Biología
URI permanente para esta colecciónhttps://hdl.handle.net/10669/273
Examinar
Envíos recientes
Ítem Myxomycetes of the Monte Alto Protected Zone in Costa Rica: a case study(2023-11-05) Rojas Alvarado, Carlos Alonso; Rojas Camacho, Pedro; Méndez García, MiguelA survey of myxomycetes was carried out during 2022 in the Monte Alto Protected Zone in Guanacaste, Costa Rica. Eighty samples of ground litter were collected from the premises around the headquaters and studied with the moist chamber technique. The resulting dataset was compared with an equivalent set from the Caribbean side of the country obtained in the same forest type in order to evaluate the previous observation that forests on the Pacific slope of Costa Rica seem to be associated with higher values of alpha diversity, when surveys are based on sporocaps and morphospecies. Results supported such observation to a degree, but also showed that the overlap among species assemblages within the same forest type could be affected by a different history of forest management. In the case of the Monte Alto Protected Zone, the observed diversity of myxomycetes suggested that the forests of this area have responded succesfully to the reforestation processes that took place more than 30 years ago.Ítem The power of teaming up: three stories of directed research in mycology(2023-12-08) Rojas Alvarado, Carlos Alonso; Doss, Robin G.Between 2009 and 2011, we came to Costa Rica as part of an educational program established in the country intended to give American students an opportunity to learn about sustainability in the tropics. We were given the task to coordinate three teams of students and carry out, in only one week each time, a quick field project focused on documenting ecological aspects of fungi that could be used for conservation purposes later on. Herein, we provide more details about these experiences and ellaborate on the consequences of what we did. Our effort may have even had greater impact on us,than the impact we had on the students that we worked with.Ítem Effect of spatial and temporal urban isolation on the genetic diversity, acoustic variation, and morphological characteristics of an urban survivor bird species(2025) Cueva Robles, Luis Fernando; Fuchs Castillo, Eric; Barrantes Montero, Gilbert; Madrigal Brenes, Ruth; Sandoval Vargas, Luis AndrésUrbanization modifies ecosystems by fragmenting natural habitats and increasing isolation between populations. Therefore, a reduction in gene flow among isolated populations is expected with greater distance and time since fragmentation. Changes in the structure, density, or community composition of the remaining habitats often result in species' differences of acoustic and morphological traits. However, the relationship between genetics, vocalizations, and morphological divergence in urban areas over time remains poorly understood. We analyzed ten years of genetic, acoustic, and morphological data from isolated populations of the white-eared ground-sparrow. We recorded and measured five acoustic traits, six morphological traits, and used seven microsatellites (SSRs) to compare the effect of urban expansion on the acoustics, morphology, and gene flow patterns across populations over a 10-year period. We found an increase in inbreeding, song duration, number of elements, and frequency of maximum amplitude, but a decrease in female body size and changes in male beak, decreasing size in one population and increasing in another. In general, we found changes in all characteristics studied but only found a significant correlation between genetic diversity and the acoustic characteristics of songs. Our results corroborate that urbanization acts as an important barrier for white-eared ground-sparrow which leads to significant divergence in genetic and behavioral traits.Ítem Normalized results of Latin America's mycological visibility: are they a good proxy of potential impact?(2024-12-10) Parra López, Camila; Mardones Hidalgo, Melissa; Rojas Alvarado, Carlos AlonsoIn the context of scientific research, a valid sociopolitical argument of evaluation is the impact of studies. Scientists and policy makers tend to differ on their opinion about the role of science to prioritize collective needs, and the social validation of scientific activities has become a leverage tool for both parties. In this context, we wondered whether or not simple online queries could be used as tools to address potential scientific impact, which in the case of fungal research in Latin America, might allow the visualization of patterns that otherwise are obscured by gross scientific productivity.