ion binding [GO:0030145]; Xpnpep1 pepP; Xaa-Pro aminopeptidase Q3UE92 soluble, isoform CRA_b (Xaa-Pro 666 metalloaminopeptidase activity [GO:0070006]; protein homodimerization 3/3 36990000 32891006 mCG_20868 [EC:3.4.11.9] aminopeptidase 1) activity [GO:0042803]; bradykinin catabolic process [GO:0010815] metal ion binding [GO:0046872]; metalloaminopeptidase activity pepP; Xaa-Pro aminopeptidase S4R1I3 Xaa-Pro aminopeptidase 1 Xpnpep1 635 3/3 26956667 20428182 [GO:0070006] [EC:3.4.11.9] DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member Dnajb12 DNAJB12; DnaJ homolog Q8C4C9 12, isoform CRA_d (DnaJ homolog subfamily B 378 integral component of membrane [GO:0016021] 3/3 25463333 17119989 mCG_11302 subfamily B member 12 member 12) Scavenger receptor class B member 1 SCARB1; scavenger receptor F7C5U2 Scarb1 176 integral component of membrane [GO:0016021] 3/3 23300000 2088061 (Fragment) class B, member 1 serine-type endopeptidase activity [GO:0004252]; tripeptidyl-peptidase TPP2; tripeptidyl-peptidase II A0A087WRC0 Tripeptidyl-peptidase 2 Tpp2 883 3/3 21460000 10115671 activity [GO:0008240] [EC:3.4.14.10] Glutathione transferase zeta 1 cytoplasm [GO:0005737]; isomerase activity [GO:0016853]; transferase Gstz1 maiA; maleylacetoacetate A0A1Y7VNC1 (Maleylacetoacetate isomerase), isoform 161 activity [GO:0016740]; aromatic amino acid family metabolic process 3/3 21166667 7136059 mCG_17472 isomerase [EC:5.2.1.2] CRA_b (Maleylacetoacetate isomerase) [GO:0009072] integral component of plasma membrane [GO:0005887]; SLC12A4_5_6; solute carrier A2AGJ9 Solute carrier family 12 member 6 Slc12a6 946 potassium:chloride symporter activity [GO:0015379]; cellular hypotonic family 12 (potassium/chloride 3/3 20276667 12837626 salinity response [GO:0071477] transporter), member 4/5/6 calcium ion binding [GO:0005509]; calcium-dependent phospholipid Q3TET3 Annexin Anxa3 180 ANXA3; annexin A3 3/3 19840000 11689431 binding [GO:0005544]; phospholipase inhibitor activity [GO:0004859] E1.1.1.40; malate malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity [GO:0004471]; dehydrogenase (oxaloacetate- Q3TQP6 Malic enzyme Me1 Mod1 552 3/3 19800000 11316802 metal ion binding [GO:0046872]; NAD binding [GO:0051287] decarboxylating)(NADP+) [EC:1.1.1.40] F6SMJ7 GTP-binding protein 8 (Fragment) Gtpbp8 147 GTP binding [GO:0005525] 3/3 19320000 13820174 CTSL; cathepsin L A0A1Y7VNM3 Cathepsin L1 (Fragment) Ctsl 205 cysteine-type peptidase activity [GO:0008234] 3/3 18066667 8209953 [EC:3.4.22.15] cytoplasm [GO:0005737]; focal adhesion [GO:0005925]; ATP binding [GO:0005524]; creatine kinase activity [GO:0004111]; microtubule binding [GO:0008017]; protein serine/threonine kinase activity [GO:0004674]; intracellular signal transduction [GO:0035556]; negative Mitogen-activated protein kinase kinase kinase A0A0A6YW53 Map4k4 1288 regulation of apoptotic process [GO:0043066]; negative regulation of N.D. 3/3 17953333 11949332 kinase 4 insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus [GO:0061179]; negative regulation of neuron projection regeneration [GO:0070571]; positive regulation of cell migration [GO:0030335]; regulation of JNK cascade [GO:0046328] MAP4K4; mitogen-activated Mitogen-activated protein kinase kinase kinase A0A0A6YWM8 Map4k4 1272 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] protein kinase kinase kinase 3/3 17953333 11949332 kinase 4 kinase 4 [EC:2.7.11.1] MAP4K4; mitogen-activated Mitogen-activated protein kinase kinase kinase A0A0A6YWR8 Map4k4 1234 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] protein kinase kinase kinase 3/3 17953333 11949332 kinase 4 kinase 4 [EC:2.7.11.1] MAP4K4; mitogen-activated Map4k4 protein (Mitogen-activated protein B2RUE8 Map4k4 1221 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] protein kinase kinase kinase 3/3 17953333 11949332 kinase kinase kinase kinase 4) kinase 4 [EC:2.7.11.1] Map4k4 protein (Mitogen-activated protein B7ZNR9 Map4k4 1208 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] MAP4K4; mitogen-activated 3/3 17953333 11949332 kinase kinase kinase kinase 4) protein kinase kinase kinase 74 kinase 4 [EC:2.7.11.1] Mitogen-activated protein kinase kinase kinase E9PVG7 Map4k4 1288 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] N.D. 3/3 17953333 11949332 kinase 4 MAP4K4; mitogen-activated Mitogen-activated protein kinase kinase kinase F8VPL5 Map4k4 1238 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] protein kinase kinase kinase 3/3 17953333 11949332 kinase 4 kinase 4 [EC:2.7.11.1] ATP binding [GO:0005524]; helicase activity [GO:0004386]; nucleic acid DDX17; ATP-dependent RNA Q3TU25 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17 Ddx17 418 3/3 14303333 9064879 binding [GO:0003676] helicase DDX17 [EC:3.6.4.13] histone deacetylase binding [GO:0042826]; identical protein binding B2KF50 UHRF1 (ICBP90)-binding protein 1 Uhrf1bp1 1429 3/3 13286667 4377046 [GO:0042802] Dmac2 Distal membrane-arm assembly complex 2310004L02Rik Q8CA44 protein 2 (RIKEN cDNA 2310004L02, isoform 257 N.D. N.D. 3/3 11536667 13423086 Atp5sl CRA_a) mCG_7653 D3Z1V4 Phosphatidylethanolamine-binding protein 1 Pebp1 209 N.D. N.D. 3/3 8366667 4047892 extrinsic component of membrane [GO:0019898]; integrin complex [GO:0008305]; uropod [GO:0001931]; ADP-ribosyl cyclase activity [GO:0061811]; cyclic ADP-ribose hydrolase [GO:0061812]; NAD+ nucleosidase activity [GO:0003953]; positive regulation of cell ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose population proliferation [GO:0008284]; regulation of actin cytoskeleton BST1; ADP-ribosyl cyclase 2 A0A0R4J190 Bst1 311 3/3 3973333 723901 hydrolase 2 organization [GO:0032956]; regulation of calcium-mediated signaling [EC:3.2.2.6 2.4.99.20] [GO:0050848]; regulation of cell-matrix adhesion [GO:0001952]; regulation of inflammatory response [GO:0050727]; regulation of neutrophil chemotaxis [GO:0090022]; regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation [GO:0050730] D3YUN2 Suppressor of tumorigenicity 7 protein St7 503 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 3/3 3826667 900074 A0A2I3BQS7 Epimerase family protein SDR39U1 (Fragment) Sdr39u1 139 N.D. uncharacterized protein 3/3 3030000 1833385 Z4YK11 SH3 domain-containing protein 21 Sh3d21 665 N.D. N.D. 2/3 3235000000 3995153314 Pleckstrin homology domain-containing family O member 1 F6XQM2 Plekho1 365 N.D. N.D. 2/3 1091000000 267286363 (Fragment) cytoskeleton [GO:0005856]; extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane [GO:0031234]; focal adhesion [GO:0005925]; ATP binding [GO:0005524]; non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity [GO:0004715]; regulation of actin cytoskeleton PTK2B; focal adhesion kinase 2 E9Q2A6 Protein-tyrosine kinase 2-beta Ptk2b 967 reorganization [GO:2000249]; regulation of angiogenesis [GO:0045765]; regulation of bone 2/3 189250000 251376461 [EC:2.7.10.2] mineralization [GO:0030500]; regulation of cell adhesion [GO:0030155]; regulation of cell population proliferation [GO:0042127]; regulation of leukocyte chemotaxis [GO:0002688]; signal complex assembly [GO:0007172]; signal transduction [GO:0007165] cytoskeleton [GO:0005856]; extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane [GO:0031234]; focal adhesion [GO:0005925]; ATP binding [GO:0005524]; non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity [GO:0004715]; regulation of actin cytoskeleton PTK2B; focal adhesion kinase 2 Q3UDE9 Protein-tyrosine kinase 2-beta Ptk2b 1005 reorganization [GO:2000249]; regulation of angiogenesis [GO:0045765]; regulation of bone 2/3 189250000 251376461 [EC:2.7.10.2] mineralization [GO:0030500]; regulation of cell adhesion [GO:0030155]; regulation of cell population proliferation [GO:0042127]; regulation of leukocyte chemotaxis [GO:0002688]; signal complex assembly [GO:0007172]; signal transduction [GO:0007165] F6WA09 14-3-3 protein epsilon (Fragment) Ywhae 154 protein domain specific binding [GO:0019904] YWHAE; 14-3-3 protein epsilon 2/3 176000000 49497475 Transcription factor A, mitochondrial (Transcription factor A, TFAM; transcription factor A, A0A0R4J1N9 Tfam mCG_17822 199 nucleus [GO:0005634]; DNA binding [GO:0003677] 2/3 130500000 144956890 mitochondrial, isoform CRA_c) mitochondrial Mitochondrial import inner membrane translocase subunit mitochondrion [GO:0005739]; metal ion binding [GO:0046872]; protein transport TIM9; mitochondrial import inner A0A1Y7VIZ6 Timm9 61 2/3 130000000 32526912 Tim9 [GO:0015031] membrane translocase subunit TIM9 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit mitochondrion [GO:0005739]; metal ion binding [GO:0046872]; protein transport TIM9; mitochondrial import inner A0A1Y7VL11 Timm9 46 2/3 130000000 32526912 Tim9 [GO:0015031] membrane translocase subunit TIM9 integral component of membrane [GO:0016021]; mitochondrial inner membrane E9QAY6 MICOS complex subunit MIC60 (Mitofilin) Immt 470 IMMT; mitofilin 2/3 115000000 18384776 [GO:0005743] A2A6J4 Lymphocyte-specific protein 1 Lsp1 322 actin binding [GO:0003779]; signal transduction [GO:0007165] LSP1; lymphocyte-specific protein 1 2/3 105535000 146321606 A0A1L1SUU4 Secretory carrier-associated membrane protein (Secretory Scamp2 200 integral component of membrane [GO:0016021]; protein transport [GO:0015031] SCAMP; secretory carrier-associated 2/3 105000000 2828427 75 carrier membrane protein) (Fragment) membrane protein Glmp H3BKY1 Glycosylated lysosomal membrane protein 319 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 98850000 8697413 0610031J06Rik E9Q8P6 Protein unc-93 homolog B1 Unc93b1 422 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 96200000 53457273 TER; very-long-chain enoyl-CoA A0A1D5RLH3 Very-long-chain enoyl-CoA reductase (Fragment) Tecr 92 integral component of membrane [GO:0016021] 2/3 82500000 6646804 reductase [EC:1.3.1.93] A0A0R4J1Y6 A-kinase anchor protein SPHKAP (Fragment) Sphkap 1400 N.D. N.D. 2/3 81800000 61094026 membrane [GO:0016020]; GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924]; signal A0A0G2JE25 GTPase NRas (Fragment) Nras 150 NRAS; GTPase NRas 2/3 76100000 45113413 transduction [GO:0007165] Eef1d protein (Elongation factor 1-delta) (MCG22130, eukaryotic translation elongation factor 1 complex [GO:0005853]; translation elongation factor Q91VK2 Eef1d mCG_22130 276 EEF1D; elongation factor 1-delta 2/3 76050000 74882608 isoform CRA_b) activity [GO:0003746] serA; D-3-phosphoglycerate NAD binding [GO:0051287]; oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, F6ZSB7 D-3-phosphoglycerate dehydrogenase (Fragment) Phgdh 149 dehydrogenase / 2-oxoglutarate 2/3 68650000 49992449 NAD or NADP as acceptor [GO:0016616] reductase [EC:1.1.1.95 1.1.1.399] cytoskeleton [GO:0005856]; cytoskeletal protein binding [GO:0008092]; cortical actin EPB41; erythrocyte membrane protein A2AD32 Protein 4.1 (Fragment) Epb41 Epb4.1 715 2/3 67600000 81175858 cytoskeleton organization [GO:0030866] band 4.1 cytoplasm [GO:0005737]; ATP binding [GO:0005524]; unfolded protein binding CCT3; T-complex protein 1 subunit E9Q133 T-complex protein 1 subunit gamma Cct3 507 2/3 65550000 52962298 [GO:0051082]; protein folding [GO:0006457] gamma integral component of membrane [GO:0016021]; oxidoreductase activity, acting on the CH- DHCR7; 7-dehydrocholesterol reductase A0A140LIT2 7-dehydrocholesterol reductase Dhcr7 474 2/3 62100000 9050967 CH group of donors, NAD or NADP as acceptor [GO:0016628] [EC:1.3.1.21] A2A6G4 LIM and SH3 domain protein 1 (Fragment) Lasp1 47 N.D. N.D. 2/3 61950000 52538034 A2A6G5 LIM and SH3 domain protein 1 (Fragment) Lasp1 69 N.D. N.D. 2/3 61950000 52538034 A2A6G6 LIM and SH3 domain protein 1 (Fragment) Lasp1 89 N.D. N.D. 2/3 61950000 52538034 A2A6G7 LIM and SH3 domain protein 1 (Fragment) Lasp1 99 N.D. N.D. 2/3 61950000 52538034 A2A6G8 LIM and SH3 domain protein 1 (Fragment) Lasp1 103 N.D. N.D. 2/3 61950000 52538034 E9Q0N6 LIM and SH3 domain protein 1 (Fragment) Lasp1 70 N.D. N.D. 2/3 61950000 52538034 cytoplasm [GO:0005737]; microtubule [GO:0005874]; spindle pole [GO:0000922]; ATP Katanin p60 ATPase-containing subunit A-like 2 (Katanin KATNA1; katanin p60 ATPase-containing D3Z4J2 Katnal2 KATNAL2 495 binding [GO:0005524]; isomerase activity [GO:0016853]; microtubule binding [GO:0008017]; 2/3 55900000 2687006 p60 subunit A-like 2) (EC 5.6.1.1) (p60 katanin-like 2) subunit A1 [EC:5.6.1.1] microtubule severing [GO:0051013] KATNA1; katanin p60 ATPase-containing D6RGM7 Katanin p60 ATPase-containing subunit A-like 2 Katnal2 372 ATP binding [GO:0005524] 2/3 55900000 2687006 subunit A1 [EC:5.6.1.1] SMPDL3; sphingomyelin Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a D3Z1B4 Smpdl3a 104 N.D. phosphodiesterase acid-like 3 [EC:3.1.4.- 2/3 55200000 55012908 (Fragment) ] integral component of membrane [GO:0016021]; cellular response to gamma radiation D3YX08 Transmembrane protein 109 Tmem109 115 N.D. 2/3 53450000 5444722 [GO:0071480]; negative regulation of cell death [GO:0060548] integral component of membrane [GO:0016021]; cellular response to gamma radiation D3Z0I8 Transmembrane protein 109 (Fragment) Tmem109 213 N.D. 2/3 53450000 5444722 [GO:0071480]; negative regulation of cell death [GO:0060548] cellular response to gamma radiation [GO:0071480]; negative regulation of cell death D3Z3Z2 Transmembrane protein 109 (Fragment) Tmem109 93 N.D. 2/3 53450000 5444722 [GO:0060548] ALDH1A; retinal dehydrogenase A0A286YCZ0 Retinal dehydrogenase 1 (Fragment) Aldh1a1 138 oxidoreductase activity [GO:0016491] 2/3 52100000 30264170 [EC:1.2.1.36] ALDH1A; retinal dehydrogenase A0A286YDG6 Retinal dehydrogenase 1 (Fragment) Aldh1a1 128 oxidoreductase activity [GO:0016491] 2/3 52100000 30264170 [EC:1.2.1.36] RSAD2; radical S-adenosyl methionine D6RJ49 Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2 Rsad2 187 catalytic activity [GO:0003824]; iron-sulfur cluster binding [GO:0051536] 2/3 49690000 62946646 domain-containing protein 2 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 TNFRSF5; tumor necrosis factor receptor A2A5L7 Cd40 121 N.D. 2/3 49000000 12162237 (Fragment) superfamily member 5 H-2 class I histocompatibility antigen, TLA(B) alpha chain H2-T3 MHC1; major histocompatibility complex, Q05A75 384 integral component of membrane [GO:0016021] 2/3 48250000 2757716 (Histocompatibility 2, T region locus 3) (MCG132399) mCG_132399 class I IRGM; immunity-related GTPase family Q9DCE9 Interferon gamma-induced GTPase Igtp 423 cytosol [GO:0005829]; endoplasmic reticulum membrane [GO:0005789]; GTP binding 2/3 47120000 63611326 [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924]; cellular response to interferon-beta M protein [EC:3.6.5.-] 76 [GO:0035458]; defense response [GO:0006952] cell leading edge [GO:0031252]; cis-Golgi network [GO:0005801]; cytosol [GO:0005829]; endoplasmic reticulum lumen [GO:0005788]; endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment [GO:0005793]; Golgi apparatus [GO:0005794]; Golgi membrane [GO:0000139]; Golgi stack [GO:0005795]; mitochondrion [GO:0005739]; peroxisome [GO:0005777]; trans- Golgi network [GO:0005802]; ARF guanyl-nucleotide exchange factor activity [GO:0005086]; phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding [GO:0005547]; phosphatidylinositol-3,5- bisphosphate binding [GO:0080025]; cell activation involved in immune response [GO:0002263]; cellular response to virus [GO:0098586]; COPI coating of Golgi vesicle GBF1; golgi-specific brefeldin A- Golgi-specific brefeldin A-resistance factor 1 (MKIAA0248 [GO:0048205]; endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment organization Q6A099 Gbf1 mKIAA0248 1803 resistance guanine nucleotide exchange 2/3 46350000 353553 protein) (Fragment) [GO:0097111]; establishment of monopolar cell polarity [GO:0061162]; Golgi disassembly factor 1 [GO:0090166]; Golgi organization [GO:0007030]; Golgi to endosome transport [GO:0006895]; neutrophil chemotaxis [GO:0030593]; protein localization to endoplasmic reticulum exit site [GO:0070973]; protein localization to endoplasmic reticulum tubular network [GO:1903420]; protein localization to Golgi apparatus [GO:0034067]; reactive oxygen species biosynthetic process [GO:1903409]; regulation of ARF protein signal transduction [GO:0032012]; regulation of mitotic cell cycle [GO:0007346]; regulation of protein localization to cell surface [GO:2000008]; retrograde transport, endosome to Golgi [GO:0042147]; retrograde vesicle- mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum [GO:0006890] cell leading edge [GO:0031252]; cis-Golgi network [GO:0005801]; cytosol [GO:0005829]; endoplasmic reticulum lumen [GO:0005788]; endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment [GO:0005793]; Golgi apparatus [GO:0005794]; Golgi membrane [GO:0000139]; Golgi stack [GO:0005795]; mitochondrion [GO:0005739]; peroxisome [GO:0005777]; trans- Golgi network [GO:0005802]; ARF guanyl-nucleotide exchange factor activity [GO:0005086]; phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding [GO:0005547]; phosphatidylinositol-3,5- bisphosphate binding [GO:0080025]; cell activation involved in immune response [GO:0002263]; cellular response to virus [GO:0098586]; COPI coating of Golgi vesicle GBF1; golgi-specific brefeldin A- [GO:0048205]; endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment organization Q6DFZ1 Golgi-specific brefeldin A-resistance factor 1 Gbf1 1861 resistance guanine nucleotide exchange 2/3 46350000 353553 [GO:0097111]; establishment of monopolar cell polarity [GO:0061162]; Golgi disassembly factor 1 [GO:0090166]; Golgi organization [GO:0007030]; Golgi to endosome transport [GO:0006895]; neutrophil chemotaxis [GO:0030593]; protein localization to endoplasmic reticulum exit site [GO:0070973]; protein localization to endoplasmic reticulum tubular network [GO:1903420]; protein localization to Golgi apparatus [GO:0034067]; reactive oxygen species biosynthetic process [GO:1903409]; regulation of ARF protein signal transduction [GO:0032012]; regulation of mitotic cell cycle [GO:0007346]; regulation of protein localization to cell surface [GO:2000008]; retrograde transport, endosome to Golgi [GO:0042147]; retrograde vesicle- mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum [GO:0006890] ribosome [GO:0005840]; metal ion binding [GO:0046872]; structural constituent of ribosome RP-S27e; small subunit ribosomal protein A0A0G2JDW7 40S ribosomal protein S27 (Fragment) Rps27 82 2/3 43500000 1979899 [GO:0003735]; translation [GO:0006412] S27e Rps27 ribosome [GO:0005840]; metal ion binding [GO:0046872]; structural constituent of ribosome RP-S27e; small subunit ribosomal protein A0A0G2JEX7 40S ribosomal protein S27 52 2/3 43500000 1979899 mCG_22228 [GO:0003735]; translation [GO:0006412] S27e integral component of mitochondrial outer membrane [GO:0031307]; mitochondrion Q9D9Q3 RIKEN cDNA 1700034I23 gene 1700034I23Rik 184 N.D. 