Extraction and amplification of DNA from orchid exsiccates conserved for more than half a century in a herbarium in Bogotá, Colombia
Fecha
Tipo
artículo original
Autores
Mazo, Laura C.
Gómez, Alberto
Quintanilla, Sonia R.
Bernal Villegas, Jaime E.
Ortiz Valdivieso, Pedro
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Editor
Universidad de Costa Rica
Resumen
Descripción
Plant tissue from herbarium specimens contains DNA that has undergone post-mortem degradation. Only small amounts of possibly degraded genetic material free of chemicals and impurities can be extracted from these samples. The aim of the present work was to compare and determine which one of three previously published plant DNA extraction protocols would extract good quality DNA from orchid herbarium specimens stored up to 63 years, susceptible of PCR amplification and Sanger sequencing. The most effective protocol for this type of samples allowed us to obtain and sequence amplified products in 6 of the 7 samples studied with an optimal DNA / protein purity relationship.
Los tejidos vegetales provenientes de muestras de herbario contienen ADN que ha sufrido degradación post-mortem. Solo pequeñas cantidades de material genético eventualmente degradado, libre de químicos e impurezas, puede ser extraído de dichas muestras. El presente trabajo buscó comparar y determinar cuál de los tres protocolos de extracción seleccionados, que habían sido publicados previamente para ADN vegetal, permitía extraer ADN de buena calidad, susceptible de ser amplificado y secuenciado, a partir de exsicados de orquídeas conservadas en herbario hasta por 63 años. De los protocolos evaluados, el más eficaz permitió obtener y secuenciar productos amplificados en 6 de las 7 muestras estudiadas, con las mejores relaciones de pureza ADN / proteína.
Los tejidos vegetales provenientes de muestras de herbario contienen ADN que ha sufrido degradación post-mortem. Solo pequeñas cantidades de material genético eventualmente degradado, libre de químicos e impurezas, puede ser extraído de dichas muestras. El presente trabajo buscó comparar y determinar cuál de los tres protocolos de extracción seleccionados, que habían sido publicados previamente para ADN vegetal, permitía extraer ADN de buena calidad, susceptible de ser amplificado y secuenciado, a partir de exsicados de orquídeas conservadas en herbario hasta por 63 años. De los protocolos evaluados, el más eficaz permitió obtener y secuenciar productos amplificados en 6 de las 7 muestras estudiadas, con las mejores relaciones de pureza ADN / proteína.
Palabras clave
dna, adna, orchids, matk, exsiccates, herbarium, dna, adna, orchids, matk, exsiccates, herbarium