Ítem Determinación de dimorfismo sexual de Gynaikothrips garitacambroneroi (Thysanoptera: Phlaeotripidae) inductor de agallas en Ficus benjamina(2006) Garita Cambronero, Jerson; Lizano Fallas, VerónicaEn este trabajo se busca determinar la existencia de dimorfismo sexual en Gynaikothrips garitacambroneroi (Retana-Salazar), involucrado en la formación de agallas en árboles de Ficus benjamina. El estudio se llevó a cabo en las regiones central y occidental del Valle Central de Costa Rica (VC), se recolectaron un total de 40 agallas en cada sitio, se midieron y compararon varias características morfológicas de los insectos, determinando la variación entre sexos y poblaciones mediante un análisis de factores discriminantes, además se cuantificó la abundancia en las agallas del thrips depredador Androthrips ramachandrai (Karny). Se obtuvo que sí se presenta dimorfismo sexual en la especie objetivo, así como una diferenciación morfológica entre las poblaciones. El sitio que presentó la mayor abundancia de A. ramachandari fue la región central del VC.Ítem Establishing monoxenic culture of arbuscular mycorrhizal fun- 2 gus Glomus sp. through in vitro root organ culture and 3 Swietenia macrophylla King in vitro cultures(2025) Romero Ceciliano, Marysol; Andrade Torres, Antonio; Artavia Salazar, Evelyn; Solís Ramos, Laura YeseniaIn vitro cultivation of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) is challenging due to their biotrophic symbiosis. The principal aim of this study was to demonstrate the effect of establishing in vitro dual cultures of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) inoculated on Swietenia macrophylla (mahogany) roots on plant growth. Furthermore, it was sought to demonstrate that plant colonisation by the Glomeromycota can be achieved with a replicable protocol. This study established monoxenic cultures of carrot (Daucus carota) Ri T-DNA ROC inoculated with Glomus sp. on two-compartment plates. At 75 days, hyphal growth reached 223.93 mm in the root compartment and 103.71 mm in the hyphal compartment. Spores produced in vitro measured 26.14 ± 1.70 μm, smaller than ex vitro spores (101.2 ± 4.22 μm). Rhodotorula mucilaginosa was isolated from cultures and appeared to stimulate hyphal growth and root-fungal contact. From these cultures, dual culture of mahogany inoculated with Glomus sp. were established. No significant differences were observed between inoculated and non-inoculated plants in stem length, root length, root number, or leaf number at 30 days. Spore production ranged from 10 166 to 27 696 per plate, averaging 14 795 ± 3,301, with hyphal lengths of 3 655.46 ± 308.75 mm. Hyphal development included running and branching patterns, with solitary and clustered spores. Spore diameter averaged 27.68 ± 3.85 μm. Arbuscular colonisation reached 41.49% at 30 days and 52.13% at 75 days, exceeding rates reported for other culture systems. Monoxenic cultures are a reliable, aseptic source of high-quality inoculum, supporting biofertilizer production and biotechnological applications. These methods provide valuable tools for studies involving AMF, such as those demonstrated with mahogany.Ítem The impact of host biogeography, ecology, evolutionary history, and architecture on the structure of rolled-leaf beetle assemblages(2025-01-21) Chaves Fallas, José Miguel; García Robledo, Carlos; Carlsen, Mónica M.; Vargas, Orlando; Rojas Gómez, Mónica; Marquis, Robert J.Determining the factors affecting the structure of insect herbivore communities is a major challenge in ecology. Previous research demonstrated that plant defenses determine plant-herbivore associations. However, non-defensive variables may also explain why some plant species are associated with more diverse insect herbivore assemblages than others. Neotropical rolled-leaf beetles (Cephaloleia and Chelobasis) complete their life cycle inside the young rolled leaves of their host plants in the order Zingiberales. The diet breadth of each species in this assemblage is particularly well-known at our study site, La Selva Biological Station in Costa Rica. This study focused on the following non-defensive variables: host plant elevational and geographic range size, soil type, habitat, local abundance, plant size, and leaf size. Because plant characteristics among closely related plants are not independent, we analyzed these variables in a phylogenetic context. We detected a positive effect of leaf width on rolled-leaf beetle species richness (explaining 55% of the variation), abundance (28% of the variation and 57% when habitat is included in the model), diversity (37% of the variation), and community structure (6% of the variation, and 21%–26% when taxonomic family is included in the model). Our study demonstrates that Zingiberales leaf width influences positively rolled-leaf beetle species richness, abundance, and diversity. This effect varies among plant families. Our study shows that plant architecture plays an important role in structuring insect herbivore assemblages in Zingiberales. Our results highlight the importance of including variables beyond plant defenses to understand the ecology and evolution of plant-herbivore interactions.