2/3 41800000 2687006 [GO:0005739]; autophagy of mitochondrion [GO:0000422] NUP98; nuclear pore complex protein A0A140T8J8 Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 Nup98 1187 nuclear pore [GO:0005643]; structural constituent of nuclear pore [GO:0017056] 2/3 40950000 32880465 Nup98-Nup96 NUP98; nuclear pore complex protein A0A1B0GRA7 Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 Nup98 984 nuclear pore [GO:0005643]; structural constituent of nuclear pore [GO:0017056] 2/3 40950000 32880465 Nup98-Nup96 NUP98; nuclear pore complex protein A0A1B0GRB5 Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 Nup98 967 nuclear pore [GO:0005643]; structural constituent of nuclear pore [GO:0017056] 2/3 40950000 32880465 Nup98-Nup96 NUP98; nuclear pore complex protein B2RQL0 Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 (Nup98 protein) Nup98 1170 nuclear pore [GO:0005643]; structural constituent of nuclear pore [GO:0017056] 2/3 40950000 32880465 Nup98-Nup96 CHD4; chromodomain-helicase-DNA- E9QAS4 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4 Chd4 1902 nucleus [GO:0005634]; ATP binding [GO:0005524]; metal ion binding [GO:0046872] 2/3 40750000 52962298 binding protein 4 [EC:3.6.4.12] CHD4; chromodomain-helicase-DNA- E9QAS5 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4 Chd4 1922 nucleus [GO:0005634]; ATP binding [GO:0005524]; metal ion binding [GO:0046872] 2/3 40750000 52962298 binding protein 4 [EC:3.6.4.12] D3YV25 ADP-ribosylation factor 3 (Fragment) Arf3 49 GTP binding [GO:0005525] ARF3; ADP-ribosylation factor 3 2/3 40500000 17819091 E9Q2C2 ADP-ribosylation factor 4 Arf4 64 integral component of membrane [GO:0016021]; GTP binding [GO:0005525] ARF4; ADP-ribosylation factor 4 2/3 40500000 17819091 Cytochrome c oxidase assembly factor 3 homolog, CCDC56; cytochrome c oxidase E9Q6W2 Coa3 Ccdc56 90 N.D. 2/3 40370000 43741625 mitochondrial assembly factor 3, animal type LYPLA1; lysophospholipase I D3YUG4 Acyl-protein thioesterase 1 (Fragment) Lypla1 142 hydrolase activity [GO:0016787] 2/3 39500000 13576450 [EC:3.1.1.5] peroxisome [GO:0005777]; alkylglycerone-phosphate synthase activity [GO:0008609]; FAD Alkylglycerone-phosphate synthase (Alkyl-DHAP synthase) AGPS; alkyldihydroxyacetonephosphate A2AL49 Agps 508 binding [GO:0071949]; oxidoreductase activity [GO:0016491]; ether lipid biosynthetic process 2/3 39400000 17394827 (EC 2.5.1.26) synthase [EC:2.5.1.26] [GO:0008611] 77 peroxisome [GO:0005777]; alkylglycerone-phosphate synthase activity [GO:0008609]; FAD Alkylglycerone-phosphate synthase (Alkyl-DHAP synthase) AGPS; alkyldihydroxyacetonephosphate H3BKN2 Agps 568 binding [GO:0071949]; oxidoreductase activity [GO:0016491]; ether lipid biosynthetic process 2/3 39400000 17394827 (EC 2.5.1.26) synthase [EC:2.5.1.26] [GO:0008611] cytoskeleton [GO:0005856]; integral component of membrane [GO:0016021]; cytoskeletal EPB41; erythrocyte membrane protein A0A1D5RLV1 Protein 4.1 (Fragment) Epb41 476 2/3 39300000 23900209 protein binding [GO:0008092]; cortical actin cytoskeleton organization [GO:0030866] band 4.1 A0A087WSL8 Nucleolar protein 58 (Fragment) Nop58 191 N.D. NOP58; nucleolar protein 58 2/3 38980000 51222815 ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; translation RP-L23; large subunit ribosomal protein A0A1B0GSZ9 39S ribosomal protein L23, mitochondrial Mrpl23 172 2/3 38000000 10606602 [GO:0006412] L23 A0A0A0MQ80 ATPase family protein 2 homolog Spata5 892 ATP binding [GO:0005524] AFG2; AAA family ATPase 2/3 36950000 29486353 A0A0G2JFY0 ATPase family protein 2 homolog Spata5 842 ATP binding [GO:0005524] AFG2; AAA family ATPase 2/3 36950000 29486353 KATNA1; katanin p60 ATPase-containing D3Z0U5 Katanin p60 ATPase-containing subunit A-like 2 Katnal2 277 ATP binding [GO:0005524] 2/3 36950000 29486353 subunit A1 [EC:5.6.1.1] UBE2L3; ubiquitin-conjugating enzyme A0A338P786 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 (Fragment) Ube2l3 146 ATP binding [GO:0005524]; transferase activity [GO:0016740] 2/3 35835000 47468078 E2 L3 [EC:2.3.2.23] ATP binding [GO:0005524]; serine-tRNA ligase activity [GO:0004828]; seryl-tRNA SARS; seryl-tRNA synthetase A0A140LIM8 Serine--tRNA ligase, mitochondrial Sars2 154 2/3 33550000 2616295 aminoacylation [GO:0006434] [EC:6.1.1.11] ACP2; lysosomal acid phosphatase B7ZCF4 Lysosomal acid phosphatase (Fragment) Acp2 166 N.D. 2/3 33000000 3394113 [EC:3.1.3.2] perinuclear region of cytoplasm [GO:0048471]; actin binding [GO:0003779]; Rho GTPase E9QLA5 Inverted formin-2 Inf2 1271 binding [GO:0017048]; actin cytoskeleton organization [GO:0030036]; regulation of N.D. 2/3 30400000 24465895 mitochondrial fission [GO:0090140] integral component of plasma membrane [GO:0005887]; potassium:chloride symporter activity [GO:0015379]; cell volume homeostasis [GO:0006884]; cellular hypotonic salinity SLC12A4_5_6; solute carrier family 12 Q6P6P5 Predicted gene 21985 (Slc12a6 protein) Gm21985 Slc12a6 1106 response [GO:0071477]; chemical synaptic transmission [GO:0007268]; chloride ion (potassium/chloride transporter), member 2/3 30300000 10465180 homeostasis [GO:0055064]; chloride transmembrane transport [GO:1902476]; potassium ion 4/5/6 homeostasis [GO:0055075]; potassium ion import across plasma membrane [GO:1990573] ATP binding [GO:0005524]; metal ion binding [GO:0046872]; protein kinase C activity PRKCD; novel protein kinase C delta Q1MX40 Protein kinase C (EC 2.7.11.13) Prkcd 571 2/3 30120000 33629999 [GO:0004697]; intracellular signal transduction [GO:0035556] type [EC:2.7.11.13] RAB11FIP1_2_5; Rab11 family- A0A0N4SW73 Rab11 family-interacting protein 5 Rab11fip5 1318 Rab GTPase binding [GO:0017137] 2/3 29960000 35270486 interacting protein 1/2/5 ALDH; aldehyde dehydrogenase (NAD+) G3UYH1 Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial (Fragment) Aldh1b1 131 oxidoreductase activity [GO:0016491] 2/3 29950000 4030509 [EC:1.2.1.3] E9PWJ6 NIF3-like protein 1 Nif3l1 155 N.D N.D. 2/3 28650000 1202082 cytosol [GO:0005829]; early endosome membrane [GO:0031901]; lysosome [GO:0005764]; retromer, tubulation complex [GO:0030905]; epidermal growth factor receptor binding [GO:0005154]; insulin receptor binding [GO:0005158]; leptin receptor binding [GO:1990460]; phosphatidylinositol binding [GO:0035091]; protein heterodimerization activity [GO:0046982]; Q6NZD2 Sorting nexin-1 Snx1 521 SNX1_2; sorting nexin-1/2 2/3 28600000 23051681 protein homodimerization activity [GO:0042803]; transferrin receptor binding [GO:1990459]; early endosome to Golgi transport [GO:0034498]; intracellular protein transport [GO:0006886]; lamellipodium morphogenesis [GO:0072673]; positive regulation of protein catabolic process [GO:0045732]; receptor internalization [GO:0031623] phosphatidylcholine binding [GO:0031210]; phosphatidylcholine transporter activity Phosphatidylinositol transfer protein beta isoform (Pitpnb Q8JZZ5 Pitpnb 272 [GO:0008525]; phosphatidylinositol binding [GO:0035091]; phosphatidylinositol transporter N.D. 2/3 28320000 26558931 protein) activity [GO:0008526] phosphatidylserine decarboxylase activity [GO:0004609]; phospholipid biosynthetic process psd; phosphatidylserine decarboxylase D3YY63 Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme, mitochondrial Pisd 262 2/3 27550000 9121677 [GO:0008654] [EC:4.1.1.65] Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme, mitochondrial phosphatidylserine decarboxylase activity [GO:0004609]; phospholipid biosynthetic process psd; phosphatidylserine decarboxylase F7C386 Pisd 359 2/3 27550000 9121677 (Fragment) [GO:0008654] [EC:4.1.1.65] transferase activity, transferring glycosyl groups [GO:0016757]; fucose metabolic process POFUT; peptide-O-fucosyltransferase A0A1W2P844 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2 (Fragment) Pofut2 164 2/3 27435000 35447263 [GO:0006004] [EC:2.4.1.221] Major facilitator superfamily domain-containing protein 10 A0A0J9YUD0 Mfsd10 141 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 26650000 353553 (Fragment) Major facilitator superfamily domain-containing protein 10 integral component of membrane [GO:0016021]; transporter activity [GO:0005215]; D3YWD5 Mfsd10 278 N.D. 2/3 26650000 353553 (Fragment) transmembrane transport [GO:0055085] Rbm14 E9QL13 MCG8382, isoform CRA_c (RNA-binding protein 14) 614 RNA binding [GO:0003723] RBM14; RNA-binding protein 14 2/3 25750000 17182695 mCG_8382 78 COPII vesicle coat [GO:0030127]; cytosol [GO:0005829]; endoplasmic reticulum membrane A2ANA0 Protein transport protein SEC23 (Fragment) Sec23b 278 [GO:0005789]; zinc ion binding [GO:0008270]; endoplasmic reticulum to Golgi vesicle- SEC23; protein transport protein SEC23 2/3 24350000 1343503 mediated transport [GO:0006888]; intracellular protein transport [GO:0006886] integral component of endoplasmic reticulum membrane [GO:0030176]; calcium channel A0A1B0GR78 Stromal interaction molecule 1 Stim1 540 regulator activity [GO:0005246]; activation of store-operated calcium channel activity STIM1; stromal interaction molecule 1 2/3 23900000 11172287 [GO:0032237] integral component of endoplasmic reticulum membrane [GO:0030176]; calcium channel A0A1B0GRA5 Stromal interaction molecule 1 Stim1 793 regulator activity [GO:0005246]; activation of store-operated calcium channel activity STIM1; stromal interaction molecule 1 2/3 23900000 11172287 [GO:0032237] 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity [GO:0004114]; metal ion binding PDE4; cAMP-specific phosphodiesterase F6QFD1 Phosphodiesterase (EC 3.1.4.-) (Fragment) Pde4d 754 2/3 23550000 11808683 [GO:0046872]; signal transduction [GO:0007165] 4 [EC:3.1.4.53] A0A3B2W834 Lon protease homolog, mitochondrial Lonp1 141 N.D. 2/3 23350000 5444722 STK24_25_MST4; serine/threonine- D3Z359 Serine/threonine-protein kinase 25 (Fragment) Stk25 234 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] 2/3 23050000 30052038 protein kinase 24/25/MST4 [EC:2.7.11.1] cytoplasm [GO:0005737]; PcG protein complex [GO:0031519]; plasma membrane [GO:0005886]; protein kinase CK2 complex [GO:0005956]; chromatin binding [GO:0003682]; identical protein binding [GO:0042802]; protein domain specific binding [GO:0019904]; protein kinase regulator activity [GO:0019887]; protein serine/threonine kinase activity [GO:0004674]; signaling receptor binding [GO:0005102]; transcription factor binding G3UZX4 Casein kinase II subunit beta (CK II beta) Csnk2b 257 CSNK2B; casein kinase II subunit beta 2/3 20745000 22280935 [GO:0008134]; adiponectin-activated signaling pathway [GO:0033211]; endothelial tube morphogenesis [GO:0061154]; negative regulation of blood vessel endothelial cell migration [GO:0043537]; peptidyl-threonine phosphorylation [GO:0018107]; positive regulation of activin receptor signaling pathway [GO:0032927]; positive regulation of pathway-restricted SMAD protein phosphorylation [GO:0010862] axon terminus [GO:0043679]; catalytic step 2 spliceosome [GO:0071013]; cytoplasm [GO:0005737]; dendrite [GO:0030425]; growth cone [GO:0030426]; nucleoplasm [GO:0005654]; nucleus [GO:0005634]; ribonucleoprotein complex [GO:1990904]; mRNA 3'- HNRNPR; heterogeneous nuclear F7B5B5 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R Hnrnpr 531 2/3 20065000 26353870 UTR binding [GO:0003730]; mRNA binding [GO:0003729]; RNA binding [GO:0003723]; ribonucleoprotein R mRNA destabilization [GO:0061157]; negative regulation of catalytic activity [GO:0043086]; positive regulation of mRNA catabolic process [GO:0061014] axon terminus [GO:0043679]; catalytic step 2 spliceosome [GO:0071013]; cytoplasm [GO:0005737]; dendrite [GO:0030425]; growth cone [GO:0030426]; nucleoplasm [GO:0005654]; nucleus [GO:0005634]; ribonucleoprotein complex [GO:1990904]; viral HNRNPR; heterogeneous nuclear Q8VHM5 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R Hnrnpr Hnrpr 632 nucleocapsid [GO:0019013]; mRNA 3'-UTR binding [GO:0003730]; mRNA binding 2/3 20065000 26353870 ribonucleoprotein R [GO:0003729]; RNA binding [GO:0003723]; circadian rhythm [GO:0007623]; mRNA destabilization [GO:0061157]; negative regulation of catalytic activity [GO:0043086]; positive regulation of mRNA catabolic process [GO:0061014] Transport and Golgi organization protein 1 homolog A0A0R4J2D3 Mia3 268 N.D. N.D. 2/3 19250000 9545942 (Fragment) GDP-dissociation inhibitor activity [GO:0005092]; small GTPase mediated signal transduction D6RI86 Rab GDP dissociation inhibitor alpha (Fragment) Gdi1 78 GDI1_2; Rab GDP dissociation inhibitor 2/3 19100000 12445079 [GO:0007264] F7BC60 Mitochondrial fission factor (Fragment) Mff 137 integral component of membrane [GO:0016021] MFF; mitochondrial fission factor 2/3 18750000 6858936 proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain [GO:0033178]; proton- ATPeV1E; V-type H+-transporting A0A0N4SW34 V-type proton ATPase subunit E 1 (Fragment) Atp6v1e1 87 transporting ATPase activity, rotational mechanism [GO:0046961]; ATP hydrolysis coupled 2/3 17400000 424264 ATPase subunit E proton transport [GO:0015991] cell [GO:0005623]; electron transfer activity [GO:0009055]; protein disulfide oxidoreductase Glutaredoxin 2 (Thioltransferase), isoform CRA_a B7ZC40 Glrx2 mCG_19762 170 activity [GO:0015035]; transferase activity [GO:0016740]; cell redox homeostasis grxC; glutaredoxin 3 2/3 16300000 4808326 (Glutaredoxin-2, mitochondrial) [GO:0045454] AFG1; peroxisome-assembly ATPase E9Q4K2 AFG1-like ATPase Afg1l Lace1 279 ATP binding [GO:0005524] 2/3 16255000 10670241 [EC:3.6.4.7] S4R1B8 Bridging integrator 2 Bin2 478 cytoplasm [GO:0005737] BIN2; bridging integrator 2 2/3 16255000 18306995 GST; glutathione S-transferase D3YVP5 Glutathione S-transferase Mu 7 Gstm7 214 glutathione transferase activity [GO:0004364] 2/3 16230000 10139911 [EC:2.5.1.18] GST; glutathione S-transferase D3YVP6 Glutathione S-transferase Mu 7 Gstm7 181 glutathione transferase activity [GO:0004364] 2/3 16230000 10139911 [EC:2.5.1.18] Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1 F7BZA7 Inpp5d 124 N.D. N.D. 2/3 16190000 12176379 (Fragment) endoplasmic reticulum membrane [GO:0005789]; integral component of membrane Q3U957 Derlin Derl2 165 DERL2_3; Derlin-2/3 2/3 15950000 3889087 [GO:0016021] A0A0A6YVZ8 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 Map4k4 404 ATP binding [GO:0005524]; protein serine/threonine kinase activity [GO:0004674] MAP4K4; mitogen-activated protein 2/3 15580000 15867476 79 (Fragment) kinase kinase kinase kinase 4 [EC:2.7.11.1] integral component of membrane [GO:0016021]; metal ion transmembrane transporter SLC39A11; solute carrier family 39 (zinc B1ARC2 Zinc transporter ZIP11 (Fragment) Slc39a11 200 2/3 15050000 4737615 activity [GO:0046873] transporter), member 11 Medium-chain-specific acyl-CoA dehydrogenase, acyl-CoA dehydrogenase activity [GO:0003995]; flavin adenine dinucleotide binding ACADM; acyl-CoA dehydrogenase D3Z2A5 Acadm 144 2/3 14950000 6434672 mitochondrial (Fragment) [GO:0050660] [EC:1.3.8.7] integral component of membrane [GO:0016021]; mitochondrial inner membrane D3Z786 Mitochondrial pyruvate carrier (Fragment) Mpc1 Brp44l 78 MPC1; mitochondrial pyruvate carrier 1 2/3 14900000 1414214 [GO:0005743]; mitochondrial pyruvate transmembrane transport [GO:0006850] L7N480 Family with sequence similarity 71, member E2 Fam71e2 754 N.D. N.D. 2/3 14650000 4737615 integral component of membrane [GO:0016021]; multivesicular body [GO:0005771]; protein STEAP3; metalloreductase STEAP3 A0A0R4J1G9 Metalloreductase STEAP3 Steap3 488 2/3 14455000 6569022 secretion [GO:0009306] [EC:1.16.1.-] apical plasma membrane [GO:0016324]; cytoskeleton [GO:0005856]; cytosol [GO:0005829]; glutamatergic synapse [GO:0098978]; nucleoplasm [GO:0005654]; postsynaptic density, intracellular component [GO:0099092]; presynapse [GO:0098793]; ATP binding TNIK; TRAF2 and NCK interacting kinase B2RQ80 Tnik protein (Traf2 and NCK-interacting protein kinase) Tnik 1360 [GO:0005524]; protein serine/threonine kinase activity [GO:0004674]; actin cytoskeleton 2/3 14180000 13887577 [EC:2.7.11.1] reorganization [GO:0031532]; activation of JNKK activity [GO:0007256]; microvillus assembly [GO:0030033]; protein autophosphorylation [GO:0046777]; protein localization to plasma membrane [GO:0072659]; regulation of dendrite morphogenesis [GO:0048814] TRAF2 and NCK interacting kinase (Traf2 and NCK- TNIK; TRAF2 and NCK interacting kinase B9EKN8 Tnik 1352 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] 2/3 14180000 13887577 interacting protein kinase) [EC:2.7.11.1] TNIK; TRAF2 and NCK interacting kinase E0CXD6 Traf2 and NCK-interacting protein kinase Tnik 1297 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] 2/3 14180000 13887577 [EC:2.7.11.1] TNIK; TRAF2 and NCK interacting kinase E0CY98 Traf2 and NCK-interacting protein kinase Tnik 1305 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] 2/3 14180000 13887577 [EC:2.7.11.1] TNIK; TRAF2 and NCK interacting kinase E0CZD7 Traf2 and NCK-interacting protein kinase Tnik 1276 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] 2/3 14180000 13887577 [EC:2.7.11.1] TNIK; TRAF2 and NCK interacting kinase E0CZF8 Traf2 and NCK-interacting protein kinase Tnik 1268 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] 2/3 14180000 13887577 [EC:2.7.11.1] TNIK; TRAF2 and NCK interacting kinase E9PUL9 Traf2 and NCK-interacting protein kinase Tnik 1331 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] 2/3 14180000 13887577 [EC:2.7.11.1] elongin complex [GO:0070449]; VCB complex [GO:0030891]; transcription elongation from A0A3B2WBM3 Elongin-B Elob 90 ELOB; elongin-B 2/3 13950000 636396 RNA polymerase II promoter [GO:0006368] 6-phosphogluconolactonase activity [GO:0017057]; carbohydrate metabolic process PGLS; 6-phosphogluconolactonase D3Z4X1 6-phosphogluconolactonase (6PGL) (EC 3.1.1.31) Pgls mCG_10369 174 2/3 13875000 11773328 [GO:0005975]; pentose-phosphate shunt [GO:0006098] [EC:3.1.1.31] E9PWC5 MAGUK p55 subfamily member 6 (Fragment) Mpp6 315 N.D. N.D. 2/3 13840000 8570134 integral component of membrane [GO:0016021]; transmembrane transporter activity A2AKV9 Solute carrier family 25 member 51 (Fragment) Slc25a51 Mcart1 205 N.D. 2/3 13695000 9482302 [GO:0022857] integral component of membrane [GO:0016021]; transmembrane transporter activity A2AKW0 Solute carrier family 25 member 51 Slc25a51 Mcart1 315 N.D. 2/3 13695000 9482302 [GO:0022857] extracellular space [GO:0005615]; growth factor activity [GO:0008083]; hormone activity D3Z7M4 Insulin-like growth factor I (Fragment) Igf1 135 IGF1; insulin-like growth factor 1 2/3 13220000 7325626 [GO:0005179] extracellular space [GO:0005615]; growth factor activity [GO:0008083]; hormone activity E9PU89 Insulin-like growth factor I Igf1 143 IGF1; insulin-like growth factor 1 2/3 13220000 7325626 [GO:0005179] extracellular space [GO:0005615]; growth factor activity [GO:0008083]; hormone activity E9Q138 Insulin-like growth factor I Igf1 137 IGF1; insulin-like growth factor 1 2/3 13220000 7325626 [GO:0005179] alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex [GO:0035867]; insulin-like growth factor ternary complex [GO:0042567]; growth factor activity [GO:0008083]; hormone activity [GO:0005179]; insulin receptor binding [GO:0005158]; insulin-like growth factor receptor binding [GO:0005159]; integrin binding [GO:0005178]; activation of MAPK activity [GO:0000187]; activation of protein kinase B activity [GO:0032148]; bone mineralization involved in bone maturation [GO:0035630]; cell activation [GO:0001775]; cellular response to amyloid-beta Insulin-like growth factor 1 isoform Eb (Insulin-like growth [GO:1904646]; ERK1 and ERK2 cascade [GO:0070371]; insulin-like growth factor receptor Q4VJB9 Igf1 159 factor I) signaling pathway [GO:0048009]; muscle hypertrophy [GO:0014896]; myoblast differentiation IGF1; insulin-like growth factor 1 2/3 13220000 7325626 [GO:0045445]; myoblast proliferation [GO:0051450]; myotube cell development [GO:0014904]; negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway [GO:2001237]; negative regulation of gene expression [GO:0010629]; negative regulation of oocyte development [GO:0060283]; negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process [GO:1905460]; phosphatidylinositol 3-kinase signaling [GO:0014065]; positive regulation of activated T cell proliferation [GO:0042104]; positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade [GO:0070886]; positive regulation of cell growth involved 80 in cardiac muscle cell development [GO:0061051]; positive regulation of epithelial cell proliferation [GO:0050679]; positive regulation of fibroblast proliferation [GO:0048146]; positive regulation of glucose import [GO:0046326]; positive regulation of glycogen biosynthetic process [GO:0045725]; positive regulation of glycolytic process [GO:0045821]; positive regulation of glycoprotein biosynthetic process [GO:0010560]; positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway [GO:0043568]; positive regulation of mitotic nuclear division [GO:0045840]; positive regulation of osteoblast differentiation [GO:0045669]; positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase signaling [GO:0014068]; positive regulation of protein secretion [GO:0050714]; positive regulation of Ras protein signal transduction [GO:0046579]; positive regulation of smooth muscle cell migration [GO:0014911]; positive regulation of transcription by RNA polymerase II [GO:0045944]; positive regulation of transcription regulatory region DNA binding [GO:2000679]; positive regulation of trophectodermal cell proliferation [GO:1904075]; positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein [GO:0042531]; positive regulation of vascular smooth muscle cell proliferation [GO:1904707]; protein kinase B signaling [GO:0043491]; protein stabilization [GO:0050821]; proteoglycan biosynthetic process [GO:0030166]; regulation of multicellular organism growth [GO:0040014]; response to heat [GO:0009408]; skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration [GO:0014834] extracellular space [GO:0005615]; growth factor activity [GO:0008083]; hormone activity Q8CAR0 Insulin-like growth factor I Igf1 165 IGF1; insulin-like growth factor 1 2/3 13220000 7325626 [GO:0005179] F6TQS9 Endoplasmic reticulum metallopeptidase 1 (Fragment) Ermp1 417 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 12850000 3323402 POLDIP3; polymerase delta-interacting Q3UDD3 Polymerase delta-interacting protein 3 Poldip3 391 cell [GO:0005623]; RNA binding [GO:0003723]; mRNA export from nucleus [GO:0006406] 2/3 12620000 15245222 protein 3 D3Z7N1 Lipoyltransferase 1, mitochondrial (Fragment) Lipt1 198 protein lipoylation [GO:0009249] LIPT1; lipoyltransferase 1 2/3 12505000 5084098 D3Z0R8 Tetratricopeptide repeat domain 7 Ttc7 822 N.D. TTC7; tetratricopeptide repeat protein 7 2/3 11645000 14078496 F8WHJ2 GTP-binding protein 10 Gtpbp10 287 GTP binding [GO:0005525] N.D. 2/3 11350000 919239 Methig1 Methyltransferase hypoxia-inducible domain-containing 1 LOC554292 UbiE- Q76I26 264 integral component of membrane [GO:0016021]; methyltransferase activity [GO:0008168] N.D. 2/3 11100000 2969848 (UbiE-YGHL1 fusion protein) (UbiE2-Hig1-4 fusion protein) YGHL1(HIG1-4) UbiE2-Hig1-4 A0A2R8VHC4 Nck-associated protein 1-like Nckap1l 298 N.D. NCKAP1; NCK-associated protein 1 2/3 10425000 2651650 C-type lectin domain family 4, member a2 (Clec4a2 protein) Clec4a2 Clecsf6 CLEC4A; C-type lectin domain family 4 Q923C7 262 integral component of membrane [GO:0016021]; carbohydrate binding [GO:0030246] 2/3 9540000 4327494 (MCG141420, isoform CRA_b) mCG_141420 member A ARF guanyl-nucleotide exchange factor activity [GO:0005086]; regulation of ARF protein A0A2R8VI37 Cytohesin-4 Cyth4 184 CYTH; cytohesin 2/3 9270000 6264966 signal transduction [GO:0032012] Cell surface glycoprotein CD200 receptor 4 (MCG1038158, Cd200r4 integral component of membrane [GO:0016021]; signaling receptor activity [GO:0038023]; CD200R1; cell surface glycoprotein H3BJX3 224 2/3 9010000 11016724 isoform CRA_a) mCG_1038158 regulation of neuroinflammatory response [GO:0150077] CD200 receptor 1 GST; glutathione S-transferase F6Y363 Predicted gene 6665 Gm6665 85 N.D. 2/3 8925000 190919 [EC:2.5.1.18] cytoplasm [GO:0005737]; GTPase activator activity [GO:0005096]; signal transduction A0A2R8W6I7 Predicted gene, 49510 Gm49510 596 SH3BP1; SH3-domain binding protein 1 2/3 8830000 2786001 [GO:0007165] cytoplasm [GO:0005737]; GTPase activator activity [GO:0005096]; signal transduction A2A5V2 SH3 domain-binding protein 1 Sh3bp1 584 SH3BP1; SH3-domain binding protein 1 2/3 8830000 2786001 [GO:0007165] cytoplasm [GO:0005737]; GTPase activator activity [GO:0005096]; signal transduction A2A5V3 SH3 domain-binding protein 1 Sh3bp1 582 SH3BP1; SH3-domain binding protein 1 2/3 8830000 2786001 [GO:0007165] cytoplasm [GO:0005737]; GTPase activator activity [GO:0005096]; signal transduction S4R2D3 SH3 domain-binding protein 1 Sh3bp1 587 SH3BP1; SH3-domain binding protein 1 2/3 8830000 2786001 [GO:0007165] 6-phosphogluconolactonase activity [GO:0017057]; carbohydrate metabolic process PGLS; 6-phosphogluconolactonase Q8CBG6 6-phosphogluconolactonase (6PGL) (EC 3.1.1.31) Pgls 215 2/3 8610000 9461089 [GO:0005975]; pentose-phosphate shunt [GO:0006098] [EC:3.1.1.31] TAO; thousand and one amino acid E9Q364 Serine/threonine-protein kinase TAO3 (Fragment) Taok3 109 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] 2/3 8360000 3874945 protein kinase [EC:2.7.11.1] cytoplasm [GO:0005737]; cytosol [GO:0005829]; membrane [GO:0016020]; mitochondrion [GO:0005739]; nucleus [GO:0005634]; 1-acylglycerophosphocholine O-acyltransferase activity [GO:0047184]; cardiac muscle contraction [GO:0060048]; cardiac muscle tissue development [GO:0048738]; cardiolipin acyl-chain remodeling [GO:0035965]; cardiolipin biosynthetic process [GO:0032049]; cristae formation [GO:0042407]; heart development TAZ; monolysocardiolipin acyltransferase H3BKZ8 Tafazzin family protein (Fragment) Taz TAZ 178 [GO:0007507]; hemopoiesis [GO:0030097]; inner mitochondrial membrane organization 2/3 8310000 4369920 [EC:2.3.1.-] [GO:0007007]; mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport [GO:0042775]; mitochondrial respiratory chain complex I assembly [GO:0032981]; muscle contraction [GO:0006936]; phosphatidylglycerol metabolic process [GO:0046471]; positive regulation of ATP biosynthetic process [GO:2001171]; positive regulation of cardiolipin metabolic process [GO:1900210]; regulation of gene expression [GO:0010468]; skeletal muscle tissue 81 development [GO:0007519] A0A1W2P7X0 Costars family protein ABRACL (Fragment) Abracl 57 N.D. N.D. 2/3 7720000 4214356 Abracl E9QMV2 Costars family protein ABRACL 81 N.D. N.D. 2/3 7720000 4214356 3110003A17Rik cytoplasm [GO:0005737]; cytosol [GO:0005829]; integral component of membrane [GO:0016021]; membrane [GO:0016020]; mitochondrion [GO:0005739]; nucleus [GO:0005634]; 1-acylglycerophosphocholine O-acyltransferase activity [GO:0047184]; cardiac muscle contraction [GO:0060048]; cardiac muscle tissue development [GO:0048738]; cardiolipin acyl-chain remodeling [GO:0035965]; cardiolipin biosynthetic process [GO:0032049]; cristae formation [GO:0042407]; heart development [GO:0007507]; Taz TAZ RP23- TAZ; monolysocardiolipin acyltransferase J3JS92 Tafazzin family protein 248 hemopoiesis [GO:0030097]; inner mitochondrial membrane organization [GO:0007007]; 2/3 7505000 2481945 436K3.6-020 [EC:2.3.1.-] mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport [GO:0042775]; mitochondrial respiratory chain complex I assembly [GO:0032981]; muscle contraction [GO:0006936]; phosphatidylglycerol metabolic process [GO:0046471]; positive regulation of ATP biosynthetic process [GO:2001171]; positive regulation of cardiolipin metabolic process [GO:1900210]; regulation of gene expression [GO:0010468]; skeletal muscle tissue development [GO:0007519] catalytic activity [GO:0003824]; magnesium ion binding [GO:0000287]; thiamine HACL1; 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1 D3YZ54 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1 Hacl1 554 2/3 7250000 3804234 pyrophosphate binding [GO:0030976] [EC:4.1.-.-] Saccharopine dehydrogenase-like oxidoreductase F6S0R8 Sccpdh 170 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 7005000 671751 (Fragment) eukaryotic translation initiation factor 3 complex [GO:0005852]; translation initiation factor EIF3B; translation initiation factor 3 A0A0G2JG48 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B (Fragment) Eif3b 175 2/3 6820000 6194255 activity [GO:0003743]; translation initiation factor binding [GO:0031369] subunit B dynactin complex [GO:0005869]; dynein complex binding [GO:0070840]; transport along E9Q3M3 Dynactin subunit 1 Dctn1 1264 DCTN1; dynactin 1 2/3 6750000 3351686 microtubule [GO:0010970] dynactin complex [GO:0005869]; dynein complex binding [GO:0070840]; transport along E9Q586 Dynactin subunit 1 Dctn1 1239 DCTN1; dynactin 1 2/3 6750000 3351686 microtubule [GO:0010970] N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity [GO:0070290]; phosphatidylinositol binding [GO:0035091]; phospholipase D activity [GO:0004630]; inositol PLD1_2; phospholipase D1/2 Q6NV49 Phospholipase (EC 3.1.4.4) Pld2 944 2/3 6590000 494975 lipid-mediated signaling [GO:0048017]; lipid catabolic process [GO:0016042]; phosphatidic [EC:3.1.4.4] acid biosynthetic process [GO:0006654] exosome (RNase complex) [GO:0000178]; RNA catabolic process [GO:0006401]; RNA RRP43; exosome complex component D3YYN3 Exosome complex component RRP43 (Fragment) Exosc8 130 2/3 6320000 537401 processing [GO:0006396] RRP43 exosome (RNase complex) [GO:0000178]; RNA catabolic process [GO:0006401]; RNA RRP43; exosome complex component F6SGT4 Exosome complex component RRP43 (Fragment) Exosc8 114 2/3 6320000 537401 processing [GO:0006396] RRP43 GST; glutathione S-transferase A2AE89 Glutathione S-transferase Mu 1 Gstm1 244 glutathione transferase activity [GO:0004364] 2/3 6295000 3910300 [EC:2.5.1.18] cytoplasm [GO:0005737]; cytosol [GO:0005829]; intercellular bridge [GO:0045171]; enzyme binding [GO:0019899]; glutathione binding [GO:0043295]; glutathione transferase activity GST; glutathione S-transferase A2AE91 Glutathione S-transferase, mu 4 Gstm4 184 [GO:0004364]; protein homodimerization activity [GO:0042803]; glutathione metabolic 2/3 6295000 3910300 [EC:2.5.1.18] process [GO:0006749]; nitrobenzene metabolic process [GO:0018916]; xenobiotic catabolic process [GO:0042178] GST; glutathione S-transferase D3YX76 Glutathione S-transferase (EC 2.5.1.18) Gstm2 184 glutathione transferase activity [GO:0004364] 2/3 6295000 3910300 [EC:2.5.1.18] GST; glutathione S-transferase D3YZ29 Glutathione S-transferase Mu 7 (Fragment) Gstm7 119 glutathione transferase activity [GO:0004364] 2/3 6295000 3910300 [EC:2.5.1.18] GST; glutathione S-transferase E9QAC8 Glutathione S-transferase Mu 7 (Fragment) Gstm7 193 glutathione transferase activity [GO:0004364] 2/3 6295000 3910300 [EC:2.5.1.18] cytoplasm [GO:0005737]; cytosol [GO:0005829]; intercellular bridge [GO:0045171]; enzyme binding [GO:0019899]; glutathione binding [GO:0043295]; glutathione transferase activity Glutathione S-transferase mu 4 (Glutathione S-transferase, GST; glutathione S-transferase Q8R5I6 Gstm4 218 [GO:0004364]; protein homodimerization activity [GO:0042803]; glutathione metabolic 2/3 6295000 3910300 mu 4) (Glutathione transferase GSTM7-7) (EC 2.5.1.18) [EC:2.5.1.18] process [GO:0006749]; nitrobenzene metabolic process [GO:0018916]; xenobiotic catabolic process [GO:0042178] ELF2C; eukaryotic translation initiation H3BJ70 Protein argonaute-1 (Fragment) Ago1 Eif2c1 553 nucleic acid binding [GO:0003676]; gene silencing by RNA [GO:0031047] 2/3 5690000 2701148 factor 2C A0A087WNP6 Protein CDV3 Cdv3 235 N.D. N.D. 2/3 5580000 1781909 A0A087WRM0 Protein CDV3 (Fragment) Cdv3 154 N.D. N.D. 2/3 5580000 1781909 A0A087WS49 Protein CDV3 Cdv3 154 N.D. N.D. 2/3 5580000 1781909 82 dynactin complex [GO:0005869]; dynein complex binding [GO:0070840]; transport along D3YX34 Dynactin subunit 1 Dctn1 1142 DCTN1; dynactin 1 2/3 5145000 1081873 microtubule [GO:0010970] actin filament binding [GO:0051015]; regulation of actin cytoskeleton organization A0A2U3TZ82 TRIO and F-actin-binding protein Triobp 627 N.D. 2/3 4840000 1711198 [GO:0032956] cytoplasm [GO:0005737]; eukaryotic translation initiation factor 2B complex [GO:0005851]; guanyl-nucleotide exchange factor activity [GO:0005085]; nucleotidyltransferase activity EIF2B3; translation initiation factor eIF- B1AUN3 Eukaryotic translation initiation factor 2B, subunit 3 Eif2b3 401 [GO:0016779]; oligodendrocyte development [GO:0014003]; response to glucose 2/3 4625000 403051 2B subunit gamma [GO:0009749]; response to heat [GO:0009408]; response to peptide hormone [GO:0043434]; T cell receptor signaling pathway [GO:0050852]; translational initiation [GO:0006413] cell-substrate junction [GO:0030055]; focal adhesion [GO:0005925]; actin binding A0A087WQ94 Tensin 1 (Fragment) Tns1 1719 [GO:0003779]; cell-substrate junction assembly [GO:0007044]; fibroblast migration TNS; tensin 2/3 4345000 3754737 [GO:0010761] cell-substrate junction [GO:0030055]; focal adhesion [GO:0005925]; actin binding A0A087WQS0 Tensin 1 Tns1 1867 [GO:0003779]; cell-substrate junction assembly [GO:0007044]; fibroblast migration TNS; tensin 2/3 4345000 3754737 [GO:0010761]; intracellular signal transduction [GO:0035556] cell-substrate junction [GO:0030055]; focal adhesion [GO:0005925]; actin binding A0A1D5RM59 Tensin 1 Tns1 1880 [GO:0003779]; cell-substrate junction assembly [GO:0007044]; fibroblast migration TNS; tensin 2/3 4345000 3754737 [GO:0010761]; intracellular signal transduction [GO:0035556] A0A2R8VHQ0 Tensin-2 Tns2 1392 metal ion binding [GO:0046872]; intracellular signal transduction [GO:0035556] TNS; tensin 2/3 4345000 3754737 cell-substrate junction [GO:0030055]; focal adhesion [GO:0005925]; actin binding E9Q0S6 Tensin 1 Tns1 1888 [GO:0003779]; cell-substrate junction assembly [GO:0007044]; fibroblast migration TNS; tensin 2/3 4345000 3754737 [GO:0010761]; intracellular signal transduction [GO:0035556] lipopolysaccharide binding [GO:0001530]; Toll-like receptor 4 binding [GO:0035662]; innate A0A087WQZ9 Lymphocyte antigen 96 Ly96 142 LY96; lymphocyte antigen 96 2/3 4115000 827315 immune response [GO:0045087] ELF2C; eukaryotic translation initiation A3KFX6 Protein argonaute-3 (Fragment) Ago3 Eif2c3 161 nucleic acid binding [GO:0003676] 2/3 4095000 1364716 factor 2C Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory H3BK50 Ppp2r1b 93 N.D. N.D. 2/3 3865000 1944544 subunit A beta isoform (Fragment) A0A1L1SS34 Anillin (Fragment) Anln 239 N.D. ANLN; actin-binding protein anillin 2/3 3785000 388909 SLC39A10; solute carrier family 39 (zinc A0A087WQF7 Zinc transporter ZIP10 (Fragment) Slc39a10 167 N.D. 2/3 3635000 1251579 transporter), member 10 SLC39A10; solute carrier family 39 (zinc A0A087WRC8 Zinc transporter ZIP10 (Fragment) Slc39a10 144 N.D. 2/3 3635000 1251579 transporter), member 10 TNIK; TRAF2 and NCK interacting kinase E0CYV5 Traf2 and NCK-interacting protein kinase Tnik 227 ATP binding [GO:0005524]; protein serine/threonine kinase activity [GO:0004674] 2/3 3600000 1074802 [EC:2.7.11.1] MINK; misshapen/NIK-related kinase F7AMS7 Misshapen-like kinase 1 (Fragment) Mink1 1198 ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672] 2/3 3600000 1074802 [EC:2.7.11.1] ACSL; long-chain acyl-CoA synthetase D3Z4I4 Long-chain-fatty-acid--CoA ligase 3 (Fragment) Acsl3 141 integral component of membrane [GO:0016021] 2/3 3495000 1590990 [EC:6.2.1.3] UBE2L3; ubiquitin-conjugating enzyme A0A338P702 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 Ube2l3 114 ATP binding [GO:0005524]; transferase activity [GO:0016740] 2/3 3465000 1689985 E2 L3 [EC:2.3.2.23] A0A1L1SQS5 Protein FAM76B (Fragment) Fam76b 74 N.D. N.D. 2/3 3370000 848528 integral component of membrane [GO:0016021]; double-stranded RNA binding [GO:0003725]; transmembrane signaling receptor activity [GO:0004888]; defense response to virus [GO:0051607]; innate immune response [GO:0045087]; MyD88-independent toll-like A0A1B0GS40 Toll-like receptor 3 (Fragment) Tlr3 306 TLR3; toll-like receptor 3 2/3 3240000 975807 receptor signaling pathway [GO:0002756]; positive regulation of chemokine production [GO:0032722]; positive regulation of inflammatory response [GO:0050729]; response to exogenous dsRNA [GO:0043330]; toll-like receptor 3 signaling pathway [GO:0034138] G3UX11 Protein ABHD16A Abhd16a 65 N.D. N.D. 2/3 3205000 1534422 A0A1L1SR14 Anoctamin-10 Ano10 176 N.D. ANO10; anoctamin-10 2/3 3035000 1166726 cytosol [GO:0005829]; nucleolus [GO:0005730]; nucleoplasm [GO:0005654]; histone binding [GO:0042393]; nucleosome binding [GO:0031491]; repressing transcription factor binding [GO:0070491]; transcription corepressor activity [GO:0003714]; cellular response to UV J3QK52 Nucleolar complex protein 2 homolog Noc2l 750 [GO:0034644]; chromatin assembly [GO:0031497]; negative regulation of B cell apoptotic NOC2; nucleolar complex protein 2 2/3 3000000 2262742 process [GO:0002903]; negative regulation of histone acetylation [GO:0035067]; negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway [GO:2001243]; negative regulation of transcription by RNA polymerase II [GO:0000122] 83 Q8BHX6 Nucleolar complex protein 2 homolog Noc2l AF155546 593 N.D. NOC2; nucleolar complex protein 2 2/3 3000000 2262742 SLC24A6; solute carrier family 24 D3Z226 Mitochondrial sodium/calcium exchanger protein Slc8b1 Slc24a6 529 integral component of membrane [GO:0016021]; transmembrane transport [GO:0055085] (sodium/potassium/calcium exchanger), 2/3 2575000 148492 member 6 Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family ANP32E; acidic leucine-rich nuclear E9Q0X5 Anp32e 219 N.D. 2/3 1800000 862670 member E phosphoprotein 32 family member E N.D.: No determinado. D.E.: Desviación estándar. En letra grande y negrita se encuentran proteínas detectadas en 3/3 muestras. Las proteínas se encuentran agrupadas por especie (B. abortus y M. musculus) y ordenadas descendentemente por promedio de intensidad. 