Ítem Aislamiento y caracterización de elementos genéticos involucrados en la formación de la agalla inducida por el insecto Iatrophobia brasiliensis en plantas de Manihot esculenta (yuca)(2025-02-08) Gätjens Boniche, Omar; Pinto Tomás, Adrián AlbertoLas agallas se definen como desviaciones del patrón normal de desarrollo de las plantas, formadas como resultado de una reacción específica a la presencia y actividad de un organismo “foráneo”. Las agallas de plantas inducidas por insectos son tejidos especializados que presentan un arreglo ordenado de diferentes capas de células y un crecimiento predeterminado. En estas estructuras, su tamaño, forma y metabolismo están bajo el control del respectivo insecto inductor. Se han propuesto una serie de hipótesis para tratar de explicar el mecanismo de inducción de las agallas de plantas. La hipótesis más relevante plantea que las agallas son inducidas por la acción de sustancias químicas secretadas por los respectivos insectos inductores, tales sustancias incluirían reguladores de crecimiento vegetal como las auxinas, citoquininas, ácido indolacético u otros tipos de compuestos. Sin embargo, el modo de acción de estas sustancias químicas, los procesos de desarrollo que estas alteran y su mecanismo específico de inducción son aún desconocidos. Para estudiar el mecanismo de inducción, se seleccionó como sistema de estudio la agalla inducida por el insecto Iatrophobia brasiliensis (Diptera: Cecidomyiidae) en plantas de la especie Manihot esculenta Crantz (yuca). En esta tesis, se proponen varios enfoques experimentales para estudiar el proceso de inducción y formación de las agallas de insectos. El planteamiento del problema y las hipótesis principales se abordan en tres artículos científicos con el respaldo de una amplia revisión crítica de literatura, misma que a su vez, respalda el diseño experimental y el enfoque metodológico empleado. Este planteamiento constituye la base del primer artículo, del cual se derivan además una serie de predicciones que se describen a partir de los resultados obtenidos en los dos artículos publicados posteriormente. En el segundo artículo, se describe el registro e inventario de morfotipos de agallas realizado en el Área de Conservación Guanacaste, material genético que sirvió de base para analizar, en esos morfotipos de agallas, la presencia y secuencia de bases del posible marcador identificado y caracterizado inicialmente en la agalla de yuca. Luego, en el tercer artículo, marcadores moleculares basados en la reacción en cadena de la polimerasa y datos provenientes de secuenciación genómica profunda fueron utilizados para identificar posibles elementos genéticos involucrados en la formación de la agalla de yuca. Además, se evaluó la hipótesis de que las células de la agalla están transformadas genéticamente y se analizó el microbioma de las agallas y del tejido sano circundante. Se aplicó un análisis discriminante de secuencias para excluir selectivamente entre el ADN exógeno y el genoma de referencia de la planta huésped. A partir de este enfoque experimental, se identificaron varias secuencias candidatas de inserción asociadas con secuencias conocidas de genes bacterianos, siendo las más relevantes las relacionadas con el factor regulador de la transcripción CadR, la ATPasa transportadora de cadmio, codificada por el gen cadA, una proteína permeasa involucrada en el transporte de nitrato (gen nrtB) y la enzima ATPasa arsénica (gen arsA). Además, se caracterizó un fragmento de ADN específico de agallas que podría constituir un elemento genético accesorio involucrado en el mecanismo de inducción, el cual mostró homología parcial con la enzima conjugadora de ubiquitina E2 Q2 del hongo Fulvia fulva. Finalmente, el tercer artículo proporciona también evidencias relacionadas con la modificación del microbioma endofítico, resultados que conjuntamente con la transformación genética de las células vegetales en M. esculenta, se hipotetiza constituyen dos requisitos esenciales para la formación de las agallas en las plantas de yuca. Adicionalmente, se obtuvo experimentalmente una estructura inicial similar a una agalla en los tejidos cultivados in vitro de M. esculenta que fueron inoculados utilizando una cepa bacteriana del género Rhodococcus, aislada a partir del insecto inductor y que se plantea podría estar relacionada con el proceso de inducción de la agalla. En conclusión, los resultados obtenidos en esta investigación aportan evidencias en relación con la transformación genética de las células que conforman el tejido de la agalla inducida en plantas de yuca. Considerando la evidencia aportada en relación con la presencia del posible marcador molecular (gen de ubiquitina) en diferentes morfotipos de agallas inducidas en otras especies de plantas, la transformación genética de las células de la agalla podría ser parte de un mecanismo de inducción de este tipo de estructuras ampliamente distribuido en la naturaleza.