84 Anexo A2. Lista de proteínas detectadas como exclusivas de las BCVs de B. abortus virB10-. # de Muestr Promedio Nombres Longitu accessión Nombres de proteínas Gene ontology Definición KO as de de D.E. de genes d (aa’s) UniProt virB intensidad Brucella abortus 2308W PEP-utilizing enzyme:Beta tubulin:GAF phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity [GO:0008965]; ptsP PTS-EI.PTSP; phosphotransferase Q2YLN7 domain:Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase (EC 756 phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system [GO:0009401]; 2/3 165000000 82024387 BAB1_1873 system, enzyme I, PtsP [EC:2.7.3.9] 2.7.3.9) phosphorylation [GO:0016310] gtsA; glucose/mannose transport system Q2YKU9 Bacterial extracellular solute-binding protein, family 1 BAB2_0547 421 N.D. 2/3 38150000 10960155 substrate-binding protein Flagellar hook-length control protein:ATP/GTP-binding site ABC.GGU.A; putative multiple sugar Q2YJ18 motif A (P-loop):Peptidase family S16:ABC transporter:AAA BAB2_0299 529 ATP binding [GO:0005524]; ATPase activity [GO:0016887] transport system ATP-binding protein 2/3 9305000 3104199 ATPase [EC:3.6.3.17] Mus musculus A disintegrin and metallopeptidase domain 17, isoform CRA_b (Disintegrin and Adam17 J3QMF2 94 integrin-mediated signaling pathway [GO:0007229] N.D. 3/3 852000000 317622417 metalloproteinase domain-containing protein mCG_8913 17) Supt16 Suppressor of Ty 16 (Suppressor of Ty 16 G3X956 Supt16h 1047 FACT complex [GO:0035101] N.D. 3/3 373966667 328692871 homolog (S. cerevisiae)) mCG_18713 putative hydrolases of HD E0CYK6 HD domain-containing protein 2 (Fragment) Hddc2 127 5'-deoxynucleotidase activity [GO:0002953] 3/3 362100000 295785615 superfamily integral component of membrane [GO:0016021]; plasma membrane [GO:0005886]; adenylate cyclase activity [GO:0004016]; cAMP ADCY7; adenylate cyclase 7 A0A1B0GT56 Adenylate cyclase type 7 (Fragment) Adcy7 428 3/3 345200000 489141820 biosynthetic process [GO:0006171]; intracellular signal transduction [EC:4.6.1.1] [GO:0035556] Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit EIF2S3; translation initiation A2AAW9 Eif2s3x 344 GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924] 3/3 247600000 275000873 3, X-linked factor 2 subunit 3 Uqcrb mitochondrial respiratory chain complex III [GO:0005750]; mitochondrial QCR7; ubiquinol-cytochrome c Q9CQB4 Cytochrome b-c1 complex subunit 7 111 3/3 247233333 248593973 mCG_67985 electron transport, ubiquinol to cytochrome c [GO:0006122] reductase subunit 7 SLC25A1; solute carrier family Tricarboxylate transport protein, mitochondrial integral component of membrane [GO:0016021]; transmembrane F6VVY4 Slc25a1 197 25 (mitochondrial citrate 3/3 124833333 72612556 (Fragment) transporter activity [GO:0022857] transporter), member 1 Myosin phosphatase Rho-interacting protein F6S5I0 Mprip 848 N.D. N.D. 3/3 94033333 60928018 (Fragment) Myosin phosphatase Rho-interacting protein F6XZM9 Mprip 498 N.D. N.D. 3/3 94033333 60928018 (Fragment) CHCHD3; coiled-coil-helix- coiled-coil-helix domain- F6QFL0 MICOS complex subunit (Fragment) Chchd3 89 MICOS complex [GO:0061617] 3/3 90666667 38394314 containing protein 3, mitochondrial PGAM5; serine/threonine- Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, A0A0G2JG95 Pgam5 179 N.D. protein phosphatase PGAM5 3/3 90433333 33329616 mitochondrial (Fragment) [EC:3.1.3.16] ATP binding [GO:0005524]; protein serine/threonine kinase activity VRK; vaccinia related kinase A0A1Y7VMH3 Serine/threonine-protein kinase VRK1 Vrk1 413 3/3 86200000 36466286 [GO:0004674] [EC:2.7.11.1] 85 myosin complex [GO:0016459]; actin binding [GO:0003779]; ATP binding [GO:0005524]; GTPase activator activity [GO:0005096]; metal ion binding A0A1D5RLD1 Unconventional myosin-IXb Myo9b 1963 MYO9; myosin IX 3/3 84166667 70472288 [GO:0046872]; motor activity [GO:0003774]; intracellular signal transduction [GO:0035556] myosin complex [GO:0016459]; actin binding [GO:0003779]; ATP binding [GO:0005524]; GTPase activator activity [GO:0005096]; metal ion binding E9PWZ6 Unconventional myosin-IXb Myo9b 1975 MYO9; myosin IX 3/3 84166667 70472288 [GO:0046872]; motor activity [GO:0003774]; intracellular signal transduction [GO:0035556] actin filament [GO:0005884]; cell cortex [GO:0005938]; cytosol [GO:0005829]; myosin complex [GO:0016459]; perinuclear region of cytoplasm [GO:0048471]; actin binding [GO:0003779]; ADP binding [GO:0043531]; ATP binding [GO:0005524]; ATPase activity [GO:0016887]; calmodulin binding [GO:0005516]; GTPase activator activity E9PZW8 Unconventional myosin-IXb Myo9b 2128 [GO:0005096]; metal ion binding [GO:0046872]; microfilament motor MYO9; myosin IX 3/3 84166667 70472288 activity [GO:0000146]; Rho GTPase binding [GO:0017048]; Roundabout binding [GO:0048495]; actin filament-based movement [GO:0030048]; intracellular signal transduction [GO:0035556]; regulation of Rho protein signal transduction [GO:0035023]; Roundabout signaling pathway [GO:0035385] myosin complex [GO:0016459]; actin binding [GO:0003779]; ATP binding [GO:0005524]; GTPase activator activity [GO:0005096]; metal ion binding E9QKV6 Unconventional myosin-IXb Myo9b 1961 MYO9; myosin IX 3/3 84166667 70472288 [GO:0046872]; motor activity [GO:0003774]; intracellular signal transduction [GO:0035556] RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin binding [GO:0003682]; DNA D3Z1N4 Protein polybromo-1 Pbrm1 1652 PBRM1; protein polybromo-1 3/3 74600000 45947361 binding [GO:0003677]; chromatin remodeling [GO:0006338] RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin binding [GO:0003682]; DNA D3Z1W6 Protein polybromo-1 Pbrm1 1582 PBRM1; protein polybromo-1 3/3 74600000 45947361 binding [GO:0003677]; chromatin remodeling [GO:0006338] RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin binding [GO:0003682]; DNA E9Q4Y5 Protein polybromo-1 Pbrm1 1689 PBRM1; protein polybromo-1 3/3 74600000 45947361 binding [GO:0003677]; chromatin remodeling [GO:0006338] RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin binding [GO:0003682]; DNA E9Q7L2 Protein polybromo-1 Pbrm1 1597 PBRM1; protein polybromo-1 3/3 74600000 45947361 binding [GO:0003677]; chromatin remodeling [GO:0006338] D6RI94 Protein polybromo-1 Pbrm1 860 RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin remodeling [GO:0006338] PBRM1; protein polybromo-1 3/3 73933333 44807291 RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin binding [GO:0003682]; F6THL5 Protein polybromo-1 (Fragment) Pbrm1 1085 PBRM1; protein polybromo-1 3/3 73933333 44807291 chromatin remodeling [GO:0006338] Ragulator complex [GO:0071986]; cellular response to amino acid stimulus [GO:0071230]; cholesterol homeostasis [GO:0042632]; endosomal transport [GO:0016197]; lysosome organization [GO:0007040]; LAMTOR1; ragulator complex A0A0A6YX02 Ragulator complex protein LAMTOR1 Lamtor1 142 3/3 72166667 40905297 positive regulation of MAPK cascade [GO:0043410]; positive regulation of protein LAMTOR1 TOR signaling [GO:0032008]; regulation of receptor recycling [GO:0001919] Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F HNRNPF_H; heterogeneous J3QM80 Hnrnpf 232 RNA binding [GO:0003723] 3/3 68333333 53100126 (Fragment) nuclear ribonucleoprotein F/H Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F HNRNPF_H; heterogeneous J3QMT0 Hnrnpf 208 RNA binding [GO:0003723] 3/3 68333333 53100126 (Fragment) nuclear ribonucleoprotein F/H E9Q5Q0 Ataxin-2-like protein (Fragment) Atxn2l 863 N.D. N.D. 3/3 67433333 38909425 Q3TGG2 Ataxin-2-like protein Atxn2l 994 N.D. N.D. 3/3 67433333 38909425 Gm11361 ribosome [GO:0005840]; RNA binding [GO:0003723]; structural RP-S18e; small subunit A0A1Y7VKY1 MCG116671 (Predicted pseudogene 11361) 152 3/3 62533333 40390758 mCG_116671 constituent of ribosome [GO:0003735]; translation [GO:0006412] ribosomal protein S18e cytosol [GO:0005829]; ribosome [GO:0005840]; RNA binding Gm10260 RP-S18e; small subunit F6YVP7 Predicted gene 10260 152 [GO:0003723]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; 3/3 62533333 40390758 Gm17352 ribosomal protein S18e translation [GO:0006412] S4R1N6 40S ribosomal protein S18 Rps18 107 ribosome [GO:0005840]; RNA binding [GO:0003723]; structural RP-S18e; small subunit 3/3 62533333 40390758 86 constituent of ribosome [GO:0003735]; translation [GO:0006412] ribosomal protein S18e proton-transporting V-type ATPase, V1 domain [GO:0033180]; proton- ATPeV1F; V-type H+- A0A0N4SVE1 V-type proton ATPase subunit F Atp6v1f 71 transporting ATPase activity, rotational mechanism [GO:0046961]; ATP 3/3 62163333 52702069 transporting ATPase subunit F hydrolysis coupled proton transport [GO:0015991] proton-transporting V-type ATPase, V1 domain [GO:0033180]; proton- ATPeV1F; V-type H+- F7B2B4 V-type proton ATPase subunit F (Fragment) Atp6v1f 100 transporting ATPase activity, rotational mechanism [GO:0046961]; ATP 3/3 62163333 52702069 transporting ATPase subunit F hydrolysis coupled proton transport [GO:0015991] integral component of membrane [GO:0016021]; late endosome TMEM55; phosphatidylinositol- Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 4- membrane [GO:0031902]; lysosomal membrane [GO:0005765]; F8WHW3 Pip4p1 277 4,5-bisphosphate 4- 3/3 61933333 28263463 phosphatase (EC 3.1.3.78) phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 4-phosphatase activity phosphatase [EC:3.1.3.78] [GO:0034597]; phosphatidylinositol dephosphorylation [GO:0046856] LACTB; serine beta-lactamase- Serine beta-lactamase-like protein LACTB, A0A1L1SVF9 Lactb 356 integral component of membrane [GO:0016021] like protein LACTB, 3/3 58966667 46147625 mitochondrial mitochondrial 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase AGPAT5; lysophosphatidiate F8WGD9 Agpat5 291 transferase activity, transferring acyl groups [GO:0016746] 3/3 55633333 18423988 epsilon acyltransferase [EC:2.3.1.51] integral component of membrane [GO:0016021]; mitochondrial inner SURF1; surfeit locus 1 family A0A0A6YVR9 SURF1-like protein (Fragment) Surf1 240 3/3 51423333 43053927 membrane [GO:0005743] protein intracellular membrane-bounded organelle [GO:0043231]; signal ARHGAP30; Rho GTPase- E9QMX7 Rho GTPase-activating protein 30 Arhgap30 1093 3/3 47366667 26080133 transduction [GO:0007165] activating protein 30 integral component of membrane [GO:0016021]; mitochondrial inner NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit membrane [GO:0005743]; respirasome [GO:0070469]; NADH NDUFC2; NADH dehydrogenase A0A0U1RPJ5 Ndufc2 108 3/3 46690000 41678319 C2 dehydrogenase (ubiquinone) activity [GO:0008137]; mitochondrial (ubiquinone) 1 subunit C2 electron transport, NADH to ubiquinone [GO:0006120] Aldo-keto reductase family 1, member B3 AKR1B; aldehyde reductase D3YVJ7 Akr1b3 176 oxidoreductase activity [GO:0016491] 3/3 45770000 32888626 (aldose reductase) (Fragment) [EC:1.1.1.21] Immature colon carcinoma transcript 1, isoform Mrpl58 Ict1 ICT1; peptidyl-tRNA hydrolase A2A6T4 CRA_c (Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, 186 translation release factor activity [GO:0003747] 3/3 45200000 12150309 mCG_6606 ICT1 [EC:3.1.1.29] mitochondrial) Secretory carrier-associated membrane protein integral component of membrane [GO:0016021]; protein transport SCAMP; secretory carrier- E9Q855 Scamp3 315 3/3 43733333 39555573 (Secretory carrier membrane protein) [GO:0015031] associated membrane protein integral component of membrane [GO:0016021]; intracellular membrane- Secretory carrier-associated membrane protein SCAMP; secretory carrier- Q3UXS0 Scamp3 350 bounded organelle [GO:0043231]; ubiquitin protein ligase binding 3/3 43733333 39555573 (Secretory carrier membrane protein) associated membrane protein [GO:0031625]; protein transport [GO:0015031] GPD1; glycerol-3-phosphate Glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-like glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD+] activity [GO:0004367]; D3Z0L6 Gpd1l 117 dehydrogenase (NAD+) 3/3 40700000 10844814 protein carbohydrate metabolic process [GO:0005975] [EC:1.1.1.8] ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; RP-S19e; small subunit D3YUG3 40S ribosomal protein S19 (Fragment) Rps19 137 3/3 39633333 27350015 translation [GO:0006412] ribosomal protein S19e ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; RP-S19e; small subunit D3YUT3 40S ribosomal protein S19 (Fragment) Rps19 133 3/3 39633333 27350015 translation [GO:0006412] ribosomal protein S19e ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; RP-S19e; small subunit D3Z5R8 40S ribosomal protein S19 (Fragment) Rps19 176 3/3 39633333 27350015 translation [GO:0006412] ribosomal protein S19e cytosol [GO:0005829]; dendritic spine [GO:0043197]; early endosome [GO:0005769]; extrinsic component of plasma membrane [GO:0019897]; glutamatergic synapse [GO:0098978]; midbody [GO:0030496]; postsynaptic density [GO:0014069]; thiol-dependent ubiquitin-specific USP8; ubiquitin carboxyl- A2AI52 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 Usp8 1091 protease activity [GO:0004843]; cellular response to dexamethasone terminal hydrolase 8 3/3 37540000 40267590 stimulus [GO:0071549]; cellular response to nerve growth factor stimulus [EC:3.4.19.12] [GO:1990090]; endosome organization [GO:0007032]; mitotic cytokinesis [GO:0000281]; positive regulation of canonical Wnt signaling pathway [GO:0090263]; protein K48-linked deubiquitination [GO:0071108]; protein K63-linked deubiquitination [GO:0070536]; regulation of protein catabolic 87 process at postsynapse, modulating synaptic transmission [GO:0099576]; regulation of protein localization [GO:0032880]; regulation of protein stability [GO:0031647]; ubiquitin-dependent protein catabolic process [GO:0006511] Q5SUD5 Protein SCO1 homolog, mitochondrial Sco1 289 cell [GO:0005623]; cell redox homeostasis [GO:0045454] SCO1_2; protein SCO1/2 3/3 36966667 19860598 clathrin-coated vesicle [GO:0030136]; 1-phosphatidylinositol binding Clathrin coat assembly protein AP180 SNAP91; clathrin coat assembly A0A087WSI9 Snap91 219 [GO:0005545]; clathrin binding [GO:0030276]; clathrin coat assembly 3/3 36700000 15569522 (Fragment) protein AP180 [GO:0048268] clathrin-coated vesicle [GO:0030136]; 1-phosphatidylinositol binding [GO:0005545]; clathrin binding [GO:0030276]; clathrin coat assembly SNAP91; clathrin coat assembly E9Q9A3 Clathrin coat assembly protein AP180 Snap91 838 3/3 36700000 15569522 [GO:0048268]; regulation of clathrin-dependent endocytosis protein AP180 [GO:2000369] clathrin-coated vesicle [GO:0030136]; 1-phosphatidylinositol binding SNAP91; clathrin coat assembly E9QLK9 Clathrin coat assembly protein AP180 Snap91 901 [GO:0005545]; clathrin binding [GO:0030276]; clathrin coat assembly 3/3 36700000 15569522 protein AP180 [GO:0048268] clathrin-coated vesicle [GO:0030136]; 1-phosphatidylinositol binding SNAP91; clathrin coat assembly E9QQ05 Clathrin coat assembly protein AP180 Snap91 868 [GO:0005545]; clathrin binding [GO:0030276]; clathrin coat assembly 3/3 36700000 15569522 protein AP180 [GO:0048268] clathrin-coated vesicle [GO:0030136]; 1-phosphatidylinositol binding SNAP91; clathrin coat assembly Q3TWS4 Clathrin coat assembly protein AP180 Snap91 582 [GO:0005545]; clathrin binding [GO:0030276]; clathrin coat assembly 3/3 36700000 15569522 protein AP180 [GO:0048268] NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta NDUFB5; NADH dehydrogenase D3YX99 subcomplex subunit 5, mitochondrial Ndufb5 172 integral component of membrane [GO:0016021] (ubiquinone) 1 beta subcomplex 3/3 34360000 33819267 (Fragment) subunit 5 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta NDUFB5; NADH dehydrogenase F6Y6V5 subcomplex subunit 5, mitochondrial Ndufb5 135 integral component of membrane [GO:0016021] (ubiquinone) 1 beta subcomplex 3/3 34360000 33819267 (Fragment) subunit 5 cell [GO:0005623]; electron transfer activity [GO:0009055]; protein A0A1B0GS58 Glutaredoxin-3 Glrx3 374 disulfide oxidoreductase activity [GO:0015035]; cell redox homeostasis N.D. 3/3 33320000 49186840 [GO:0045454] EGF-like repeat and discoidin I-like domain- Edil3 Q8C4U8 containing protein 3 (EGF-like repeats and 470 calcium ion binding [GO:0005509]; integrin binding [GO:0005178] N.D. 3/3 32743333 37643348 mCG_142525 discoidin I-like domains 3, isoform CRA_a) cell [GO:0005623]; ATP binding [GO:0005524]; glucose binding E9Q3Z4 Hexokinase-3 Hk3 867 [GO:0005536]; hexokinase activity [GO:0004396]; cellular glucose HK; hexokinase [EC:2.7.1.1] 3/3 31420000 19042615 homeostasis [GO:0001678]; glycolytic process [GO:0006096] Uveal autoantigen with coiled-coil domains and apoptotic signaling pathway [GO:0097190]; regulation of NIK/NF-kappaB A0A1L1SVG0 Uaca 1411 N.D. 3/3 30466667 19887266 ankyrin repeats signaling [GO:1901222] ATP-dependent 6-phosphofructokinase (ATP- cytoplasm [GO:0005737]; 6-phosphofructokinase activity [GO:0003872]; pfkA; 6-phosphofructokinase 1 Q8C605 PFK) (Phosphofructokinase) (EC 2.7.1.11) Pfkp 784 ATP binding [GO:0005524]; metal ion binding [GO:0046872]; fructose 6- 3/3 30466667 31032617 [EC:2.7.1.11] (Phosphohexokinase) phosphate metabolic process [GO:0006002] D6RFN2 Eukaryotic translation initiation factor 2A Eif2a 59 N.D. N.D. 3/3 30066667 5204165 D6RGA6 Eukaryotic translation initiation factor 2A Eif2a 60 N.D. N.D. 3/3 30066667 5204165 E0CXA9 MOB-like protein phocein Mob4 204 N.D. N.D. 3/3 27323333 17806056 Ninj1 integral component of membrane [GO:0016021]; cell adhesion D3YW25 Ninjurin 1, isoform CRA_a (Ninjurin-1) 210 N.D. 3/3 27200000 6802206 mCG_15642 [GO:0007155]; tissue regeneration [GO:0042246] integral component of membrane [GO:0016021]; cell adhesion D6RFN5 Ninjurin-1 Ninj1 110 N.D. 3/3 27200000 6802206 [GO:0007155]; tissue regeneration [GO:0042246] ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; RP-L2; large subunit ribosomal B1B1D8 39S ribosomal protein L2, mitochondrial Mrpl2 304 3/3 27100000 14062717 translation [GO:0006412] protein L2 88 integral component of membrane [GO:0016021]; heparin binding [GO:0008201]; serine-type endopeptidase inhibitor activity [GO:0004867]; A0A2I3BPT1 Amyloid-beta A4 protein App 733 APP; amyloid beta A4 protein 3/3 25810000 17285002 transition metal ion binding [GO:0046914]; nervous system development [GO:0007399] integral component of membrane [GO:0016021]; heparin binding [GO:0008201]; serine-type endopeptidase inhibitor activity [GO:0004867]; A0A2I3BQZ9 Amyloid-beta A4 protein App 751 APP; amyloid beta A4 protein 3/3 25810000 17285002 transition metal ion binding [GO:0046914]; nervous system development [GO:0007399] integral component of membrane [GO:0016021]; heparin binding [GO:0008201]; serine-type endopeptidase inhibitor activity [GO:0004867]; Q3TWF3 Amyloid-beta A4 protein App 752 APP; amyloid beta A4 protein 3/3 25810000 17285002 transition metal ion binding [GO:0046914]; nervous system development [GO:0007399] Uveal autoantigen with coiled-coil domains and apoptotic signaling pathway [GO:0097190]; regulation of NIK/NF-kappaB A0A1L1STY4 Uaca 1236 N.D. 3/3 25460000 16573075 ankyrin repeats (Fragment) signaling [GO:1901222] A0A2I3BPS6 Inactive ubiquitin thioesterase OTULINL Otulinl 317 N.D. N.D. 3/3 21526667 21809175 Exocyst complex component 7 (Exocyst exocyst [GO:0000145]; exocytosis [GO:0006887]; protein transport EXOC7; exocyst complex A2AAN0 Exoc7 684 3/3 21243333 19784606 complex component Exo70) [GO:0015031] component 7 Transmembrane emp24 domain-containing TMED4_9_11; p24 family protein Q5SVW9 Tmed4 170 integral component of membrane [GO:0016021] 3/3 20966667 6395571 protein 4 (Fragment) alpha Exoc4 exocyst [GO:0000145]; vesicle docking involved in exocytosis EXOC4; exocyst complex Q8C391 Exocyst complex component 4 506 3/3 18273333 15961959 Sec8l1 [GO:0006904]; vesicle tethering involved in exocytosis [GO:0090522] component 4 Exoc4 exocyst [GO:0000145]; vesicle docking involved in exocytosis EXOC4; exocyst complex Q9CXE1 Exocyst complex component 4 522 3/3 18273333 15961959 Sec8l1 [GO:0006904]; vesicle tethering involved in exocytosis [GO:0090522] component 4 SRGAP; SLIT-ROBO Rho A0A087WNM1 SLIT-ROBO Rho GTPase-activating protein 2 Srgap2 858 GTPase activator activity [GO:0005096]; signal transduction [GO:0007165] 3/3 17590000 10931070 GTPase activating protein RAB22A, member RAS oncogene family, Rab22a RAB22; Ras-related protein A2ARZ7 187 GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924] 3/3 17433333 9727453 isoform CRA_c (Ras-related protein Rab-22A) mCG_13765 Rab-22 Flot2 Q5SS83 Flotillin 2, isoform CRA_a (Flotillin-2) 428 N.D. FLOT; flotillin 3/3 17066667 1011599 mCG_10827 G3UYU4 Flotillin-1 Flot1 380 N.D. FLOT; flotillin 3/3 16966667 3233162 GART; phosphoribosylamine-- glycine ligase / ATP binding [GO:0005524]; metal ion binding [GO:0046872]; phosphoribosylglycinamide Trifunctional purine biosynthetic protein A0A338P6X4 Gart 199 phosphoribosylamine-glycine ligase activity [GO:0004637]; purine formyltransferase / 3/3 13976667 10195079 adenosine-3 (Fragment) nucleobase biosynthetic process [GO:0009113] phosphoribosylformylglycinami dine cyclo-ligase [EC:6.3.4.13 2.1.2.2 6.3.3.1] U1 snRNP [GO:0005685]; mRNA binding [GO:0003729]; mRNA splice site LUC7L2; RNA-binding protein E9Q715 Putative RNA-binding protein Luc7-like 2 Luc7l2 272 3/3 12256667 6028634 selection [GO:0006376] Luc7-like 2 Luc7l2 protein (Putative RNA-binding protein U1 snRNP [GO:0005685]; mRNA binding [GO:0003729]; mRNA splice site LUC7L2; RNA-binding protein Q05CX5 Luc7l2 339 3/3 12256667 6028634 Luc7-like 2) selection [GO:0006376] Luc7-like 2 EIF4A3; ATP-dependent RNA A2AFK7 Eukaryotic initiation factor 4A-III (Fragment) Eif4a3 299 ATP binding [GO:0005524]; nucleic acid binding [GO:0003676] 3/3 11986667 3131538 helicase [EC:3.6.4.13] cytoplasm [GO:0005737]; ATP binding [GO:0005524]; non-membrane SYK; spleen tyrosine kinase E9PWE9 Tyrosine-protein kinase (EC 2.7.10.2) Syk 583 spanning protein tyrosine kinase activity [GO:0004715]; intracellular 3/3 11840000 10399750 [EC:2.7.10.2] signal transduction [GO:0035556] Epidermal growth factor receptor substrate 15- EPS15; epidermal growth factor A0A1D5RLS1 Eps15l1 599 calcium ion binding [GO:0005509] 3/3 11243333 3814136 like 1 receptor substrate 15 metal ion binding [GO:0046872]; RNA binding [GO:0003723]; mRNA E9PUF4 RNA-binding protein 26 Rbm26 983 RBM26; RNA-binding protein 26 3/3 11206667 6936284 processing [GO:0006397] 89 metal ion binding [GO:0046872]; RNA binding [GO:0003723]; mRNA E9Q640 RNA-binding protein 26 Rbm26 1001 RBM26; RNA-binding protein 26 3/3 11206667 6936284 processing [GO:0006397] cytosol [GO:0005829]; phosphatidylinositol binding [GO:0035091]; Q3U0I9 Sorting nexin-8 Snx8 411 SNX8; sorting nexin-8 3/3 10053333 10234243 retrograde transport, endosome to Golgi [GO:0042147] CAPNS1; calpain, small subunit A0A0R4J1C2 Calpain small subunit 1 Capns1 200 calcium ion binding [GO:0005509] 3/3 9320000 5892470 1 E3.6.1.43; Dolichyl pyrophosphate phosphatase 1, isoform Dolpp1 integral component of membrane [GO:0016021]; hydrolase activity A2AWJ3 195 dolichyldiphosphatase 3/3 9176667 4716294 CRA_b (Dolichyldiphosphatase 1) mCG_18292 [GO:0016787] [EC:3.6.1.43] chromatin [GO:0000785]; nucleoplasm [GO:0005654]; plasma membrane Sister chromatid cohesion protein PDS5 PDS5; sister chromatid E9QPI5 Pds5a 1332 [GO:0005886]; mitotic sister chromatid cohesion [GO:0007064]; negative 3/3 8543333 7803181 homolog A cohesion protein PDS5 regulation of DNA replication [GO:0008156] A0A1B0GR35 Alpha-soluble NSF attachment protein Napa 68 N.D. N.D. 3/3 8013333 3228627 CAMK2; calcium/calmodulin- Calcium/calmodulin-dependent protein kinase ATP binding [GO:0005524]; calmodulin-dependent protein kinase activity D6RDQ8 Camk2d 147 dependent protein kinase (CaM 3/3 7916667 3116638 type II subunit delta [GO:0004683] kinase) II [EC:2.7.11.17] integral component of membrane [GO:0016021]; fatty-acyl-CoA binding A0A2I3BQ50 Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5 Acbd5 520 [GO:0000062]; lipid binding [GO:0008289]; autophagy of peroxisome N.D. 3/3 7870000 5219952 [GO:0030242] metal ion binding [GO:0046872]; RNA binding [GO:0003723]; mRNA E9PYZ7 RNA-binding protein 26 Rbm26 1009 RBM26; RNA-binding protein 26 3/3 7576667 1665333 processing [GO:0006397] A0A087WPE4 Elongin-C (Fragment) Eloc Tceb1 51 ubiquitin-dependent protein catabolic process [GO:0006511] ELOC; elongin-C 3/3 7210000 4049901 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit PSMD11; 26S proteasome G3UYI4 Psmd11 113 proteasome assembly [GO:0043248] 3/3 6856667 4026988 11 regulatory subunit N6 E0CY88 Cytochrome b5 Cyb5a 110 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 3/3 6298333 6079417 E9Q009 CD180 antigen Cd180 105 N.D. N.D. 3/3 5080000 2714535 F2Z425 CD180 antigen Cd180 86 N.D. N.D. 3/3 5080000 2714535 identical protein binding [GO:0042802]; magnesium ion binding MCG6846, isoform CRA_c (Phosphoribosyl Prpsap1 [GO:0000287]; ribose phosphate diphosphokinase activity [GO:0004749]; B1AT82 385 N.D. 3/3 4590333 5998985 pyrophosphate synthase-associated protein 1) mCG_6846 nucleoside metabolic process [GO:0009116]; nucleotide biosynthetic process [GO:0009165] Cytochrome c oxidase subunit 6A, mitochondrial (Cytochrome Cox6a1 integral component of membrane [GO:0016021]; mitochondrial respiratory chain complex IV COX6A; cytochrome c oxidase subunit Q9DCW5 112 2/3 354500000 125157900 c oxidase polypeptide VIa) mCG_19235 [GO:0005751]; cytochrome-c oxidase activity [GO:0004129] 6a endoplasmic reticulum [GO:0005783]; integral component of membrane [GO:0016021]; intracellular membrane-bounded organelle [GO:0043231]; enzyme binding [GO:0019899]; Ugt1a5 glucuronosyltransferase activity [GO:0015020]; protein heterodimerization activity UGT; glucuronosyltransferase B2RT14 UDP-glucuronosyltransferase (EC 2.4.1.17) 529 2/3 335000000 284256926 mCG_14318 [GO:0046982]; protein homodimerization activity [GO:0042803]; UDP-glycosyltransferase [EC:2.4.1.17] activity [GO:0008194]; cellular glucuronidation [GO:0052695]; flavonoid glucuronidation [GO:0052696]; xenobiotic glucuronidation [GO:0052697] integral component of membrane [GO:0016021]; intracellular membrane-bounded organelle [GO:0043231]; glucuronosyltransferase activity [GO:0015020]; UDP-glycosyltransferase activity UGT; glucuronosyltransferase D3Z748 UDP-glucuronosyltransferase (EC 2.4.1.17) Ugt1a8 530 2/3 329500000 276478751 [GO:0008194]; flavonoid glucuronidation [GO:0052696]; xenobiotic glucuronidation [EC:2.4.1.17] [GO:0052697] endoplasmic reticulum [GO:0005783]; integral component of membrane [GO:0016021]; intracellular membrane-bounded organelle [GO:0043231]; membrane [GO:0016020]; drug binding [GO:0008144]; enzyme binding [GO:0019899]; enzyme inhibitor activity [GO:0004857]; fatty acid binding [GO:0005504]; glucuronosyltransferase activity [GO:0015020]; protein UGT; glucuronosyltransferase E9PXN7 UDP-glucuronosyltransferase (EC 2.4.1.17) Ugt1a10 530 2/3 328500000 275064538 heterodimerization activity [GO:0046982]; protein homodimerization activity [GO:0042803]; [EC:2.4.1.17] protein kinase C binding [GO:0005080]; steroid binding [GO:0005496]; UDP- glycosyltransferase activity [GO:0008194]; flavonoid glucuronidation [GO:0052696]; xenobiotic glucuronidation [GO:0052697] Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1B- Ifit1bl2 cytoplasm [GO:0005737]; cytosol [GO:0005829]; RNA binding [GO:0003723]; defense IFIT1; interferon-induced protein with Q3U687 466 2/3 301000000 213546248 like 2 2010002M12Rik response to virus [GO:0051607] tetratricopeptide repeats 1 90 spectrin [GO:0008091]; actin binding [GO:0003779]; structural constituent of cytoskeleton E9Q397 Spectrin beta chain Sptb Spnb1 2137 SPTB; spectrin beta 2/3 298500000 205768073 [GO:0005200]; actin filament capping [GO:0051693] cytosol [GO:0005829]; Golgi apparatus [GO:0005794]; protein-containing complex [GO:0032991]; spectrin [GO:0008091]; spectrin-associated cytoskeleton [GO:0014731]; actin Sptb Spnb1 Q3UGX2 Spectrin beta chain 2329 filament binding [GO:0051015]; ankyrin binding [GO:0030506]; phospholipid binding SPTB; spectrin beta 2/3 298500000 205768073 mCG_123942 [GO:0005543]; structural constituent of cytoskeleton [GO:0005200]; actin filament capping [GO:0051693] LILR; leukocyte immunoglobulin-like E9Q1Z6 Predicted gene 14548 Gm14548 680 N.D. 2/3 285700000 383676139 receptor chromatin [GO:0000785]; nucleus [GO:0005634]; DNA binding [GO:0003677]; regulation of HMGA1; high mobility group AT-hook A0A338P6E8 High mobility group protein HMG-I/HMG-Y Hmga1 111 2/3 285450000 398171828 transcription, DNA-templated [GO:0006355] protein 1 chromatin [GO:0000785]; nucleus [GO:0005634]; DNA binding [GO:0003677]; regulation of HMGA1; high mobility group AT-hook A0A384DV79 High mobility group protein HMG-I/HMG-Y Hmga1 95 2/3 285450000 398171828 transcription, DNA-templated [GO:0006355] protein 1 chromatin [GO:0000785]; nucleus [GO:0005634]; DNA binding [GO:0003677]; regulation of HMGA1; high mobility group AT-hook Q3TE85 High mobility group protein HMG-I/HMG-Y Hmga1 106 2/3 285450000 398171828 transcription, DNA-templated [GO:0006355] protein 1 costamere [GO:0043034]; cytoplasm [GO:0005737]; cytoplasmic vesicle membrane E9PYB0 AHNAK nucleoprotein 2 (Fragment) Ahnak2 1738 [GO:0030659]; cytosol [GO:0005829]; plasma membrane [GO:0005886]; T-tubule N.D. 2/3 242500000 152027958 [GO:0030315]; Z disc [GO:0030018]; regulation of RNA splicing [GO:0043484] Cajal body [GO:0015030]; cytosol [GO:0005829]; nuclear speck [GO:0016607]; U2-type catalytic step 2 spliceosome [GO:0071007]; U4/U6 x U5 tri-snRNP complex [GO:0046540]; 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component Eftud2 EFTUD2; 116 kDa U5 small nuclear A2AH85 972 GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924]; translation elongation factor 2/3 242000000 18384776 (Elongation factor Tu GTP binding domain containing 2) mCG_49887 ribonucleoprotein component activity [GO:0003746]; cellular response to drug [GO:0035690]; response to cocaine [GO:0042220] FKBP3; FK506-binding protein 3 A0A1Y7VP01 Peptidylprolyl isomerase (EC 5.2.1.8) (Fragment) Fkbp3 149 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity [GO:0003755] 2/3 232000000 53740115 [EC:5.2.1.8] EML4; echinoderm microtubule- A0A0R4J0H0 Echinoderm microtubule-associated protein-like 4 Eml4 876 N.D. 2/3 212000000 69296465 associated protein-like 4 EML4; echinoderm microtubule- F8WJ93 Echinoderm microtubule-associated protein-like 4 Eml4 988 N.D. 2/3 212000000 69296465 associated protein-like 4 endoplasmic reticulum [GO:0005783]; iron ion binding [GO:0005506]; L-ascorbic acid binding [GO:0031418]; procollagen-proline 3-dioxygenase activity [GO:0019797]; bone development P3H1; procollagen-proline 3-dioxygenase A2A7Q5 Prolyl 3-hydroxylase 1 P3h1 748 [GO:0060348]; collagen metabolic process [GO:0032963]; negative regulation of post- 2/3 209500000 113844192 1 [EC:1.14.11.7] translational protein modification [GO:1901874]; protein folding [GO:0006457]; protein stabilization [GO:0050821]; regulation of protein secretion [GO:0050708] iron ion binding [GO:0005506]; L-ascorbic acid binding [GO:0031418]; procollagen-proline 3- P3H1; procollagen-proline 3-dioxygenase A6PW84 Prolyl 3-hydroxylase 1 P3h1 746 2/3 209500000 113844192 dioxygenase activity [GO:0019797]; collagen metabolic process [GO:0032963] 1 [EC:1.14.11.7] CLIP1; CAP-Gly domain-containing linker D3Z2Z1 CAP-Gly domain-containing linker protein 1 Clip1 1426 N.D. 2/3 194400000 164897301 protein 1 CLIP1; CAP-Gly domain-containing linker F8WIA1 CAP-Gly domain-containing linker protein 1 Clip1 1437 N.D. 2/3 194400000 164897301 protein 1 Epb41l2 cytoskeleton [GO:0005856]; actin binding [GO:0003779]; structural molecule activity EPB41; erythrocyte membrane protein Q80UE4 Band 4.1-like protein 2 (Epb4.1l2 protein) (Protein 4.1G) EBP4.1L2 794 2/3 188550000 132158257 [GO:0005198] band 4.1 Epb4.1l2 condensed chromosome, centromeric region [GO:0000779]; cytosol [GO:0005829]; kinetochore [GO:0000776]; kinetochore microtubule [GO:0005828]; midbody [GO:0030496]; mitotic spindle midzone [GO:1990023]; nucleoplasm [GO:0005654]; ATP binding [GO:0005524]; kinetochore binding [GO:0043515]; microtubule binding [GO:0008017]; microtubule motor activity [GO:0003777]; kinetochore assembly [GO:0051382]; lateral E9QKK1 Centromere-associated protein E Cenpe 2471 CENPE; centromeric protein E 2/3 182500000 113844192 attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore [GO:0099607]; microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration [GO:0099606]; mitotic chromosome movement towards spindle pole [GO:0007079]; mitotic spindle organization [GO:0007052]; positive regulation of protein kinase activity [GO:0045860]; regulation of mitotic metaphase/anaphase transition [GO:0030071] heterotrimeric G-protein complex [GO:0005834]; GTPase activity [GO:0003924]; G protein- GNG5; guanine nucleotide-binding D3Z7Q3 Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma Gng5 67 2/3 166750000 96520076 coupled receptor signaling pathway [GO:0007186] protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-5 Ndufv3 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, NDUFV3; NADH dehydrogenase Q3U422 1500032D16Rik 468 mitochondrial respiratory chain complex I [GO:0005747] 2/3 158000000 8485281 mitochondrial (RIKEN cDNA 1500032D16, isoform CRA_a) (ubiquinone) flavoprotein 3 mCG_14261 A0A087WRT2 Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 (Fragment) Arpc2 26 N.D. N.D. 2/3 151000000 21213203 D3Z0L4 MICOS complex subunit (Fragment) Chchd3 192 MICOS complex [GO:0061617] CHCHD3; coiled-coil-helix-coiled-coil- 2/3 121500000 58689863 91 helix domain-containing protein 3, mitochondrial CHCHD3; coiled-coil-helix-coiled-coil- Q9D9P1 MICOS complex subunit Chchd3 175 MICOS complex [GO:0061617]; mitochondrion [GO:0005739] helix domain-containing protein 3, 2/3 121500000 58689863 mitochondrial CHCHD3; coiled-coil-helix-coiled-coil- S4R238 MICOS complex subunit Chchd3 84 MICOS complex [GO:0061617] helix domain-containing protein 3, 2/3 121500000 58689863 mitochondrial actin binding [GO:0003779]; cell morphogenesis [GO:0000902]; cytoskeleton organization CAP1_2; adenylyl cyclase-associated A0A286YCS6 Adenylyl cyclase-associated protein Cap2 421 2/3 105900000 36910974 [GO:0007010] protein actin binding [GO:0003779]; cell morphogenesis [GO:0000902]; cytoskeleton organization CAP1_2; adenylyl cyclase-associated D3YTR7 Adenylyl cyclase-associated protein Cap2 364 2/3 105900000 36910974 [GO:0007010] protein endoplasmic reticulum [GO:0005783]; ubiquitin protein ligase binding [GO:0031625]; ubiquitin- A0A1B0GT70 Erlin-2 (Fragment) Erlin2 251 N.D. 2/3 101750000 117733279 dependent ERAD pathway [GO:0030433] proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) [GO:0045261]; proton- ATPeF1G; F-type H+-transporting A2AKU9 ATP synthase subunit gamma Atp5c1 297 transporting ATP synthase activity, rotational mechanism [GO:0046933]; ATP synthesis 2/3 101750000 38537320 ATPase subunit gamma coupled proton transport [GO:0015986] CLIP1; CAP-Gly domain-containing linker D3Z3M7 CAP-Gly domain-containing linker protein 1 Clip1 1320 N.D. 2/3 101400000 33375440 protein 1 CLIP1; CAP-Gly domain-containing linker F6RCU2 CAP-Gly domain-containing linker protein 1 (Fragment) Clip1 1066 N.D. 2/3 101400000 33375440 protein 1 A0A2I3BPY7 Ankycorbin Rai14 950 N.D. N.D. 2/3 99715000 134753339 J3QPB5 Nucleoporin NDC1 Ndc1 Tmem48 541 integral component of membrane [GO:0016021] NDC1; nucleoporin NDC1 2/3 99350000 10818734 RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin binding [GO:0003682]; DNA binding D3YYF2 Protein polybromo-1 (Fragment) Pbrm1 1460 PBRM1; protein polybromo-1 2/3 91300000 50487424 [GO:0003677]; chromatin remodeling [GO:0006338] nucleoplasm [GO:0005654]; RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin binding F8VQD1 Protein polybromo-1 Pbrm1 1704 [GO:0003682]; DNA binding [GO:0003677]; chromatin remodeling [GO:0006338]; negative PBRM1; protein polybromo-1 2/3 91300000 50487424 regulation of cell population proliferation [GO:0008285] D6RFU9 Synaptophysin-like protein Sypl 79 membrane [GO:0016020]; synaptic vesicle [GO:0008021] N.D. 2/3 90400000 14990664 mitochondrial small ribosomal subunit [GO:0005763]; structural constituent of ribosome RP-S10; small subunit ribosomal protein E9QJS0 28S ribosomal protein S10, mitochondrial Mrps10 160 2/3 87900000 13576450 [GO:0003735]; translation [GO:0006412] S10 28S ribosomal protein S10, mitochondrial (Mitochondrial Mrps10 mitochondrial small ribosomal subunit [GO:0005763]; structural constituent of ribosome RP-S10; small subunit ribosomal protein G5E8U5 201 2/3 87900000 13576450 ribosomal protein S10, isoform CRA_c) mCG_15571 [GO:0003735]; translation [GO:0006412] S10 28S ribosomal protein S10, mitochondrial (Mitochondrial Mrps10 mitochondrial small ribosomal subunit [GO:0005763]; structural constituent of ribosome RP-S10; small subunit ribosomal protein G5E8U8 200 2/3 87900000 13576450 ribosomal protein S10, isoform CRA_b) mCG_15571 [GO:0003735]; translation [GO:0006412] S10 TAP complex [GO:0042825]; ATP binding [GO:0005524]; MHC protein binding [GO:0042287]; peptide antigen-transporting ATPase activity [GO:0015433]; TAP2 binding [GO:0046979]; ABCB2; ATP-binding cassette, subfamily Q3TBA3 Antigen peptide transporter 1 Tap1 696 2/3 85000000 98994949 antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP- B (MDR/TAP), member 2 dependent [GO:0002479] RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin binding [GO:0003682]; DNA binding E9Q7L3 Protein polybromo-1 Pbrm1 1582 PBRM1; protein polybromo-1 2/3 84100000 60669762 [GO:0003677]; chromatin remodeling [GO:0006338] D3Z3R4 Protein polybromo-1 (Fragment) Pbrm1 931 RSC-type complex [GO:0016586]; chromatin remodeling [GO:0006338] PBRM1; protein polybromo-1 2/3 83100000 59255548 Leucine-rich repeat and calponin homology domain-containing A0A2I3BQ16 Lrch1 682 N.D. N.D. 2/3 82120000 110138952 protein 1 Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog mitochondrial outer membrane [GO:0005741]; protein transmembrane transporter activity TOM40; mitochondrial import receptor G3UY77 Tomm40 73 2/3 81800000 55437172 (Fragment) [GO:0008320]; protein import into mitochondrial matrix [GO:0030150] subunit TOM40 myosin complex [GO:0016459]; actin filament binding [GO:0051015]; ATP binding Q3UH59 Myosin-10 Myh10 2013 MYH; myosin heavy chain 2/3 80000000 72124892 [GO:0005524]; motor activity [GO:0003774] myosin complex [GO:0016459]; actin filament binding [GO:0051015]; ATP binding Q5SV64 Myosin-10 Myh10 2007 MYH; myosin heavy chain 2/3 80000000 72124892 [GO:0005524]; motor activity [GO:0003774] cca; tRNA nucleotidyltransferase (CCA- nucleotidyltransferase activity [GO:0016779]; RNA binding [GO:0003723]; RNA processing A0A0N4SUW4 CCA tRNA nucleotidyltransferase 1, mitochondrial (Fragment) Trnt1 134 adding enzyme) [EC:2.7.7.72 3.1.3.