Ítem Variacion anual en las vocalizaciones de las aves urbanas dentro y fuera de su época reproductiva(2025) Lindwedel Cruz, Andrew José; Sandoval Vargas, Luis AndrésUrbanization is one of the main causes of biodiversity loss, as it replaces natural habitats with cities. However, birds have managed to adapt to urban ecosystems, although they face challenges such as habitat fragmentation, disease transmission, competition with exotic species and noise pollution. These factors affect their behavior, including vocal communication, which is essential for reproduction and territorial defense. Urban birds employ adaptive strategies, such as changing singing times or increasing the frequency of their vocalizations, to overcome environmental noise. This, however, involves greater energy expenditure and can negatively impact their reproductive success and health, increasing stress and modifying their circadian cycles. The study focuses on evaluating the change in bird vocalizations within and outside their breeding season, along an urban gradient. In the first section, we evaluate the change in the production of duets, based on the four-eyed finch (Melozone leucotis), a bird that inhabits diverse areas, including rural, peri-urban and urban environments. Its ability to vocalize throughout the year and its varied repertoire make it ideal for studying the effects of urbanization on its vocalizations. On the other hand, in the second section, we evaluated the number of nocturnal vocalizations and dawn choruses during a year along an urban gradient. To do this, we quantified the number of nocturnal vocalizations that were emitted by diurnal birds during the night, and we also studied how the richness and composition of dawn choruses can vary with respect to the degree of urbanization, the reproductive season, and also their relationship with the levels of light and noise pollution.Ítem Relaciones filogenéticas entre individuos de la clase Ascidiacea (Tunicata) distribuidos en la costa Pacífico Norte de Costa Rica(2025) Cordón Krumme, María Isabel ; Alvarado Barrientos, Juan JoséLa clase Ascidiacea, perteneciente al filo Chordata y subfilo Urochordata, agrupa organismos exclusivamente marinos, sésiles y hermafroditas, con cuerpos de formas irregulares. Es el grupo más diverso del filo Tunicata, desempeñan roles ecológicos clave como filtradores y bioindicadores ambientales. Además, su relevancia se extiende al ámbito evolutivo debido a su cercana relación filogenética con los vertebrados. La identificación morfológica de ascidias enfrenta desafíos debido a su complejidad estructural, lo que ha fomentado el uso creciente de herramientas moleculares para la identificación de especies y elucidar sus relaciones filogenéticas. Sin embargo, en Centroamérica, particularmente en Costa Rica, los estudios tanto morfológicos como moleculares de este grupo son limitados. Este estudio tuvo como objetivo identificar morfológica y molecularmente las especies de la clase Ascidiacea presentes en el Pacífico Norte de Costa Rica y reconstruir sus relaciones filogenéticas mediante inferencia bayesiana y máxima verosimilitud, empleando los marcadores moleculares mtCOI y 18s rRNA. Entre 2019 y 2024, se recolectaron 456 especímenes en 32 sitios de muestreo ubicados en la costa norte del Pacífico costarricense. Estos especímenes representan 33 especies distribuidas en 16 géneros, siete familias y tres órdenes. Los resultados revelaron agrupamientos filogenéticos estables dentro de la clase Ascidiacea, en su mayoría consistentes con la clasificación taxonómica actual. El marcador mtCOI mostró una mayor resolución taxonómica en comparación con el 18s rRNA. Este estudio contribuye significativamente al conocimiento de la diversidad de ascidias en la región, resaltando el valor de las herramientas moleculares para abordar los vacíos existentes en su taxonomía y filogenia.Ítem Caracterización filogenética de Cucurbit yellow stunting disorder virus en cultivos de cucurbitáceas en Costa Rica(2024) Agudelo Ibañez, Natalia Carolina; Karkashian Córdoba, James PatrickLa familia de las cucurbitáceas incluye muchas especies con valor alimentario y económico, pero su producción se ve afectada por enfermedades, entre ellas el virus del retraso del crecimiento amarillo de las cucurbitáceas (Cucurbit yellow stunting disorder virus, CYSDV). Este virus es transmitido por la mosca blanca (Bemisia tabaci y Trialeurodes vaporarium), y causa síntomas como clorosis interveinal, moteado clorótico y retraso del crecimiento. El objetivo de esta investigación fue identificar la presencia del CYSDV en cultivos de cucurbitáceas en Costa Rica y realizar un análisis filogenético de los aislamientos. De las 230 muestras analizadas, incluyendo melón, sandía y dos especies de calabaza, 50 fueron positivas para CYSDV. Se obtuvieron 26 secuencias del gen de la proteína de cubierta (CP) y 43 secuencias del gen de la proteína de choque térmico (HSP70h). El análisis filogenético del gen CP mostró un 100 % de identidad con una cepa de Guatemala, agrupando los aislados de Costa Rica en un solo clado y generando otro clado con aislados de Estados Unidos, España y Oriente Medio. Para el gen HSP70h, se identificaron valores de identidad superiores al 96 % con aislados de Estados Unidos, Oriente Medio y España. Sin embargo, estos aislados formaron un grupo independiente de los aislados costarricenses en los análisis filogenéticos. La variabilidad genética del CYSDV en Costa Rica es baja considerando las diferentes regiones y cultivos muestreados durante esta investigación. Este estudio es el primer informe oficial del CYSDV en Costa Rica.