- 2/3 79200000 69013622 [GO:0006396] 3.1.4.-] A0A3B2W7V8 Tight junction protein ZO-2 Tjp2 1258 bicellular tight junction [GO:0005923] TJP2; tight junction protein 2 2/3 77375000 105535687 92 Tight junction protein 2, isoform CRA_c (Tight junction protein Tjp2 A0A3B2WCN9 1190 bicellular tight junction [GO:0005923] TJP2; tight junction protein 2 2/3 77375000 105535687 ZO-2) mCG_14589 RALY; heterogeneous nuclear A2AU62 RNA-binding protein Raly (Fragment) Raly 298 RNA binding [GO:0003723] 2/3 76950000 29344931 ribonucleoprotein C-like 2 PSTPIP1; proline-serine-threonine A0A0R4J0P5 Proline-serine-threonine phosphatase-interacting protein 1 Pstpip1 415 identical protein binding [GO:0042802] 2/3 75900000 19798990 phosphatase interacting protein 1 cytoplasm [GO:0005737]; GTPase activator activity [GO:0005096]; signal transduction ARHGAP17; Rho GTPase-activating E9QAJ9 Rho GTPase-activating protein 17 Arhgap17 818 2/3 73200000 61942554 [GO:0007165] protein 17 Tamm41 phosphatidate cytidylyltransferase activity [GO:0004605]; cardiolipin biosynthetic process TAM41; mitochondrial translocator G3UWL8 Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial (Fragment) 221 2/3 72750000 19445436 1500001M20Rik [GO:0032049] assembly and maintenance protein 41 DIP2 disco-interacting protein 2 homolog B (Drosophila) B2RQC7 Dip2b 1340 catalytic activity [GO:0003824] N.D. 2/3 72550000 51548084 (Disco-interacting protein 2 homolog B) proton-transporting V-type ATPase, V1 domain [GO:0033180]; proton-transporting ATP ATPase, H+ transporting, lysosomal accessory protein (V-type Atp6ap1 RP23- ATPeVS1; V-type H+-transporting B7FAU7 272 synthase activity, rotational mechanism [GO:0046933]; proton-transporting ATPase activity, 2/3 67350000 1202082 proton ATPase subunit S1) (Fragment) 436K3.7-009 ATPase S1 subunit rotational mechanism [GO:0046961]; ATP hydrolysis coupled proton transport [GO:0015991] A2A6E1 CDK5 regulatory subunit-associated protein 3 (Fragment) Cdk5rap3 124 N.D. N.D. 2/3 64400000 16263456 RNA binding [GO:0003723]; regulation of cell cycle [GO:0051726]; regulation of RNA splicing H9KV15 Protein SON Son 2343 N.D. 2/3 63190000 77513045 [GO:0043484] integral component of membrane [GO:0016021]; peroxisome [GO:0005777]; ATP binding [GO:0005524]; ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances ABCD3; ATP-binding cassette, subfamily A0A0G2JDI9 ATP-binding cassette sub-family D member 3 Abcd3 549 2/3 56600000 11030866 [GO:0042626]; protein homodimerization activity [GO:0042803]; long-chain fatty acid import D (ALD), member 3 into peroxisome [GO:0015910] NNT; H+-translocating NAD(P) Q8BGK0 NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial Nnt 835 integral component of membrane [GO:0016021]; oxidoreductase activity [GO:0016491] 2/3 55745000 66828662 transhydrogenase [EC:1.6.1.2 7.1.1.1] NNT; H+-translocating NAD(P) Q8C9V5 NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial Nnt 721 integral component of membrane [GO:0016021]; oxidoreductase activity [GO:0016491] 2/3 55745000 66828662 transhydrogenase [EC:1.6.1.2 7.1.1.1] endoplasmic reticulum [GO:0005783]; ubiquitin protein ligase binding [GO:0031625]; ubiquitin- A0A1B0GSD8 Erlin-2 (Fragment) Erlin2 220 N.D. 2/3 53500000 22344574 dependent ERAD pathway [GO:0030433] GTPase HRas (Harvey rat sarcoma virus oncogene 1, isoform Hras Hras1 membrane [GO:0016020]; GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924]; signal C0H5X4 119 N.D. 2/3 53200000 46810469 CRA_a) (Hras1 protein) mCG_22575 transduction [GO:0007165] E9QNY8 Sacsin Sacs 4582 N.D. SACS; sacsin 2/3 50950000 42355696 M0QWP2 ER membrane protein complex subunit 8 (Fragment) Emc8 143 N.D. N.D. 2/3 48750000 7000357 ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; translation RP-L28e; large subunit ribosomal protein F6Z0X0 60S ribosomal protein L28 (Fragment) Rpl28 85 2/3 48200000 13859293 [GO:0006412] L28e NDUFB6; NADH dehydrogenase NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex mitochondrial respiratory chain complex I [GO:0005747]; mitochondrial electron transport, A2AP32 Ndufb6 97 (ubiquinone) 1 beta subcomplex subunit 2/3 46950000 25385133 subunit 6 NADH to ubiquinone [GO:0006120] 6 nucleolus [GO:0005730]; transcription factor TFIID complex [GO:0005669]; nucleic acid binding [GO:0003676]; zinc ion binding [GO:0008270]; positive regulation of exoribonuclease activity E9PYD5 Transcription elongation factor A protein 1 Tcea1 312 TFIIS; transcription elongation factor S-II 2/3 45750000 33870415 [GO:1901919]; regulation of transcription, DNA-templated [GO:0006355]; transcription, DNA- templated [GO:0006351] COPI vesicle coat [GO:0030126]; Golgi membrane [GO:0000139]; structural molecule activity F8WHL2 Coatomer subunit alpha Copa 1233 [GO:0005198]; intracellular protein transport [GO:0006886]; vesicle-mediated transport COPA; coatomer subunit alpha 2/3 42400000 35213918 [GO:0016192] D6RHL9 Reticulocalbin-2 Rcn2 71 N.D. N.D. 2/3 41850000 14212846 mitochondrion [GO:0005739]; nuclear chromosome, telomeric region [GO:0000784]; nucleolus [GO:0005730]; nucleoplasm [GO:0005654]; protein-containing complex [GO:0032991]; 5'-3' exonuclease activity [GO:0008409]; 5'-flap endonuclease activity [GO:0017108]; DNA binding Flap endonuclease 1 (FEN-1) (EC 3.1.-.-) (Flap structure- Fen1 FEN1 Q91Z50 380 [GO:0003677]; magnesium ion binding [GO:0000287]; RNA-DNA hybrid ribonuclease activity FEN1; flap endonuclease-1 [EC:3.-.-.-] 2/3 41000000 28142850 specific endonuclease 1) mCG_1942 [GO:0004523]; base-excision repair [GO:0006284]; DNA replication [GO:0006260]; DNA replication, removal of RNA primer [GO:0043137]; memory [GO:0007613]; positive regulation of sister chromatid cohesion [GO:0045876] integral component of plasma membrane [GO:0005887]; transmembrane signaling receptor A2AIN5 B-cell differentiation antigen CD72 Cd72 347 CD72; CD72 antigen 2/3 40500000 23193102 activity [GO:0004888] endoplasmic reticulum membrane [GO:0005789]; metalloaminopeptidase activity A0A1Y7VNY4 Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (Fragment) Erap1 95 [GO:0070006]; antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC N.D. 2/3 40250000 25385133 class I [GO:0019885]; regulation of blood pressure [GO:0008217] 93 ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; translation RP-L17; large subunit ribosomal protein A0A1B0GSV1 39S ribosomal protein L17, mitochondrial (Fragment) Mrpl17 122 2/3 39800000 11172287 [GO:0006412] L17 integral component of plasma membrane [GO:0005887]; transmembrane signaling receptor Q3UZ35 B-cell differentiation antigen CD72 Cd72 361 CD72; CD72 antigen 2/3 39800000 24183052 activity [GO:0004888] ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; translation RP-L3; large subunit ribosomal protein F6W7C7 39S ribosomal protein L3, mitochondrial Mrpl3 156 2/3 39450000 10253048 [GO:0006412] L3 Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons actin cytoskeleton organization [GO:0030036]; caveola assembly [GO:0070836]; plasma PACSIN; protein kinase C and casein A0A2R8W750 Pacsin2 124 2/3 37450000 17324116 protein 2 (Fragment) membrane tubulation [GO:0097320] kinase substrate in neurons protein Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons actin cytoskeleton organization [GO:0030036]; caveola assembly [GO:0070836]; plasma PACSIN; protein kinase C and casein Q3UP40 Pacsin2 191 2/3 37450000 17324116 protein 2 (Fragment) membrane tubulation [GO:0097320] kinase substrate in neurons protein Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity [GO:0005089]; regulation of Rho protein signal B1B1A7 Kalirin (Fragment) Kalrn 1403 KALRN; kalirin [EC:2.7.11.1] 2/3 37400000 8768124 transduction [GO:0035023] Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity [GO:0005089]; regulation of Rho protein signal F6QYT9 Kalirin (Fragment) Kalrn 2371 KALRN; kalirin [EC:2.7.11.1] 2/3 37400000 8768124 transduction [GO:0035023] nucleus [GO:0005634]; RNA binding [GO:0003723]; zinc ion binding [GO:0008270]; RNA E9QML5 Zinc finger protein 638 Zfp638 1960 N.D. 2/3 37290000 47955982 splicing [GO:0008380] Oxidoreductase NAD-binding domain-containing protein 1 F6SAD4 Oxnad1 105 N.D. N.D. 2/3 36600000 25314423 (Fragment) Oxidoreductase NAD-binding domain-containing protein 1 F6XLU3 Oxnad1 86 oxidoreductase activity [GO:0016491] N.D. 2/3 36600000 25314423 (Fragment) ADAM8; disintegrin and Q3U7G2 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 8 Adam8 825 integral component of membrane [GO:0016021]; metalloendopeptidase activity [GO:0004222] metalloproteinase domain-containing 2/3 36400000 31254120 protein 8 [EC:3.4.24.-] Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity [GO:0005089]; regulation of Rho protein signal D3Z560 Kalirin Kalrn 823 KALRN; kalirin [EC:2.7.11.1] 2/3 35250000 5727565 transduction [GO:0035023] nucleosome [GO:0000786]; nucleus [GO:0005634]; chromatin binding [GO:0003682]; DNA Z4YKA3 Heterochromatin protein 1-binding protein 3 Hp1bp3 516 binding [GO:0003677]; heterochromatin organization [GO:0070828]; nucleosome assembly N.D. 2/3 35250000 31607673 [GO:0006334]; regulation of transcription, DNA-templated [GO:0006355] integral component of membrane [GO:0016021]; meiotic nuclear membrane microtubule A0A1L1STC6 Nesprin-1 Syne1 8799 tethering complex [GO:0034993]; actin filament binding [GO:0051015]; cytoskeletal anchoring SYNE1; nesprin-1 2/3 35200000 35072496 at nuclear membrane [GO:0090286] A0A087WRM5 Nucleolin (Fragment) Ncl 76 N.D. N.D. 2/3 34850000 9404520 Secretory carrier-associated membrane protein (Secretory SCAMP; secretory carrier-associated Q3TSA8 Scamp1 286 integral component of membrane [GO:0016021]; protein transport [GO:0015031] 2/3 34450000 23546656 carrier membrane protein) membrane protein Rpl36a-ps1 ribosome [GO:0005840]; structural constituent of ribosome [GO:0003735]; translation RP-L44e; large subunit ribosomal protein A0A2I3BPG9 MCG113838 (Ribosomal protein L36A, pseudogene 1) 106 2/3 33450000 1343503 mCG_113838 [GO:0006412] L44e integral component of membrane [GO:0016021]; signal peptidase complex [GO:0005787]; SPCS1; signal peptidase complex A0A2I3BRW0 Signal peptidase complex subunit 1 Spcs1 102 2/3 32250000 18172644 peptidase activity [GO:0008233]; signal peptide processing [GO:0006465] subunit 1 [EC:3.4.-.-] ErbB-2 class receptor binding [GO:0005176]; negative regulation of NF-kappaB transcription B2RUJ2 Erbb2ip protein (Erbin) Erbin Erbb2ip 1294 ERBB2IP; erbb2-interacting protein 2/3 32000000 22203153 factor activity [GO:0032088]; signal transduction [GO:0007165] ErbB-2 class receptor binding [GO:0005176]; negative regulation of NF-kappaB transcription B7ZNX6 Erbb2ip protein (Erbin) Erbin Erbb2ip 1411 ERBB2IP; erbb2-interacting protein 2/3 32000000 22203153 factor activity [GO:0032088]; signal transduction [GO:0007165] B1AXC5 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 7 Chchd7 59 N.D. N.D. 2/3 31900000 10889444 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 7 B1AXC7 Chchd7 57 N.D. N.D. 2/3 31900000 10889444 (Fragment) Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 7 B1AXC8 Chchd7 79 N.D. N.D. 2/3 31900000 10889444 (Fragment) Q3TFT3 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 7 Chchd7 52 N.D. N.D. 2/3 31900000 10889444 B1AX78 Hydroxysteroid dehydrogenase-like protein 2 Hsdl2 370 N.D. N.D. 2/3 31350000 9828784 2210010C04Rik RIKEN cDNA 2210010C04 gene (RIKEN cDNA 2210010C04, extracellular space [GO:0005615]; serine-type endopeptidase activity [GO:0004252]; Q9CPN9 trypsinogen 247 PRSS1_2_3; trypsin [EC:3.4.21.4] 2/3 31200000 565685 isoform CRA_b) (Trypsinogen 7) proteolysis [GO:0006508] mCG_15095 D3YUR8 Probable ergosterol biosynthetic protein 28 (Fragment) Erg28 54 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 30450000 19162594 94 0610007P14Rik Epidermal growth factor receptor kinase substrate 8 actin binding [GO:0003779]; signaling adaptor activity [GO:0035591]; actin filament bundle EPS8; epidermal growth factor receptor D3Z5I5 Eps8 329 2/3 29965000 39930320 (Fragment) assembly [GO:0051017]; barbed-end actin filament capping [GO:0051016] kinase substrate 8 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex Ndufaf8 mitochondrion [GO:0005739]; mitochondrial respiratory chain complex I assembly A0A087WQY7 86 N.D. 2/3 29100000 12869343 assembly factor 8 1810043H04Rik [GO:0032981] integral component of membrane [GO:0016021]; ATP binding [GO:0005524]; calcium- ATP2B; Ca2+ transporting ATPase, A0A1W2P772 Plasma membrane calcium-transporting ATPase 1 (Fragment) Atp2b1 317 2/3 28375000 32420846 transporting ATPase activity [GO:0005388] plasma membrane [EC:3.6.3.8] integral component of membrane [GO:0016021]; protein tyrosine phosphatase activity PTPRE; receptor-type tyrosine-protein A0A1B0GRH2 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase (EC 3.1.3.48) Ptpre 712 2/3 28100000 11455130 [GO:0004725] phosphatase epsilon [EC:3.1.3.48] cytoplasm [GO:0005737]; integral component of membrane [GO:0016021]; nucleus PTPRE; receptor-type tyrosine-protein A0A1B0GRT6 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase (EC 3.1.3.48) Ptpre 719 [GO:0005634]; plasma membrane [GO:0005886]; protein tyrosine phosphatase activity 2/3 28100000 11455130 phosphatase epsilon [EC:3.1.3.48] [GO:0004725]; negative regulation of insulin receptor signaling pathway [GO:0046627] mRNA cleavage factor complex [GO:0005849]; hydrolase activity [GO:0016787]; mRNA NUDT21; cleavage and polyadenylation A0A1D5RM23 Cleavage and polyadenylation-specificity factor subunit 5 Nudt21 218 2/3 27885000 33396653 binding [GO:0003729]; mRNA polyadenylation [GO:0006378] specificity factor subunit 5 ubiquitin-protein transferase activity [GO:0004842]; glucose homeostasis [GO:0042593]; HECTD4; E3 ubiquitin-protein ligase E9Q2E4 HECT domain E3 ubiquitin protein ligase 4 Hectd4 4418 2/3 27730000 30080322 glucose metabolic process [GO:0006006] HECTD4 [EC:2.3.2.26] TIM10B; mitochondrial import inner A0A1B0GRJ5 Predicted gene 45799 (Fragment) Gm45799 61 N.D. 2/3 27600000 3818377 membrane translocase subunit TIM10B Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Timm10b TIM10B; mitochondrial import inner D6RG99 68 N.D. 2/3 27600000 3818377 Tim10 B (Predicted gene 45799) Gm45799 membrane translocase subunit TIM10B ribosome [GO:0005840]; RNA binding [GO:0003723]; structural constituent of ribosome RP-L30e; large subunit ribosomal protein A0A2I3BQF4 60S ribosomal protein L30 Rpl30 94 2/3 27050000 15061374 [GO:0003735]; translation [GO:0006412] L30e ATAD3A_B; ATPase family AAA domain- H3BKI6 ATPase family, AAA domain-containing 3A Atad3a 211 mitochondrion [GO:0005739]; mitochondrion organization [GO:0007005] 2/3 27050000 22980970 containing protein 3A/B endoplasmic reticulum membrane [GO:0005789]; protein-containing complex [GO:0032991]; cholesterol binding [GO:0015485]; ubiquitin protein ligase binding [GO:0031625]; negative Erlin1 Spfh1 A0A0R4J1G5 Erlin-1 (SPFH domain family, member 1, isoform CRA_a) 348 regulation of cholesterol biosynthetic process [GO:0045541]; negative regulation of fatty acid N.D. 2/3 26000000 15980613 mCG_18924 biosynthetic process [GO:0045717]; SREBP signaling pathway [GO:0032933]; ubiquitin- dependent ERAD pathway [GO:0030433] A0A2C9F2D2 Annexin Anxa7 485 calcium ion binding [GO:0005509]; calcium-dependent phospholipid binding [GO:0005544] ANXA7_11; annexin A7/11 2/3 25550000 3464823 HECTD4; E3 ubiquitin-protein ligase A0A0J9YUS1 HECT domain E3 ubiquitin protein ligase 4 (Fragment) Hectd4 678 glucose homeostasis [GO:0042593]; glucose metabolic process [GO:0006006] 2/3 24880000 26049814 HECTD4 [EC:2.3.2.26] SLC38A7_8; solute carrier family 38 Putative sodium-coupled neutral amino acid transporter 7 A0A1D5RLX9 Slc38a7 409 integral component of membrane [GO:0016021] (sodium-coupled neutral amino acid 2/3 22960000 19855558 (Fragment) transporter), member 7/8 Leucine-rich repeat and calponin homology domain-containing H3BLL3 Lrch4 649 N.D. N.D. 2/3 22450000 70711 protein 4 integral component of membrane [GO:0016021]; ATP binding [GO:0005524]; ATPase activity, ABCB11; ATP-binding cassette, J3QNY6 Bile salt export pump Abcb11 1321 coupled to transmembrane movement of substances [GO:0042626]; bile acid and bile salt 2/3 22350000 7141778 subfamily B (MDR/TAP), member 11 transport [GO:0015721] integral component of membrane [GO:0016021]; transmembrane transporter activity SLC7A1; solute carrier family 7 (cationic E9Q3N1 High affinity cationic amino acid transporter 1 (Fragment) Slc7a1 542 2/3 22250000 11242998 [GO:0022857]; amino acid transport [GO:0006865] amino acid transporter), member 1 ST13; suppressor of tumorigenicity E9Q1V0 Hsc70-interacting protein (Fragment) St13 129 N.D. 2/3 20860000 16178603 protein 13 cytoplasm [GO:0005737]; G protein-coupled receptor binding [GO:0001664]; Rho guanyl- nucleotide exchange factor activity [GO:0005089]; G protein-coupled receptor signaling ARHGEF11; Rho guanine nucleotide E9Q0A3 Rho guanine nucleotide exchange factor (GEF) 11 (Fragment) Arhgef11 1475 pathway [GO:0007186]; positive regulation of transcription, DNA-templated [GO:0045893]; 2/3 20520000 27690302 exchange factor 11 regulation of Rho protein signal transduction [GO:0035023]; Rho protein signal transduction [GO:0007266] cytoplasm [GO:0005737]; G protein-coupled receptor binding [GO:0001664]; Rho guanyl- nucleotide exchange factor activity [GO:0005089]; G protein-coupled receptor signaling ARHGEF11; Rho guanine nucleotide Q68FM7 Rho guanine nucleotide exchange factor (GEF) 11 Arhgef11 1552 pathway [GO:0007186]; positive regulation of transcription, DNA-templated [GO:0045893]; 2/3 20520000 27690302 exchange factor 11 regulation of Rho protein signal transduction [GO:0035023]; Rho protein signal transduction [GO:0007266] actin binding [GO:0003779]; Rho GTPase binding [GO:0017048]; actin filament organization E9Q4U7 Protein diaphanous homolog 2 Diaph2 1102 DIAPH2; diaphanous 2 2/3 20300000 1838478 [GO:0007015]; female gamete generation [GO:0007292] G8JL35 MOB-like protein phocein (Fragment) Mob4 183 N.D. N.D. 2/3 19635000 15648273 95 D3Z7M5 Nucleolar protein 16 Nop16 181 N.D. N.D. 2/3 19345000 13371389 E0CYJ0 MOB-like protein phocein (Fragment) Mob4 186 N.D. N.D. 2/3 18985000 14729034 Q5ND45 Unconventional myosin-Ic (Fragment) Myo1c 80 N.D. N.D. 2/3 18550000 1484924 annulate lamellae [GO:0005642]; cytosol [GO:0005829]; nuclear inclusion body [GO:0042405]; nuclear membrane [GO:0031965]; nuclear periphery [GO:0034399]; nuclear pore [GO:0005643]; nuclear pore central transport channel [GO:0044613]; nuclear pore nuclear basket [GO:0044615]; nucleolus [GO:0005730]; nucleoplasmic side of nuclear pore [GO:1990875]; protein-containing complex [GO:0032991]; chromatin binding [GO:0003682]; NUP153; nuclear pore complex protein E9Q3G8 Nucleoporin 153 Nup153 1462 double-stranded DNA binding [GO:0003690]; identical protein binding [GO:0042802]; nuclear 2/3 18450000 494975 Nup153 localization sequence binding [GO:0008139]; protein membrane anchor [GO:0043495]; Ran GTPase binding [GO:0008536]; structural constituent of nuclear pore [GO:0017056]; zinc ion binding [GO:0008270]; mitotic cell cycle [GO:0000278]; negative regulation of RNA export from nucleus [GO:0046832]; nuclear pore complex assembly [GO:0051292]; protein import into nucleus [GO:0006606] axoneme [GO:0005930]; centrosome [GO:0005813]; chromosome, centromeric region [GO:0000775]; ciliary basal body [GO:0036064]; ciliary transition fiber [GO:0097539]; condensed chromosome outer kinetochore [GO:0000940]; cytoplasm [GO:0005737]; midbody [GO:0030496]; nuclear envelope [GO:0005635]; nuclear matrix [GO:0016363]; nucleoplasm [GO:0005654]; nucleus [GO:0005634]; pronucleus [GO:0045120]; spindle [GO:0005819]; spindle pole [GO:0000922]; dynein complex binding [GO:0070840]; protein C-terminus binding E9Q3P4 Centromere protein F Cenpf 2997 CENPF; centromere protein F 2/3 18390000 19247447 [GO:0008022]; protein homodimerization activity [GO:0042803]; transcription factor binding [GO:0008134]; chromosome segregation [GO:0007059]; kidney development [GO:0001822]; metaphase plate congression [GO:0051310]; mitotic cell cycle [GO:0000278]; negative regulation of transcription, DNA-templated [GO:0045892]; protein transport [GO:0015031]; regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle [GO:0010389]; regulation of striated muscle tissue development [GO:0016202]; ventricular system development [GO:0021591] cell cortex region [GO:0099738]; myosin II complex [GO:0016460]; protein-containing complex Myl12a MCG5400 (Myosin, light chain 12A, regulatory, non- [GO:0032991]; stress fiber [GO:0001725]; Z disc [GO:0030018]; calcium ion binding Q6ZWQ9 2900073G15Rik 172 MYL12; myosin regulatory light chain 12 2/3 18100000 6505382 sarcomeric) [GO:0005509]; glutamate receptor binding [GO:0035254]; protein localization to plasma mCG_5400 membrane [GO:0072659]; regulation of cell shape [GO:0008360] A0A1B0GRZ8 ELMO domain-containing protein 2 (Fragment) Elmod2 189 GTPase activator activity [GO:0005096] N.D. 2/3 17700000 6788225 F7CUU8 Liprin-beta-1 (Fragment) Ppfibp1 242 N.D. N.D. 2/3 17445000 12381440 membrane [GO:0016020]; calcium ion binding [GO:0005509]; mannosyl-oligosaccharide 1,2- EDEM1; ER degradation enhancer, A0A0N4SV08 alpha-1,2-Mannosidase (EC 3.2.1.-) Edem1 539 2/3 17275000 12480435 alpha-mannosidase activity [GO:0004571]; metabolic process [GO:0008152] mannosidase alpha-like 1 cytosol [GO:0005829]; nuclear body [GO:0016604]; double-stranded DNA binding D3YYI6 AF4/FMR2 family member 3 Aff3 1229 [GO:0003690]; embryonic hindlimb morphogenesis [GO:0035116]; response to tumor necrosis AFF3; AF4/FMR2 family member 3 2/3 17050000 2899138 factor [GO:0034612] F8WJA7 AF4/FMR2 family member 3 Aff3 1228 N.D. AFF3; AF4/FMR2 family member 3 2/3 17050000 2899138 Signal sequence receptor, beta, isoform CRA_b (Translocon- SSR2; translocon-associated protein A0A0A6YVZ1 Ssr2 mCG_8842 164 endoplasmic reticulum [GO:0005783]; integral component of membrane [GO:0016021] 2/3 16750000 1767767 associated protein subunit beta) subunit beta Translocon-associated protein subunit beta (TRAP-beta) endoplasmic reticulum membrane [GO:0005789]; integral component of membrane SSR2; translocon-associated protein A0A0A6YXB7 Ssr2 185 2/3 16750000 1767767 (Signal sequence receptor subunit beta) [GO:0016021] subunit beta A0A286YDA2 Nucleolar and coiled-body phosphoprotein 1 Nolc1 700 nucleolus [GO:0005730] N.D. 2/3 16200000 6788225 integral component of plasma membrane [GO:0005887]; postsynapse [GO:0098794]; ATP F8WI93 P2X purinoceptor P2rx7 442 binding [GO:0005524]; extracellularly ATP-gated cation channel activity [GO:0004931]; P2RX7; P2X purinoceptor 7 2/3 16130000 11695546 purinergic nucleotide receptor activity [GO:0001614]; response to ATP [GO:0033198] CHCHD6; coiled-coil-helix-coiled-coil- E9Q4M4 MICOS complex subunit Chchd6 245 MICOS complex [GO:0061617] helix domain-containing protein 6, 2/3 15980000 10352043 mitochondrial THRAP3; thyroid hormone receptor- Q8BZN7 Thyroid hormone receptor-associated protein 3 Thrap3 709 RNA splicing [GO:0008380] 2/3 15900000 848528 associated protein 3 serine-type endopeptidase inhibitor activity [GO:0004867]; hyaluronan metabolic process A0A2I3BRQ3 Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H3 Itih3 699 N.D. 2/3 15350000 5727565 [GO:0030212] cytoplasm [GO:0005737]; nucleus [GO:0005634]; proteasome core complex [GO:0005839]; PSMB1; 20S proteasome subunit beta 6 A0A338P7F1 Proteasome subunit beta (EC 3.4.25.1) Psmb1 203 threonine-type endopeptidase activity [GO:0004298]; proteolysis involved in cellular protein 2/3 15300000 5656854 [EC:3.4.25.1] catabolic process [GO:0051603] integral component of membrane [GO:0016021]; nucleus [GO:0005634]; ubiquitin conjugating E9PY39 Predicted gene 20431 Gm20431 371 enzyme activity [GO:0061631]; postreplication repair [GO:0006301]; protein K63-linked TMEM189; transmembrane protein 189 2/3 15165000 15888689 ubiquitination [GO:0070534] B1AZ42 Charged multivesicular body protein 6 (Fragment) Chmp6 78 vacuolar transport [GO:0007034] CHMP6; charged multivesicular body 2/3 14285000 12466293 96 protein 6 MOCS1; GTP 3',8-cyclase / cyclic Molybdenum cofactor biosynthesis protein 1 (Molybdenum Mocs1 4 iron, 4 sulfur cluster binding [GO:0051539]; catalytic activity [GO:0003824]; metal ion binding G3UWH1 143 pyranopterin monophosphate synthase 2/3 13730000 10988439 cofactor synthesis 1, isoform CRA_d) mCG_1174 [GO:0046872] [EC:4.1.99.22 4.6.1.17] endoplasmic reticulum [GO:0005783]; nucleolus [GO:0005730]; actin binding [GO:0003779]; Q6W4W7 DIA3 (Protein diaphanous homolog 2) Diaph2 Diap2 1102 Rho GTPase binding [GO:0017048]; actin filament organization [GO:0007015]; female gamete DIAPH2; diaphanous 2 2/3 13535000 11405632 generation [GO:0007292] D3Z312 Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8 Tnfaip8 212 regulation of apoptotic process [GO:0042981] N.D. 2/3 13410000 15825050 D3YUU4 Battenin (Fragment) Cln3 195 integral component of membrane [GO:0016021]; lysosomal membrane [GO:0005765] BTS; battenin 2/3 13140000 5883128 cytoplasm [GO:0005737]; nucleus [GO:0005634]; nuclear import signal receptor activity Kpna6 Q4FJZ2 Importin subunit alpha 533 [GO:0061608]; protein transporter activity [GO:0008565]; protein import into nucleus N.D. 2/3 13100000 141421 mCG_13554 [GO:0006606] integral component of membrane [GO:0016021]; mast cell granule [GO:0042629]; mast cell A0A140T8Q6 Allergin-1 Milr1 245 N.D. 2/3 12955000 12791562 degranulation [GO:0043303]; negative regulation of mast cell activation [GO:0033004] integral component of membrane [GO:0016021]; mast cell granule [GO:0042629]; mast cell S4R1V2 Allergin-1 (Fragment) Milr1 143 N.D. 2/3 12955000 12791562 degranulation [GO:0043303]; negative regulation of mast cell activation [GO:0033004] purine-nucleoside phosphorylase activity [GO:0004731]; nucleoside metabolic process punA; purine-nucleoside phosphorylase A0A2I3BS22 Purine nucleoside phosphorylase (Fragment) Pnp 136 2/3 12880000 8654987 [GO:0009116] [EC:2.4.2.1] 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity [GO:0016303]; ATP binding [GO:0005524]; PIK3CG; phosphatidylinositol-4,5- Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic A0A1W2P8F6 Pik3cg 1024 phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity [GO:0046934]; phosphatidylinositol- bisphosphate 3-kinase catalytic subunit 2/3 12800000 11879394 subunit (EC 2.7.1.153) mediated signaling [GO:0048015] gamma [EC:2.7.1.153] cytosol [GO:0005829]; integral component of membrane [GO:0016021]; nucleoplasm D3Z4E6 Vezatin Vezt 784 N.D. 2/3 12700000 4101219 [GO:0005654]; myosin binding [GO:0017022]; cell-cell adhesion [GO:0098609] A0A2I3BQU9 Inactive ubiquitin thioesterase OTULINL (Fragment) Otulinl 149 N.D. N.D. 2/3 12490000 9630794 B8JJI4 Vesicle transport protein SEC20 Bnip1 194 integral component of membrane [GO:0016021] SEC20; protein transport protein SEC20 2/3 12300000 3111270 A0A3B2W486 Differentially-expressed in FDCP 6 (Fragment) Def6 129 N.D. N.D. 2/3 11555000 8831764 SLC15A3_4; solute carrier family 15 integral component of membrane [GO:0016021]; transmembrane transporter activity D6RDC2 Solute carrier family 15 member 4 Slc15a4 296 (peptide/histidine transporter), member 2/3 11190000 13590592 [GO:0022857]; oligopeptide transport [GO:0006857] 3/4 SLC15A3_4; solute carrier family 15 integral component of membrane [GO:0016021]; transmembrane transporter activity F6QFB4 Solute carrier family 15 member 4 (Fragment) Slc15a4 246 (peptide/histidine transporter), member 2/3 11190000 13590592 [GO:0022857]; oligopeptide transport [GO:0006857] 3/4 D3YXZ3 Kinesin light chain 2 Klc2 617 kinesin complex [GO:0005871]; microtubule motor activity [GO:0003777] KLC; kinesin light chain 2/3 10960000 2602153 cytosol [GO:0005829]; kinesin complex [GO:0005871]; mitochondrion [GO:0005739]; Q91YS4 Kinesin light chain 2 (Klc2 protein) Klc2 mCG_8395 619 nucleoplasm [GO:0005654]; plasma membrane [GO:0005886]; microtubule motor activity KLC; kinesin light chain 2/3 10960000 2602153 [GO:0003777] nuclear envelope [GO:0005635]; ATP binding [GO:0005524]; nucleic acid binding DDX19; ATP-dependent RNA helicase Q8BZY3 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 19b Ddx19b 494 [GO:0003676]; positive regulation of apoptotic process [GO:0043065]; response to zinc ion 2/3 10855000 3882016 DDX19/DBP5 [EC:3.6.4.13] [GO:0010043] Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22; mitochondrial import inner E9PXB9 Timm22 90 N.D. 2/3 10535000 10415683 Tim22 membrane translocase subunit TIM22 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22; mitochondrial import inner Z4YN86 Timm22 116 N.D. 2/3 10535000 10415683 Tim22 (Fragment) membrane translocase subunit TIM22 Emc10 ER membrane protein complex subunit 10 (RIKEN cDNA A0A0X1KG66 2310044H10Rik 264 N.D. N.D. 2/3 10240000 1357645 2310044H10, isoform CRA_a) mCG_8748 Emc10 ER membrane protein complex subunit 10 (RIKEN cDNA ER membrane protein complex [GO:0072546]; positive regulation of angiogenesis A0A0X1KG67 2310044H10Rik 268 N.D. 2/3 10240000 1357645 2310044H10, isoform CRA_b) [GO:0045766]; positive regulation of endothelial cell proliferation [GO:0001938] mCG_8748 Emc10 D3Z665 ER membrane protein complex subunit 10 (Fragment) 224 N.D. N.D. 2/3 10240000 1357645 2310044H10Rik VAC14; vacuole morphology and A0A1D5RLY2 Protein VAC14 homolog Vac14 461 PAS complex [GO:0070772]; phosphatidylinositol biosynthetic process [GO:0006661] 2/3 10075000 9369165 inheritance protein 14 actin binding [GO:0003779]; actin cytoskeleton reorganization [GO:0031532]; cell adhesion Q3UF75 Alpha-parvin Parva 336 PARV; parvin 2/3 10045000 4320422 [GO:0007155] 97 cell [GO:0005623]; integral component of membrane [GO:0016021]; SNAP receptor activity Q3TJ55 Syntaxin-2 Stx2 Epim 288 [GO:0005484]; acrosome reaction [GO:0007340]; cell differentiation [GO:0030154]; intracellular STX1B_2_3; syntaxin 1B/2/3 2/3 10015000 3514321 protein transport [GO:0006886]; vesicle-mediated transport [GO:0016192] basolateral plasma membrane [GO:0016323]; extracellular space [GO:0005615]; integral component of membrane [GO:0016021]; lamellipodium [GO:0030027]; protein dimerization activity [GO:0046983]; SNAP receptor activity [GO:0005484]; acrosome reaction Q80W45 Syntaxin-2 Stx2 Epim 289 STX1B_2_3; syntaxin 1B/2/3 2/3 10015000 3514321 [GO:0007340]; cell differentiation [GO:0030154]; cornified envelope assembly [GO:1903575]; intracellular protein transport [GO:0006886]; protein complex oligomerization [GO:0051259]; response to hydroperoxide [GO:0033194]; vesicle-mediated transport [GO:0016192] integral component of membrane [GO:0016021]; fatty-acyl-CoA binding [GO:0000062]; lipid A0A2I3BQH8 Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5 Acbd5 519 N.D. 2/3 9820000 5628570 binding [GO:0008289]; autophagy of peroxisome [GO:0030242] integral component of membrane [GO:0016021]; fatty-acyl-CoA binding [GO:0000062]; lipid A0A2I3BRB9 Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5 Acbd5 483 N.D. 2/3 9820000 5628570 binding [GO:0008289]; autophagy of peroxisome [GO:0030242] integral component of membrane [GO:0016021]; nucleoplasm [GO:0005654]; peroxisome E9QNH7 Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5 Acbd5 509 [GO:0005777]; fatty-acyl-CoA binding [GO:0000062]; lipid binding [GO:0008289]; autophagy of N.D. 2/3 9820000 5628570 peroxisome [GO:0030242] E0CXZ0 Nucleolar protein 56 Nop56 261 N.D. NOP56; nucleolar protein 56 2/3 9725000 2793072 F6USW7 Nucleolar protein 56 (Fragment) Nop56 125 N.D. NOP56; nucleolar protein 56 2/3 9725000 2793072 CAMK2; calcium/calmodulin-dependent Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit E9QAJ4 Camk2d 142 ATP binding [GO:0005524]; calmodulin-dependent protein kinase activity [GO:0004683] protein kinase (CaM kinase) II 2/3 9570000 1739483 delta [EC:2.7.11.17] selB; selenocysteine-specific elongation A0A0N4SUV6 Selenocysteine-specific elongation factor Eefsec 534 GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924] 2/3 9315000 1251579 factor A0A0N4SUM7 Transmembrane protein 176B (Fragment) Tmem176b 172 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 8770000 820244 A0A0N4SUY1 Transmembrane protein 176B (Fragment) Tmem176b 194 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 8770000 820244 A0A0N4SV46 Transmembrane protein 176B (Fragment) Tmem176b 196 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 8770000 820244 A0A0N4SVT4 Transmembrane protein 176B (Fragment) Tmem176b 195 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 8770000 820244 B1AQD4 Ras-related protein Rab-34 (Fragment) Rab34 265 GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924] RAB34; Ras-related protein Rab-34 2/3 8680000 4695189 Q0PD20 Rab34 (Ras-related protein Rab-34) Rab34 259 GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924] RAB34; Ras-related protein Rab-34 2/3 8680000 4695189 D3Z2U2 Tumor protein D52 (Fragment) Tpd52 77 N.D. N.D. 2/3 8410000 5218448 Tpd52 D3Z637 MCG10134, isoform CRA_c (Tumor protein D52) 162 N.D. N.D. 2/3 8410000 5218448 mCG_10134 PSMD12; 26S proteasome regulatory B1AT36 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 Psmd12 436 N.D. 2/3 8345000 7431692 subunit N5 pre-mRNA branch point binding [GO:0045131]; zinc ion binding [GO:0008270]; mRNA splicing, D3YVH4 Splicing factor 1 (Fragment) Sf1 267 SF1; splicing factor 1 2/3 8195000 5663925 via spliceosome [GO:0000398] pre-mRNA branch point binding [GO:0045131]; zinc ion binding [GO:0008270]; mRNA splicing, D3YZC9 Splicing factor 1 Sf1 571 SF1; splicing factor 1 2/3 8195000 5663925 via spliceosome [GO:0000398] pre-mRNA branch point binding [GO:0045131]; zinc ion binding [GO:0008270]; mRNA splicing, D3YZD0 Splicing factor 1 Sf1 638 SF1; splicing factor 1 2/3 8195000 5663925 via spliceosome [GO:0000398] pre-mRNA branch point binding [GO:0045131]; zinc ion binding [GO:0008270]; mRNA splicing, E9Q4Q2 Splicing factor 1 Sf1 548 SF1; splicing factor 1 2/3 8195000 5663925 via spliceosome [GO:0000398] SMC2; structural maintenance of B1AWH6 Structural maintenance of chromosomes protein 2 (Fragment) Smc2 471 N.D. 2/3 8135000 7021570 chromosome 2 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 G3UWV7 Psmd11 89 N.D. N.D. 2/3 8125000 4772971 (Fragment) 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 PSMD11; 26S proteasome regulatory G3UX15 Psmd11 100 proteasome assembly [GO:0043248] 2/3 8125000 4772971 (Fragment) subunit N6 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 G3UX67 Psmd11 67 N.D. N.D. 2/3 8125000 4772971 (Fragment) PSMD11; 26S proteasome regulatory G3UYL3 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 Psmd11 116 proteasome assembly [GO:0043248] 2/3 8125000 4772971 subunit N6 98 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 PSMD11; 26S proteasome regulatory G3UYL8 Psmd11 100 proteasome assembly [GO:0043248] 2/3 8125000 4772971 (Fragment) subunit N6 A2AUG7 Threonine synthase-like 1 Thnsl1 226 N.D. N.D. 2/3 8105000 5084098 OTUD4; OTU domain-containing protein A0A0R4J260 OTU domain-containing protein 4 Otud4 1106 N.D. 2/3 7915000 1845549 4 [EC:3.4.19.12] Stx8 Q8BS59 Syntaxin 8, isoform CRA_d (Syntaxin-8) 126 N.D. STX8; syntaxin 8 2/3 7790000 353553 mCG_140386 integral component of membrane [GO:0016021]; antigen processing and presentation MHC1; major histocompatibility complex, A0A0B4J1G3 H-2 class I histocompatibility antigen, K-K alpha chain H2-K1 187 2/3 7210000 4228499 [GO:0019882]; immune response [GO:0006955] class I Transmembrane protein 126A (Transmembrane protein 126A, Tmem126a TMEM126A; transmembrane protein D6RG44 89 integral component of membrane [GO:0016021] 2/3 7180000 2107178 isoform CRA_c) mCG_22691 126A PNKP; bifunctional polynucleotide E9Q9A5 Bifunctional polynucleotide phosphatase/kinase Pnkp 486 N.D. phosphatase/kinase [EC:3.1.3.32 2/3 7065000 2227386 2.7.1.78] mitochondrion [GO:0005739]; nucleolus [GO:0005730]; ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity [GO:0046404]; nucleoside monophosphate kinase activity [GO:0050145]; polynucleotide 3'-phosphatase activity [GO:0046403]; DNA PNKP; bifunctional polynucleotide Bifunctional polynucleotide phosphatase/kinase Pnkp damage response, detection of DNA damage [GO:0042769]; DNA repair [GO:0006281]; G5E8N7 522 phosphatase/kinase [EC:3.1.3.32 2/3 7065000 2227386 (Polynucleotide kinase 3'-phosphatase, isoform CRA_b) mCG_23134 negative regulation of protein ADP-ribosylation [GO:0010836]; nucleotide phosphorylation 2.7.1.78] [GO:0046939]; positive regulation of telomerase activity [GO:0051973]; positive regulation of telomere capping [GO:1904355]; positive regulation of telomere maintenance via telomerase [GO:0032212]; response to oxidative stress [GO:0006979] ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672]; intracellular signal DCLK1_2; doublecortin-like kinase 1/2 A0A0A6YWI6 Serine/threonine-protein kinase DCLK2 Dclk2 641 2/3 6770000 1032376 transduction [GO:0035556] [EC:2.7.11.1] ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672]; intracellular signal DCLK1_2; doublecortin-like kinase 1/2 A0A0A6YX33 Serine/threonine-protein kinase DCLK2 Dclk2 591 2/3 6770000 1032376 transduction [GO:0035556] [EC:2.7.11.1] ATP binding [GO:0005524]; protein kinase activity [GO:0004672]; intracellular signal DCLK1_2; doublecortin-like kinase 1/2 A0A0A6YX71 Serine/threonine-protein kinase DCLK2 Dclk2 711 2/3 6770000 1032376 transduction [GO:0035556] [EC:2.7.11.1] cytosol [GO:0005829]; endosome membrane [GO:0010008]; nucleoplasm [GO:0005654]; ATP PIP5K; 1-phosphatidylinositol-4- F8WHW6 Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase type-1 gamma Pip5k1c 687 2/3 6695000 3754737 binding [GO:0005524]; phosphatidylinositol phosphate kinase activity [GO:0016307] phosphate 5-kinase [EC:2.7.1.68] Map7d1 MAP7D1; MAP7 domain-containing A2AJI1 MAP7 domain-containing protein 1 774 microtubule cytoskeleton [GO:0015630]; microtubule cytoskeleton organization [GO:0000226] 2/3 6580000 933381 Mtap7d1 protein 1 Q8CAA2 Phospholipid transfer protein C2CD2L C2cd2l Tmem24 654 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 6435000 1025305 C2cd2l protein (Phospholipid transfer protein C2CD2L) Q8CFV7 C2cd2l 361 N.D. N.D. 2/3 6435000 1025305 (Fragment) cell [GO:0005623]; 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity [GO:0047555]; metal ion PDE6A; rod cGMP-specific 3',5'-cyclic Pde6a Q8K0A8 Phosphodiesterase (EC 3.1.4.