Ítem The Gongora gibba genome assembly provides new insights into the evolution of floral scent in male euglossine bee-pollinated orchids(2024-09-04) Guízar Amador, María Fernanda; Darragh, Kathy; Liu, Jasen W.; Dean, Cheryl; Bogarín Chaves, Diego Gerardo; Pérez Escobar, Oscar Alejandro; Serracín Hernández, Zuleika; Pupulin, Franco; Ramírez, Santiago R.Orchidaceae is one of the most prominent flowering plant families, with many species exhibiting highly specialized reproductive and ecological adaptations. An estimated 10% of orchid species in the American tropics are pollinated by scent-collecting male euglossine bees; however, to date, there are no published genomes of species within this pollination syndrome. In this study, we present the first draft genome of an epiphytic orchid from the genus Gongora, a representative of the male euglossine bee–pollinated subtribe Stanhopeinae. The 1.83-Gb de novo genome with a scaffold N50 of 1.7 Mb was assembled using short- and long-read sequencing and chromosome capture (Hi-C) information. Over 17,000 genes were annotated, and 82.95% of the genome was identified as repetitive content. Furthermore, we identified and manually annotated 26 terpene synthase genes linked to floral scent biosynthesis and performed a phylogenetic analysis with other published orchid terpene synthase genes. The Gongora gibba genome assembly will serve as the foundation for future research to understand the genetic basis of floral scent biosynthesis and diversification in orchids.Ítem Fenología de abejas euglossinas y su interacción con las orquídeas en un bosque humedo tropical de Costa Rica(2025-01-31) Rengifo Alfonso, Nicolás; Fernández Otárola, MauricioLa polinización es una interacción clave para la biodiversidad y los ecosistemas. En los trópicos, las abejas Euglossini desempeñan un papel crucial en la polinización de las orquídeas, pero se sabe poco sobre cómo los cambios climáticos, como las precipitaciones, afectan a estas interacciones. Aunque las abejas dependen de los recursos florales, la dinámica de estas relaciones varía con el tiempo. La fenología estudia los ciclos biológicos y sus relaciones con el clima, que afectan a la abundancia de insectos a lo largo del año. Este estudio analiza cómo interactúan las abejas Euglossini y las orquídeas en un bosque tropical húmedo de Costa Rica y cómo influye la precipitación en esas interacciones. La investigación se llevó a cabo en la Estación Biológica La Selva, Costa Rica, que se caracteriza por un clima tropical húmedo. Se recogieron muestras mensuales de machos de abejas Euglossini mediante cebos químicos. Se contaron todos los machos y se colectaron aquellos que tenían polinarios en sus cuerpos, para construir redes de interacción bipartitas y ver el efecto de la precipitación en la riqueza, abundancia de los machos y los cambios en las redes de interacción entre las temporadas de bajas y altas precipitaciones. Un total de 4994 machos fueron contados y fueron capturados 623 machos que contenían 643 polinarios. Se encontraron patrones de estacionalidad en 20 especies de euglosinos, y 4 mostraron correlaciones significativas con las precipitaciones. La red durante la estación lluviosa fue relativamente grande, pero ambas estaciones tuvieron valores similares de anidamiento. Hubo una correlación positiva entre la abundancia de machos euglosinos y polinarios. Este estudio es pionero en documentar la fenología de las interacciones entre las abejas Euglossini y las orquídeas en la región Neotropical, destacando el impacto de la precipitación en estas redes ecológicas. A diferencia de estudios anteriores en los que las interacciones se concentraban en las estaciones secas, se observó una mayor actividad durante la estación lluviosa. Futuros estudios deberán integrar herramientas moleculares y análisis químicos para mejorar la identificación de especies y comprender mejor las relaciones entre las abejas Euglossini y las orquídeas.Ítem Producción optimizada de vitamina B12 en Pseudomonas putida kt2440 con herramientas de biología sintética(2024-11) Satuye Prieto de Lima, Thomaz; Rojas Jiménez, KeilorLa vitamina B₁₂, o cobalamina, es un cofactor en actividades enzimáticas y desempeña diversos roles en la fisiología humana. B₁₂ es una vitamina compleja de alto valor para la industria farmacéutica, alimentaria y de producción de aditivos. El sistema de producción actual utiliza bacterias como Pseudomonas denitrificans de crecimiento lento y difícil mejora genética. El presente proyecto propone el uso de Pseudomonas putida KT2440 como un modelo alternativo para la producción de vitamina B₁₂ debido a que posee un chasis robusto para modificaciones genéticas, contiene genes de la ruta biosintética de la vitamina y además existe un gran interés en producir este compuesto utilizando medios biotecnológicos. El proyecto permitió curar y se modificar un modelo metabólico a escala genómica de Pseudomonas putida KT2440 y se evaluaron diferentes estrategias para optimizar la producción de cobalamina utilizando los algoritmos Knockin y OptGene del COBRA Toolbox. También se examinó la presencia de riboswitches como elementos cis-reguladores y se calcularon los rendimientos teóricos de crecimiento de biomasa y producción de vitamina B₁₂ utilizando un análisis de equilibrio de flujos. Según el análisis de equilibrio de flujos (FBA) de P. putida KT2440 en condiciones de cultivo, los valores de producción de biomasa podrían alcanzar 1.802 gDW-1·hr-1·L-1, y la producción de vitamina B₁₂ podría llegar a 0.359 µmol·gDW-1·hr-1·L-1. El proyecto logró identificar dos reacciones adicionales para P. putida KT2440 que resultarían en un incremento de 14 veces mayor de tasa teórica de síntesis de vitamina B₁₂ calculada en comparación con el control Pseudomonas denitrificans. Específicamente, se propone la adición de genes de enlace de aminopropanol y la modificación de riboswitches permitirían que P. putida KT2440 sea un chasis adecuado para la producción industrial de vitamina B₁₂.La vitamina B₁₂, o cobalamina, es un cofactor en actividades enzimáticas y desempeña diversos roles en la fisiología humana. B₁₂ es una vitamina compleja de alto valor para la industria farmacéutica, alimentaria y de producción de aditivos. El sistema de producción actual utiliza bacterias como Pseudomonas denitrificans de crecimiento lento y difícil mejora genética. El presente proyecto propone el uso de Pseudomonas putida KT2440 como un modelo alternativo para la producción de vitamina B₁₂ debido a que posee un chasis robusto para modificaciones genéticas, contiene genes de la ruta biosintética de la vitamina y además existe un gran interés en producir este compuesto utilizando medios biotecnológicos. El proyecto permitió curar y se modificar un modelo metabólico a escala genómica de Pseudomonas putida KT2440 y se evaluaron diferentes estrategias para optimizar la producción de cobalamina utilizando los algoritmos Knockin y OptGene del COBRA Toolbox. También se examinó la presencia de riboswitches como elementos cis-reguladores y se calcularon los rendimientos teóricos de crecimiento de biomasa y producción de vitamina B₁₂ utilizando un análisis de equilibrio de flujos. Según el análisis de equilibrio de flujos (FBA) de P. putida KT2440 en condiciones de cultivo, los valores de producción de biomasa podrían alcanzar 1.802 gDW-1·hr-1·L-1, y la producción de vitamina B₁₂ podría llegar a 0.359 µmol·gDW-1·hr-1·L-1. El proyecto logró identificar dos reacciones adicionales para P. putida KT2440 que resultarían en un incremento de 14 veces mayor de tasa teórica de síntesis de vitamina B₁₂ calculada en comparación con el control Pseudomonas denitrificans. Específicamente, se propone la adición de genes de enlace de aminopropanol y la modificación de riboswitches permitirían que P. putida KT2440 sea un chasis adecuado para la producción industrial de vitamina B₁₂.Ítem No hay salud sin salud mental(2014) Raventós Vorst, HenrietteEditorial sobre la importancia de abordar la salud desde una perspectiva integral que priorice tanto la prevención y el tratamiento de problemas de la salud mental cuanto los padecimientos físicos .Ítem Principal domains of quantitative anxiety trait in subjects with lifetime history of mania(2011-07-19) Contreras Rojas, Javier; Hare, Elizabeth; Escamilla, Michael A.; Raventós Vorst, HenrietteBackground: High comorbidity rates for anxiety have been documented in subjects with history of mania or hypomania. We explored the presence of latent constructs of quantitative anxiety in subjects who have a history of mania or hypomania. Methods: We conducted an exploratory factor analysis of anxiety trait in 212 subjects who have a lifetime history of at least one manic/hypomanic syndrome. Participants were originally recruited for a Costa Rican sibling pair genetic study of Bipolar Disorder. We used principal factors extraction method with squared multiple correlations (SAS/SAT Professional software) of the STAI (trait subscale). Results: A three-factor solution with a good simple structure and statistical adequacy was obtained with a KMO of 0.84 (>0.6) and Bartlett's Test of Sphericity of 2.4668E-162 (p<0.05). Items were grouped into anxiety-absent factor and the anxiety-present symptoms in two additional factors based on the nature of the symptoms, worry and rumination. Limitations: Comorbid disorders could affect the interaction of anxiety score with manic/hypomanic symptoms. Some statistical parameters (mood status independence, score distribution and correlation between trait score and quantitative mania/hypomania) were not taken into consideration to extract the factors. Because anxiety dimensions were explored on individuals with history of mania or hypomania and not in healthy subjects, comparison of our results with other studies can draw confusing conclusions. Conclusions: Two underlying constructs, worry and rumination may explain anxiety sub-syndromic symptoms in Costa Rican patients with history of mania or hypomania.