-) 860 binding [GO:0046872]; G protein-coupled receptor signaling pathway [GO:0007186]; regulation phosphodiesterase subunit alpha 2/3 6355000 5720494 mCG_130305 of cytosolic calcium ion concentration [GO:0051480]; visual perception [GO:0007601] [EC:3.1.4.35] LYER; cell growth-regulating nucleolar D3YU83 Cell growth-regulating nucleolar protein (Fragment) Lyar 99 DNA binding [GO:0003677] 2/3 6235000 3783021 protein D3Z009 Cell growth-regulating nucleolar protein (Fragment) Lyar 49 DNA binding [GO:0003677] N.D. 2/3 6235000 3783021 LYER; cell growth-regulating nucleolar D3Z345 Cell growth-regulating nucleolar protein (Fragment) Lyar 191 DNA binding [GO:0003677] 2/3 6235000 3783021 protein LYER; cell growth-regulating nucleolar D3Z5X8 Cell growth-regulating nucleolar protein (Fragment) Lyar 131 DNA binding [GO:0003677] 2/3 6235000 3783021 protein LYER; cell growth-regulating nucleolar D3Z7N3 Cell growth-regulating nucleolar protein (Fragment) Lyar 190 DNA binding [GO:0003677] 2/3 6235000 3783021 protein Cell growth-regulating nucleolar protein (Ly1 antibody reactive D6RDT2 Lyar mCG_3754 40 DNA binding [GO:0003677] N.D. 2/3 6235000 3783021 clone, isoform CRA_a) external side of plasma membrane [GO:0009897]; extracellular space [GO:0005615]; integral component of membrane [GO:0016021]; plasma membrane [GO:0005886]; peptide antigen binding [GO:0042605]; signaling receptor binding [GO:0005102]; antigen processing and MHC1; major histocompatibility complex, F8VQG4 Histocompatibility 2, T region locus 24 H2-T24 363 presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP- 2/3 6130000 4794184 class I independent [GO:0002486]; antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib [GO:0002476]; immune response [GO:0006955]; positive regulation of T cell mediated cytotoxicity [GO:0001916] A0A2I3BR78 Exosome complex exonuclease RRP44 Dis3 566 ribonuclease activity [GO:0004540]; RNA binding [GO:0003723] DIS3; exosome complex exonuclease 2/3 6120000 1781909 99 DIS3/RRP44 [EC:3.1.13.-] A0A2R8VKL5 La-related protein 4 Larp4 660 RNA binding [GO:0003723] LARP4; la-related protein 4 2/3 6115000 3924443 A0A2R8W6Y5 La-related protein 4 Larp4 610 RNA binding [GO:0003723] LARP4; la-related protein 4 2/3 6115000 3924443 E9Q066 La-related protein 4 Larp4 718 RNA binding [GO:0003723] LARP4; la-related protein 4 2/3 6115000 3924443 cytoplasmic stress granule [GO:0010494]; cytosolic small ribosomal subunit [GO:0022627]; Larp4 polysome [GO:0005844]; poly(A) binding [GO:0008143]; cytoskeleton organization G3X9Q6 La-related protein 4 (MCG123519) 719 LARP4; la-related protein 4 2/3 6115000 3924443 mCG_123519 [GO:0007010]; positive regulation of translation [GO:0045727]; regulation of cell morphogenesis [GO:0022604] D3Z7U0 Annexin Anxa11 447 calcium ion binding [GO:0005509]; calcium-dependent phospholipid binding [GO:0005544] ANXA7_11; annexin A7/11 2/3 6100000 1484924 nucleus [GO:0005634]; RNA binding [GO:0003723]; zinc ion binding [GO:0008270]; RNA A0A0N4SVI8 Zinc finger protein 638 Zfp638 1273 N.D. 2/3 5960000 3648671 splicing [GO:0008380] nucleus [GO:0005634]; RNA binding [GO:0003723]; zinc ion binding [GO:0008270]; RNA E9QKZ7 Zinc finger protein 638 Zfp638 1275 N.D. 2/3 5960000 3648671 splicing [GO:0008380] A0A286YD19 Selenoprotein K Selenok 40 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 5930000 155563 axon terminus [GO:0043679]; axonal spine [GO:0044308]; cytoplasmic vesicle [GO:0031410]; dendrite [GO:0030425]; early endosome [GO:0005769]; early endosome membrane [GO:0031901]; endoplasmic reticulum membrane [GO:0005789]; endosome [GO:0005768]; integral component of membrane [GO:0016021]; intracellular membrane-bounded organelle [GO:0043231]; late endosome [GO:0005770]; mitochondrion [GO:0005739]; plasma membrane [GO:0005886]; recycling endosome [GO:0055037]; recycling endosome membrane SLC9A6_7; solute carrier family 9 [GO:0055038]; synapse [GO:0045202]; potassium:proton antiporter activity [GO:0015386]; A1L3P4 Sodium/hydrogen exchanger Slc9a6 702 (sodium/hydrogen exchanger), member 2/3 5625000 3882016 sodium:proton antiporter activity [GO:0015385]; axon extension [GO:0048675]; brain-derived 6/7 neurotrophic factor receptor signaling pathway [GO:0031547]; dendrite extension [GO:0097484]; dendritic spine development [GO:0060996]; neuron projection morphogenesis [GO:0048812]; potassium ion transmembrane transport [GO:0071805]; proton transmembrane transport [GO:1902600]; regulation of intracellular pH [GO:0051453]; regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway [GO:0051386]; sodium ion import across plasma membrane [GO:0098719]; synapse organization [GO:0050808] A2A4M9 Transmembrane protein 106A (Fragment) Tmem106a 156 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 5545000 445477 A2A4N0 Transmembrane protein 106A (Fragment) Tmem106a 171 integral component of membrane [GO:0016021] N.D. 2/3 5545000 445477 NDUFA6; NADH dehydrogenase NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex A0A2R8VI90 Ndufa6 72 N.D. (ubiquinone) 1 alpha subcomplex subunit 2/3 5510000 933381 subunit 6 6 Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] NQO2; ribosyldihydronicotinamide A0A1Y7VMA0 Nqo2 187 N.D. 2/3 5360000 2913280 (Fragment) dehydrogenase (quinone) [EC:1.10.5.1] SPR; sepiapterin reductase G3UXX3 Sepiapterin reductase Spr 219 N.D. 2/3 5325000 1944544 [EC:1.1.1.153] cytosol [GO:0005829]; nucleoplasm [GO:0005654]; sepiapterin reductase activity Spr SPR; sepiapterin reductase Q91XH5 Sepiapterin reductase (Sepiapterin reductase, isoform CRA_b) 262 [GO:0004757]; nitric oxide biosynthetic process [GO:0006809]; tetrahydrobiopterin biosynthetic 2/3 5325000 1944544 mCG_128676 [EC:1.1.1.153] process [GO:0006729] cytoplasm [GO:0005737]; trans-Golgi network membrane [GO:0032588]; phosphatidylinositol- 4-phosphate binding [GO:0070273]; phospholipid binding [GO:0005543]; protein domain E9QAY5 Predicted gene, 37240 Gm37240 252 ARFIP; arfaptin 2/3 5260000 2036468 specific binding [GO:0019904]; intracellular protein transport [GO:0006886]; regulation of protein secretion [GO:0050708] Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17; mitochondrial import inner D3Z1K5 Timm17a 70 N.D. 2/3 5210000 975807 Tim17-A (Fragment) membrane translocase subunit TIM17 GTP-binding protein SAR1a (SAR1 gene homolog A (S. COPII vesicle coat [GO:0030127]; endoplasmic reticulum [GO:0005783]; Golgi membrane Sar1a Sara1 SAR1; GTP-binding protein SAR1 Q99JZ4 cerevisiae)) (SAR1 gene homolog A (S. cerevisiae), isoform 198 [GO:0000139]; GTP binding [GO:0005525]; COPII-coated vesicle cargo loading [GO:0090110]; 2/3 4980000 2743574 mCG_15771 [EC:3.6.5.-] CRA_b) intracellular protein transport [GO:0006886] Nuclear ubiquitous casein and cyclin-dependent kinase A0A087WRY3 Nucks1 233 N.D. N.D. 2/3 4950000 2432447 substrate 1 FOXRED1; FAD-dependent FAD-dependent oxidoreductase domain-containing protein 1 F6UAF9 Foxred1 141 oxidoreductase activity [GO:0016491] oxidoreductase domain-containing 2/3 4580000 2291026 (Fragment) protein 1 A0A087WP00 Nucleolar protein 58 (Fragment) Nop58 195 N.D. NOP58; nucleolar protein 58 2/3 4285000 403051 A0A087WQ46 Nucleolar protein 58 (Fragment) Nop58 213 N.D. NOP58; nucleolar protein 58 2/3 4285000 403051 A0A0U1RPN7 Rho guanine nucleotide exchange factor 1 (Fragment) Arhgef1 233 cytoplasm [GO:0005737]; Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity [GO:0005089]; ARHGEF1; Rho guanine nucleotide 2/3 4265000 21213 100 regulation of Rho protein signal transduction [GO:0035023] exchange factor 1 ARHGEF1; Rho guanine nucleotide A0A0U1RPP2 Rho guanine nucleotide exchange factor 1 (Fragment) Arhgef1 192 cytoplasm [GO:0005737]; Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity [GO:0005089] 2/3 4265000 21213 exchange factor 1 Q3TZK9 Zinc finger protein 638 (Fragment) Zfp638 Zfml 891 RNA binding [GO:0003723]; RNA splicing [GO:0008380] N.D. 2/3 4250000 1230366 A0A2R8W6V7 Myosin-9 (Fragment) Myh9 110 myosin complex [GO:0016459]; motor activity [GO:0003774] N.D. 2/3 4230000 1824335 GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924]; mitochondrial fission DNM1L; dynamin 1-like protein A0A2U3TZ67 Dynamin-1-like protein Dnm1l 587 2/3 4230000 848528 [GO:0000266]; peroxisome fission [GO:0016559] [EC:3.6.5.5] GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924]; mitochondrial fission DNM1L; dynamin 1-like protein E9PUD2 Dynamin-1-like protein Dnm1l 712 2/3 4230000 848528 [GO:0000266]; peroxisome fission [GO:0016559] [EC:3.6.5.5] EXD2; exonuclease 3'-5' domain- A0A1W2P7Q1 Exonuclease 3'-5' domain-containing protein 2 (Fragment) Exd2 112 3'-5' exonuclease activity [GO:0008408]; nucleic acid binding [GO:0003676] 2/3 4205000 1138442 containing protein 2 [EC:3.1.11.1] TRIP12; E3 ubiquitin-protein ligase A0A087WRV6 E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12 (Fragment) Trip12 830 ubiquitin-protein transferase activity [GO:0004842] 2/3 4155000 2637508 TRIP12 [EC:2.3.2.26] PSMC3; 26S proteasome regulatory A0A087WPH7 26S proteasome regulatory subunit 6A (Fragment) Psmc3 305 ATP binding [GO:0005524]; proteasome-activating ATPase activity [GO:0036402] 2/3 4077500 4387598 subunit T5 cytoplasm [GO:0005737]; ATP binding [GO:0005524]; proteasome-activating ATPase activity PSMC3; 26S proteasome regulatory B7ZCF1 26S proteasome regulatory subunit 6A Psmc3 451 2/3 4077500 4387598 [GO:0036402]; protein catabolic process [GO:0030163] subunit T5 PSMC3; 26S proteasome regulatory F6Q2E3 26S proteasome regulatory subunit 6A (Fragment) Psmc3 203 proteasome-activating ATPase activity [GO:0036402] 2/3 4077500 4387598 subunit T5 catalytic step 2 spliceosome [GO:0071013]; nuclear speck [GO:0016607]; U11/U12 snRNP Sf3b1 [GO:0034693]; U12-type spliceosomal complex [GO:0005689]; U2 snRNP [GO:0005686]; U2- G5E866 Splicing factor 3B subunit 1 (Splicing factor 3b, subunit 1) 1304 SF3B1; splicing factor 3B subunit 1 2/3 3640000 777817 mCG_117542 type precatalytic spliceosome [GO:0071005]; mRNA binding [GO:0003729]; spliceosomal complex assembly [GO:0000245] axon terminus [GO:0043679]; axonal spine [GO:0044308]; cytoplasmic vesicle [GO:0031410]; dendrite [GO:0030425]; early endosome [GO:0005769]; early endosome membrane [GO:0031901]; endoplasmic reticulum membrane [GO:0005789]; endosome [GO:0005768]; integral component of membrane [GO:0016021]; intracellular membrane-bounded organelle [GO:0043231]; late endosome [GO:0005770]; mitochondrion [GO:0005739]; plasma membrane [GO:0005886]; recycling endosome [GO:0055037]; recycling endosome membrane SLC9A6_7; solute carrier family 9 Solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), member [GO:0055038]; synapse [GO:0045202]; potassium:proton antiporter activity [GO:0015386]; D3Z0Q9 Slc9a6 313 (sodium/hydrogen exchanger), member 2/3 3460000 820244 6 (Fragment) sodium:proton antiporter activity [GO:0015385]; axon extension [GO:0048675]; brain-derived 6/7 neurotrophic factor receptor signaling pathway [GO:0031547]; dendrite extension [GO:0097484]; dendritic spine development [GO:0060996]; neuron projection morphogenesis [GO:0048812]; potassium ion transmembrane transport [GO:0071805]; proton transmembrane transport [GO:1902600]; regulation of intracellular pH [GO:0051453]; regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway [GO:0051386]; sodium ion import across plasma membrane [GO:0098719]; synapse organization [GO:0050808] endoplasmic reticulum [GO:0005783]; Golgi apparatus [GO:0005794]; GTP binding SAR1; GTP-binding protein SAR1 A0A1W2P6N3 GTP-binding protein SAR1a (Fragment) Sar1a 131 [GO:0005525]; intracellular protein transport [GO:0006886]; vesicle-mediated transport 2/3 2685000 502046 [EC:3.6.5.-] [GO:0016192] 6-phosphofructokinase activity [GO:0003872]; fructose 6-phosphate metabolic process pfkA; 6-phosphofructokinase 1 A0A1W2P7T1 ATP-dependent 6-phosphofructokinase, liver type (Fragment) Pfkl 167 2/3 2665000 827315 [GO:0006002] [EC:2.7.1.11] A0A2R8VJN7 Spermatogenesis-associated serine-rich protein 2 (Fragment) Spats2 160 N.D. N.D. 2/3 2660000 56569 A0A2R8VJY7 Spermatogenesis-associated serine-rich protein 2 (Fragment) Spats2 160 N.D. N.D. 2/3 2660000 56569 A0A2R8W6M8 Spermatogenesis-associated serine-rich protein 2 (Fragment) Spats2 255 N.D. N.D. 2/3 2660000 56569 A0A2R8W6T4 Spermatogenesis-associated serine-rich protein 2 (Fragment) Spats2 200 N.D. N.D. 2/3 2660000 56569 extracellular space [GO:0005615]; Golgi apparatus [GO:0005794]; androgen catabolic process [GO:0006710]; cell adhesion [GO:0007155]; cellular response to testosterone stimulus F8WIP8 Osteopontin Spp1 295 [GO:0071394]; ossification [GO:0001503]; positive regulation of estradiol secretion SPP1; secreted phosphoprotein 1 2/3 2590000 1131371 [GO:2000866]; positive regulation of transcription, DNA-templated [GO:0045893]; response to vitamin D [GO:0033280] F6ZZ61 Testis-expressed protein 10 (Fragment) Tex10 338 N.D. IPI1; pre-rRNA-processing protein IPI1 2/3 2585000 1619275 A0A2R8VHW8 La-related protein 4 Larp4 107 N.D. N.D. 2/3 2490000 1202082 integral component of membrane [GO:0016021]; calcium ion binding [GO:0005509]; G protein- A0A0D9SEG8 Adhesion G protein-coupled receptor E5 Adgre5 724 ADGRE5; CD97 antigen 2/3 2465000 558614 coupled receptor activity [GO:0004930]; cell surface receptor signaling pathway [GO:0007166] integral component of membrane [GO:0016021]; calcium ion binding [GO:0005509]; G protein- E9QJS7 Adhesion G protein-coupled receptor E5 Adgre5 Cd97 818 ADGRE5; CD97 antigen 2/3 2465000 558614 coupled receptor activity [GO:0004930]; cell surface receptor signaling pathway [GO:0007166] 101 integral component of membrane [GO:0016021]; calcium ion binding [GO:0005509]; G protein- E9QMJ5 Adhesion G protein-coupled receptor E5 Adgre5 Cd97 773 ADGRE5; CD97 antigen 2/3 2465000 558614 coupled receptor activity [GO:0004930]; cell surface receptor signaling pathway [GO:0007166] integral component of membrane [GO:0016021]; calcium ion binding [GO:0005509]; G protein- Q9DC42 Adhesion G protein-coupled receptor E5 Adgre5 Cd97 722 ADGRE5; CD97 antigen 2/3 2465000 558614 coupled receptor activity [GO:0004930]; cell surface receptor signaling pathway [GO:0007166] nucleus [GO:0005634]; Ran GTPase binding [GO:0008536]; intracellular protein transport CSE1; exportin-2 (importin alpha re- E9Q1T9 Exportin-2 Cse1l 915 2/3 2370000 1541493 [GO:0006886] exporter) F7D1H9 Exportin-2 (Fragment) Cse1l 74 Ran GTPase binding [GO:0008536] 2/3 2370000 1541493 NAD+ binding [GO:0070403]; NAD-dependent histone deacetylase activity [GO:0017136]; zinc SIRT2; NAD-dependent deacetylase A0A140LHL5 NAD-dependent protein deacetylase (EC 3.5.1.-) Sirt2 351 2/3 2010000 509117 ion binding [GO:0008270] sirtuin 2 [EC:3.5.1.-] SBF1_2; myotubularin-related protein D6RG52 Myotubularin-related protein 5 Sbf1 403 N.D. 2/3 1969000 1542907 5/13 E9QA45 GTP-binding protein 2 Gtpbp2 604 GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924] N.D. 2/3 1965000 77782 Peroxisomal membrane protein PMP34 (Solute carrier family SLC25A17; solute carrier family 25 Slc25a17 integral component of membrane [GO:0016021]; transmembrane transporter activity A0A2R8VI88 25 (Mitochondrial carrier, peroxisomal membrane protein), 186 (peroxisomal adenine nucleotide 2/3 1730000 410122 mCG_8798 [GO:0022857] member 17, isoform CRA_f) transporter), member 17 selB; selenocysteine-specific elongation A0A0N4SUU3 Selenocysteine-specific elongation factor (Fragment) Eefsec 266 GTP binding [GO:0005525]; GTPase activity [GO:0003924] 2/3 1595000 586899 factor D6RJ12 Serum paraoxonase/lactonase 3 Pon3 74 N.D. N.D. 2/3 1197500 399515 Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 integral component of membrane [GO:0016021]; mechanosensitive ion channel activity PIEZO1_2; piezo-type mechanosensitive F6PYU5 Piezo1 Fam38a 1085 2/3 622500 184555 (Fragment) [GO:0008381] ion channel component 1/2 Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 integral component of membrane [GO:0016021]; mechanosensitive ion channel activity PIEZO1_2; piezo-type mechanosensitive F6QY99 Piezo1 Fam38a 1003 2/3 622500 184555 (Fragment) [GO:0008381] ion channel component 1/2 integral component of membrane [GO:0016021]; mechanosensitive ion channel activity PIEZO1_2; piezo-type mechanosensitive F7AC58 Piezo-type mechanosensitive ion channel component Piezo1 Fam38a 2547 2/3 622500 184555 [GO:0008381] ion channel component 1/2 N.D.: No determinado. D.E.: Desviación estándar. En letra grande y negrita se encuentran proteínas detectadas en 3/3 muestras. Las proteínas se encuentran agrupadas por especie (B. abortus y M. musculus) y ordenadas descendentemente por promedio de intensidad.