Ítem Arguments for the sake of endophenotypes: Examining common misconceptions about the use of endophenotypes in psychiatric genetics(2014-01-24) Glahn, David C.; Knowles, Emma E. M.; McKay, David Reese; Sprooten, Emma; Raventós Vorst, Henriette; Blangero, John; Gottesman, Irving I.; Almasy, LauraEndophenotypes are measurable biomarkers that are correlated with an illness, at least in part, because of shared underlying genetic influences. Endophenotypes may improve our power to detect genes influencing risk of illness by being genetically simpler, closer to the level of gene action, and with larger genetic effect sizes or by providing added statistical power through their ability to quantitatively rank people within diagnostic categories. Furthermore, they also provide insight into the mechanisms underlying illness and will be valuable in developing biologically-based nosologies, through efforts such as RDoC, that seek to explain both the heterogeneity within current diagnostic categories and the overlapping clinical features between them. While neuroimaging, electrophysiological, and cognitive measures are currently most used in psychiatric genetic studies, researchers currently are attempting to identify candidate endophenotypes that are less genetically complex and potentially closer to the level of gene action, such as transcriptomic and proteomic phenotypes. Sifting through tens of thousands of such measures requires automated, high-throughput ways of assessing, and ranking potential endophenotypes, such as the Endophenotype Ranking Value. However, despite the potential utility of endophenotypes for gene characterization and discovery, there is considerable resistance to endophenotypic approaches in psychiatry. In this review, we address and clarify some of the common issues associated with the usage of endophenotypes in the psychiatric genetics community.Ítem Clozapine treatment causes oxidation of proteins involved in energy metabolism in lymphoblastoid cells: a possible mechanism for antipsychotic-induced metabolic alterations(2010-09) Baig, Muhammad R.; Navaira, Erica; Escamilla, Michael A.; Raventós Vorst, Henriette; Walss Bass, ConsueloThere is increasing concern about the serious metabolic side effects and neurotoxicity caused by atypical (second-generation) antipsychotics. In a previous study by our group (Walss-Bass et al. Int J Neuropsychopharmacol 2008;11:1097-104), using a novel proteomic approach, we showed that clozapine treatment in SKNSH cells induces oxidation of proteins involved in energy metabolism, leading us to hypothesize that protein oxidation could be a mechanism by which atypical antipsychotics increase the risk for metabolic alterations. In this study, the same proteomic approach was used to identify specific proteins oxidized after clozapine treatment in lymphoblastoid cell lines from patients with schizophrenia and normal controls. Cells were treated with 0 and 20 μM clozapine for 24 hours and protein extracts were labeled with 6-iodoacetamide fluorescein (6-IAF). The lack of incorporation of 6-IAF into the thiol group of cysteine residues is an indicator of protein oxidation. Labeled proteins were exposed to two dimensional electrophoresis, and differential protein labeling was assessed. Increased oxidation after clozapine treatment was observed in 9 protein spots (P<0.05). The following 7 proteins were identified by high-performance liquid chromatography-electrospray ionization tandem mass spectrometry (HPLC-ESI-MS/MS) in those 9 spots: enolase, triosephosphate isomerase (TPI), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPD), Rho GDP dissociation inhibitor (GDI), cofilin, uridine monophosphate/ cytidine monophosphate (UMP-CMP) kinase, and translation elongation factor. Several of these proteins play important roles in energy metabolism and mitochondrial function. These results further support the hypothesis that oxidative stress may be a mechanism by which antipsychotics increase the risk of metabolic syndrome and diabetes.Ítem Revisión taxonómica de las especies costarricenses del complejo de Geonoma edulis (Arecaceae)(2025-01) Ramírez Ortiz, Ramón Antonio; Blanco Coto, Mario AlbertoCon ca. 68 especies, Geonoma Willd. (subfamilia Arecoideae) es el género más grande de la tribu Geonomateae y el tercer género más grande de palmeras neotropicales. Debido a su amplia variación morfológica, la taxonomía a nivel de especie de este género ha sido controversial, con una gran discrepancia histórica en el número de especies reconocidas. Geonoma se distribuye desde México hasta Bolivia, Paraguay y el sur de Brasil, además de las Antillas. En Costa Rica se reportan 15 especies según la sinopsis más reciente del género para el país. Es relativamente fácil distinguir las especies de Geonoma de tierras bajas de Costa Rica, pero existe un complejo de especies montanas que son muy variables y taxonómicamente difíciles. Como consecuencia, su taxonomía ha sido pobremente comprendida y su circunscripción ha sido controversial. Estas especies montanas corresponden al complejo conformado por G. edulis H. Wendl. ex Spruce, G. hoffmanniana H. Wendl. ex Spruce y G. talamancana Grayum. En este trabajo presento una revisión taxonómica de estas especies, a partir del análisis morfométrico de 18 variables morfológicas cuantitativas y 17 cualitativas. Examiné un total de 229 especímenes, provenientes tanto de herbario como de campo. Evalué el grado de similitud morfológica entre las especies, mediante un análisis de conglomerados (Distancia euclideana, Single linkage), basado en los promedios de las variables cuantitativas. Mediante la comparación de los gráficos de cajas y bigotes de estas variables, analicé el nivel de traslape morfológico entre las especies, y lo clasifiqué como alto (50–100% de similitud), moderado (5–35%) o nulo (0–5%). Hallé un extensivo traslape entre las especies, en la mayoría de variables analizadas. Geonoma talamancana quedó separada de las demás especies, fundamentalmente, por la ausencia de bráctea peduncular, y por tener inflorescencias espigadas con pedúnculos más largos. Geonoma edulis quedó finalmente separada de G. hoffmanniana por presentar inflorescencia infrafoliar, no espigada, ramificada en 1–3 órdenes, con 25 (6–108+) raquillas; con el pedúnculo de 19.8 (8–37) cm de longitud y 10.6 (2.1–18.5) mm de diámetro; y con la bráctea peduncular incluida en el profilo y unida 3.1 (0.8–5.7+) cm por encima del mismo, presentándose ambos ensanchados en el centro y no ceñidos estrechamente al pedúnculo. Geonoma hoffmanniana fue finalmente distinguida de G. edulis por tener inflorescencia interfoliar, espigada o ramificada en 1–2 órdenes, con 5 (1–8+) raquillas; con el pedúnculo de 41.3 (21.5–62) cm de longitud y 4.9 (1.5–7.5) mm de diámetro; y con la bráctea peduncular exserta del profilo y unida 13.4 (5.3–24.9) cm por encima del mismo, siendo ambos estrechos, ceñidos estrechamente al pedúnculo. El análisis de la variación intraespecífica me permitió caracterizar dos morfotipos a lo interno de G. edulis y tres a lo interno de G. hoffmanniana, que presentan diferencias en su distribución geográfica, el orden de ramificación de la inflorescencia, el número de raquillas y el tamaño general de los individuos y sus partes. Encontré que G. edulis y G. hoffmanniana presentan flores en antesis y frutos a lo largo de todo el año. Geonoma talamancana fue reportada con flores o frutos en febrero, marzo, abril, agosto y octubre. La antesis era carpelada en más de la mitad de los casos registrados, pero solamente alrededor del 20% de los ejemplares examinados tenía antesis estaminada. No hay información sobre polinización y dispersión de frutos en el complejo de G. edulis. Registré la presencia de agallas en 10 ejemplares de G. hoffmanniana y tres de G. talamancana. El rango altitudinal del complejo de G. edulis fue reportado desde 700 hasta 3100 msnm, presentando picos de abundancia en 1500–1800 msnm. Finalmente, en este trabajo apoyo y justifico el reconocimiento de G. edulis y de G. hoffmanniana como especies en vez de subespecies. Este proyecto contribuye a una mayor comprensión de la variación morfológica, geográfica y fenológica de Geonoma en Costa Rica y el Neotrópico, y arroja luz sobre la identidad de las especies costarricenses del complejo de G. edulis.Ítem Implementación de una plataforma bioinformática para el análisis del plasmidoma microbiano en ambientes acuáticos contaminados(2025-01) Calderón Osorno, Melany; Rojas Jiménez, KeilorThe environmental plasmidome, encompassing the collective plasmids within an ecosystem, plays a key role in microbial adaptation and evolution. Plasmids, as mobile DNA molecules, enable the transfer of beneficial traits among bacteria, especially in response to environmental stresses. This study examines the plasmidome of Costa Rica’s heavily polluted Virilla River, impacted by urbanization and industrial activities. We analyzed water and sediment samples across various sites to understand how pollution affects plasmid diversity and characteristics. By employing protocols for plasmidic DNA extraction, high-throughput sequencing, and ad hoc bioinformatics pipelines, we discovered that contaminated sites exhibit increased plasmid diversity, with the highest species richness observed at the most polluted site during the rainy season. Different bioinformatics methods were applied at each step, enhancing the accuracy, reliability, and robustness of the results, which in turn provided more reliable biological insights. The most effective circular detection method identified 28,043 circular contigs, predominating plasmid hosts associated with Gammaproteobacteria. Our findings suggest that polluted urban environments may promote the formation of longer plasmidic contigs. The study also revealed a significant increase in antibiotic resistance genes (ARGs) at highly polluted sites, particularly in freshwater samples and during the rainy season. This heightened diversity in contaminated environments has implications for the dissemination of antibiotic and metal-resistance genes, as well as other adaptive traits within microbial communities. This research underscores the need to study plasmids in natural environments to better comprehend their ecological roles and potential risks in polluted ecosystems.